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万見
- PDB-8rx8: The structure of CML18 in complex with 4 Ca2+ ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rx8
タイトルThe structure of CML18 in complex with 4 Ca2+ ions
要素Probable calcium-binding protein CML18
キーワードSIGNALING PROTEIN / calmodulin-like / calcium / CAM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of monoatomic ion transport / plant-type vacuole / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable calcium-binding protein CML18
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Daniel-Mozo, M. / Albert, A.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-119805RB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPRE2018-083280 スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: The vacuolar K + /H + exchangers and calmodulin-like CML18 constitute a pH-sensing module that regulates K + status in Arabidopsis.
著者: Daniel-Mozo, M. / Rombola-Caldentey, B. / Mendoza, I. / Ragel, P. / De Luca, A. / Carranco, R. / Alcaide, A.M. / Ausili, A. / Cubero, B. / Schumacher, K. / Quintero, F.J. / Albert, A. / Pardo, J.M.
履歴
登録2024年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable calcium-binding protein CML18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2695
ポリマ－18,1081
非ポリマー1604
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.340, 74.340, 131.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Probable calcium-binding protein CML18 / Calmodulin-15 / AtCaM-15 / Calmodulin-like protein 18


分子量: 18108.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CML18, CAM15, At3g03000, F13E7.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9M8U1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Sodium citrate pH 5.6, sodium chloride, polyethylene imine, 50% 1,4.dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→48.8 Å / Num. obs: 75643 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 76.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.85→3.073 Å / Num. unique obs: 4623 / CC1/2: 0.663

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE1データ収集
autoPROC1.20_4459data processing
XDS1.20_4459データ削減
Aimless8データスケーリング
Coot8モデル構築
PHENIX1.20.1-4487位相決定
PHENIX1.20.1-4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→48.8 Å / SU ML: 0.2324 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5579
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2848 276 4.85 %
Rwork0.2502 5420 -
obs0.252 5696 62.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1183 0 4 1 1188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00341200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68561618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0329219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4976444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.590.3654630.37121193X-RAY DIFFRACTION28.33
3.59-48.80.27662130.23714227X-RAY DIFFRACTION95.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0570831518276-0.03692456604210.02903315293360.0273949797896-0.03764864474720.0791840723488-0.1287724633630.0214625338630.1635648008870.0262143703115-0.07590971238630.00135092484526-0.119669278825-0.0496109334192-0.1823814739430.0817318588710.110541049364-0.1323273809740.5585302766370.1147364085970.365993773707-3.0734595741834.099991163450.95429459
20.006940205847840.00711960817140.0004320603509720.00670208261937-0.0008027733599350.000649888789112-0.0331225807350.07041800870240.166569145855-0.095081781902-0.117024608507-0.0141754523155-0.087769109474-0.0111338960548-8.48308099593E-50.884902955634-0.0338195144643-0.09139619869880.3366131606640.1175049112920.4775074922472.9915651311145.560940357954.402745937
30.01509608818460.04419427028920.01970705975340.1285908805010.05969195682120.0274849973872-0.061283602788-0.1862933504-0.1269443293550.0246907825812-0.0758742966904-0.0765348596239-0.09403540183690.134299766026-0.08501128883270.525572858937-0.210240079801-0.01382269337650.4870447528380.229347994040.3090721034547.9976485195337.868390007663.5731425697
40.0583992910211-0.0349699360078-0.01292390628750.0671073795682-0.01001171082640.00960660442985-0.0266817979218-0.008268018849260.1470227836270.01158044740290.0017378267119-0.16593204137-0.01625047973770.042365500957-0.04212813664250.316790277455-0.26261009407-0.1974598901021.141296340310.1356247746480.58511776981917.350178877637.240793036458.4492581266
50.00512895074070.003004050891130.002302820157390.006814537200660.00265141101520.00124644994592-0.116790802050.109500942684-0.0195823638831-0.0517469495731-0.00787203124085-0.0873773505786-0.1289594054040.0840468294031-0.0001286992665820.849951998415-0.113317462790.2150395947250.6307298642480.2645366153230.74511610978413.719915375541.541762239847.7873204575
60.0190084114832-0.00152883756841-0.01446145890620.04085878401470.0262645189540.0207181608099-0.000477686548825-0.0852200669086-0.432864440512-0.2595245237640.06637903043050.08574168860740.04740554633340.02033888576680.0001239156518880.551292021323-0.127439964142-0.09925120988950.239564555550.095445815010.3772909965196.4138005089830.874504839243.4124666001
70.02420796465770.003282615763910.03137370277870.000443756235274-0.006405593884960.04048439154130.171248725588-0.01448449888340.00515644827074-0.256744042279-0.2000300187350.1953451252390.1171096521860.5290645859720.0005258917285150.511151094431-0.08131109057910.0660004373910.3111446431810.06386910447230.3895091201516.09827002437.484813450624.3934764583
8-0.001265270933820.0126401805762-0.001195760253880.242724561213-0.06359684508950.0116091141328-0.0242442620924-0.06270062651180.215508592828-0.0696099424549-0.07782464872160.318505002093-0.07998376088710.0191773893324-0.256709467170.226100025354-0.643233054476-0.00473917432694-0.021624895098-0.02772075930420.21105440530315.04500574850.231235978931.6571890391
90.0104223129259-0.0439442558585-0.01726685601080.1986977770020.05975779717340.0474894435690.0179421561855-0.001692868928810.05202669329950.01173578801080.0861740411547-0.1116754064960.02181878560620.04308970617290.02824521839190.486390475984-0.055133208956-0.152030501831.035193130080.3147006059690.70666205573823.073333218139.296678949935.5615173257
100.443070077847-0.1876352912470.4447406573950.0802648183547-0.1933575931970.443848270132-0.0559121652135-0.169775758429-0.11969207155-0.08275546493660.0527128850236-0.416894729639-0.103243830211-0.00728780603754-0.07734277688840.481556684898-0.0530425973234-0.05591537637570.2401661599720.1272461272630.4569351378778.4343988596536.246287372137.5985119009
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 14 through 27 )14 - 271 - 14
22chain 'A' and (resid 28 through 37 )28 - 3715 - 24
33chain 'A' and (resid 38 through 53 )38 - 5325 - 40
44chain 'A' and (resid 54 through 64 )54 - 6441 - 51
55chain 'A' and (resid 65 through 73 )65 - 7352 - 60
66chain 'A' and (resid 74 through 91 )74 - 9161 - 78
77chain 'A' and (resid 92 through 111 )92 - 11179 - 98
88chain 'A' and (resid 112 through 138 )112 - 13899 - 125
99chain 'A' and (resid 139 through 147 )139 - 147126 - 134
1010chain 'A' and (resid 148 through 165 )148 - 165135 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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