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- PDB-8rw8: Brain and muscle ARNT-like 1 (BMAL1) PAS-B domain in-complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rw8
タイトルBrain and muscle ARNT-like 1 (BMAL1) PAS-B domain in-complex with core circadian modulator (CCM)
要素Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / Circadian rhythm / Core circadian modulator / CCM
機能・相同性
機能・相同性情報


CLOCK-BMAL transcription complex / positive regulation of skeletal muscle cell differentiation / regulation of hair cycle / positive regulation of protein acetylation / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / regulation of type B pancreatic cell development / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of cellular senescence / chromatoid body / positive regulation of circadian rhythm ...CLOCK-BMAL transcription complex / positive regulation of skeletal muscle cell differentiation / regulation of hair cycle / positive regulation of protein acetylation / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / regulation of type B pancreatic cell development / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of cellular senescence / chromatoid body / positive regulation of circadian rhythm / oxidative stress-induced premature senescence / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of cold-induced thermogenesis / response to redox state / negative regulation of fat cell differentiation / E-box binding / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of neurogenesis / energy homeostasis / NPAS4 regulates expression of target genes / regulation of insulin secretion / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / transcription coregulator activity / Hsp90 protein binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / PPARA activates gene expression / PML body / circadian rhythm / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / : / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / sequence-specific DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily ...: / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Pu, H. / Rastinejad, F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210664/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Pharmacological targeting of BMAL1 modulates circadian and immune pathways.
著者: Pu, H. / Bailey, L.C. / Bauer, L.G. / Voronkov, M. / Baxter, M. / Huber, K.V.M. / Khorasanizadeh, S. / Ray, D. / Rastinejad, F.
履歴
登録2024年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6673
ポリマ－13,1901
非ポリマー4772
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.570, 39.830, 73.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1 / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein ...Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP3 / Brain and muscle ARNT-like 1 / Class E basic helix-loop-helix protein 5 / bHLHe5 / Member of PAS protein 3 / PAS domain-containing protein 3 / bHLH-PAS protein JAP3


分子量: 13189.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMAL1, ARNTL, BHLHE5, MOP3, PASD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00327
#2: 化合物 ChemComp-A1H3P / (2~{S})-3-[(4-ethyl-1-benzofuran-7-yl)oxy]-2-fluoranyl-propan-1-ol


分子量: 238.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15FO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1H3Q / (2~{R})-3-[(4-ethyl-1-benzofuran-7-yl)oxy]-2-fluoranyl-propan-1-ol


分子量: 238.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15FO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG3350, 0.15 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→35 Å / Num. obs: 7589 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.33
反射 シェル解像度: 1.89→1.958 Å / 冗長度: 13.2 % / Num. unique obs: 721 / CC1/2: 0.322

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
xia2データスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→35 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 265 5.14 %
Rwork0.1957 --
obs0.1974 5155 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数865 0 34 10 909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9961248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.735325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006152
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.720.29881180.23262391X-RAY DIFFRACTION100
2.72-350.20791470.18252499X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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