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- PDB-8rxe: NMR Solution Structure of Cold Shock Protein CspA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rxe
タイトルNMR Solution Structure of Cold Shock Protein CspA
要素Cold shock protein CspA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cold Shock Protein / CspA
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of termination of DNA-templated transcription / transcription antitermination factor activity, RNA binding / response to cold / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cold shock protein CspA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing / torsion angle dynamics
データ登録者Wanko, M. / Dambon, C. / Feller, G. / Volkov, O.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Not funded ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR Solution Structure of Cold Shock Protein CspA
著者: Wanko, N.M. / Damblon, C. / Feller, G. / Volkov, O.
履歴
登録2024年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cold shock protein CspA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2801
ポリマ－7,2801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cold shock protein CspA / CSP-A / 7.4 kDa cold shock protein / CS7.4


分子量: 7280.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cspA, cspS, b3556, JW3525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9X9
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HN(COCA)CB
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
181isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1121isotropic22D (HB)CB(CGCD)HD
1131isotropic22D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] Cold shock protein CspA, 50 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCold shock protein CspA[U-13C; U-15N]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
100 mMpotassium chloridenatural abundance1
0.1 mMEDTAnatural abundance1
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: U-13C; U-15N / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing8
torsion angle dynamics9
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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