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- PDB-8rwh: Dark structure of the human adenosine A2A receptor bound to synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rwh
タイトルDark structure of the human adenosine A2A receptor bound to synthetic photoswitch 'StilSwitch2' determined by serial synchrotron crystallography
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / adenosine receptor / synthetic photoswitch / Parkinson's disease
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / sensory perception / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / membrane depolarization / asymmetric synapse / axolemma / prepulse inhibition / cellular defense response / phagocytosis / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of protein secretion / astrocyte activation / locomotory behavior / positive regulation of apoptotic signaling pathway / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / vasodilation / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / electron transfer activity / periplasmic space / calmodulin binding / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / lipid binding / apoptotic process / dendrite / heme binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CHOLESTEROL / OLEIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Glover, H. / Weinert, T.
資金援助 スイス, ドイツ, 7件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_207462 スイス
Swiss National Science Foundation310030_197674 スイス
Swiss National Science FoundationCRSII4_213507 スイス
Other government42711.1 IP-LS スイス
Swiss Nanoscience Institute#1904 スイス
German Research Foundation (DFG)1850/4-3 ドイツ
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Photoswitch dissociation from a G protein-coupled receptor resolved by time-resolved serial crystallography.
著者: Glover, H. / Sassmannshausen, T. / Bertrand, Q. / Trabuco, M. / Slavov, C. / Bacchin, A. / Andres, F. / Kondo, Y. / Stipp, R. / Wranik, M. / Khusainov, G. / Carrillo, M. / Kekilli, D. / Nan, ...著者: Glover, H. / Sassmannshausen, T. / Bertrand, Q. / Trabuco, M. / Slavov, C. / Bacchin, A. / Andres, F. / Kondo, Y. / Stipp, R. / Wranik, M. / Khusainov, G. / Carrillo, M. / Kekilli, D. / Nan, J. / Gonzalez, A. / Cheng, R. / Neidhart, W. / Weinert, T. / Leonarski, F. / Dworkowski, F. / Kepa, M. / Wachtveitl, J. / Hennig, M. / Standfuss, J.
履歴
登録2024年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,29630
ポリマ－49,8291
非ポリマー8,46729
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10580 Å2
ΔGint44 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.550, 182.540, 143.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 49829.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A2A-StaR2-bRIL562 construct (A2A with bRIL insertion), with A277S revert mutation.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 7種, 57分子

#2: 化合物 ChemComp-A1H3I / 8-[(~{E})-2-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]ethenyl]-1,3-diethyl-7-methyl-purine-2,6-dione / 1-PHENYLETHANOL


分子量: 356.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物...
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.85
詳細: 0.1 M sodium potassium phosphate pH 5.85, 27-30% PEG 500 MME, 0.2 M sodium thiocyanate, 0.4 mM StilSwitch2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: Room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→142.13 Å / Num. obs: 20116 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 691.8 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R split: 0.0776 / Net I/σ(I): 8.89
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 109.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 1902 / CC1/2: 0.278 / CC star: 0.66 / R split: 1.3841 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: LCP / 解説: high viscosity extruder / Injector temperature: 293 K / Jet diameter: 75 µm
Serial crystallography data reductionFrames indexed: 76544

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4459: ???)精密化
CrystFEL0.9.1データ削減
CrystFEL0.9.1データスケーリング
PHENIX1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→45.64 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 2000 9.94 %
Rwork0.1913 --
obs0.1958 20116 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 0 419 28 3349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5494738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.959703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.510.40331400.35971270X-RAY DIFFRACTION99
2.51-2.580.39571390.3181256X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.660.32471380.27611250X-RAY DIFFRACTION99
2.66-2.740.31911420.24881288X-RAY DIFFRACTION99
2.74-2.840.31661390.24851261X-RAY DIFFRACTION99
2.84-2.950.23831420.21761280X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.090.23841400.1851273X-RAY DIFFRACTION99
3.09-3.250.25691410.17921277X-RAY DIFFRACTION99
3.25-3.450.24711430.17571299X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.720.19021430.17131294X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.090.20331460.1581320X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.680.20421430.15011298X-RAY DIFFRACTION100
4.69-5.90.23981480.18861339X-RAY DIFFRACTION100
5.9-45.640.24141560.19951411X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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