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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rxa | ||||||
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タイトル | ACDC domain of AP2-O5 from Plasmodium falciparum | ||||||
![]() | AP2 domain transcription factor AP2-O5, putative | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / AP2-coincident domain mainly at the C-terminus / Orthogonal four helix bundle | ||||||
機能・相同性 | AP2-coincident, C-terminal domain / AP2-coincident C-terminal / AP2/ERF domain / AP2 domain / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus / AP2 domain transcription factor AP2-O5, putative![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nessler, S. / Le Berre, M. / Gallay Li de la Sierra, I. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of the ACDC domain from ApiAP2 proteins of the malaria parasite. 著者: Le Berre, M. / Tubiana, T. / Reutersward Waldner, P. / Lazar, N. / Li de la Sierra, I. / Santos, J.M. / Llinas, M. / Nessler, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rwuC ![]() 8rxoC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11764.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PF3D7_1449500 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG400, 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M Sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.980112 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 22718 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 22.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.751→39.998 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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