PDB-8rvx: Cph1 phytochrome PAS-GAF-PHY Y176H mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rvx

タイトル

Cph1 phytochrome PAS-GAF-PHY Y176H mutant

要素

Phytochrome-like protein Cph1

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Phytochrome / Fluorescent / Phycocyanobilin / PAS / GAF / PHY

機能・相同性

機能・相同性情報

red or far-red light photoreceptor activity / response to red or far red light / red, far-red light phototransduction / protein histidine kinase activity / detection of visible light / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein autophosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.696 Å

データ登録者

Nagano, S. / Hughes, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Integrated Study of Fluorescence Enhancement in the Y176H Variant of Cyanobacterial Phytochrome Cph1.
著者: Nagano, S. / Song, C. / Rohr, V. / Mackintosh, M.J. / Hoang, O.T. / Kraskov, A. / Yang, Y. / Hughes, J. / Heyne, K. / Mroginski, M.A. / Schapiro, I. / Hildebrandt, P.

履歴

登録	2024年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8rvx.ent.gz	650.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8rvx_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rvx_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8rvx_validation.xml.gz	81.5 KB	表示
CIF形式データ	8rvx_validation.cif.gz	101.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/8rvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/8rvx	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (19) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (7) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Phytochrome-like protein Cph1

B: Phytochrome-like protein Cph1

C: Phytochrome-like protein Cph1

D: Phytochrome-like protein Cph1

ヘテロ分子

237 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Phytochrome-like protein Cph1

B: Phytochrome-like protein Cph1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Cph1d2 wild type is known to dimerize upon Pfr formation. doi:10.1016/j.jmb.2011.08.023 Since this Y176H mutant mimics the Pfr conformation, perhaps the assembly found in this ...根拠: gel filtration, Cph1d2 wild type is known to dimerize upon Pfr formation. doi:10.1016/j.jmb.2011.08.023 Since this Y176H mutant mimics the Pfr conformation, perhaps the assembly found in this crystal structure resembles what happens to the protein in solution in context of this truncatd constrct.
119 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Phytochrome-like protein Cph1

D: Phytochrome-like protein Cph1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Cph1d2 wild type is known to dimerize upon Pfr formation. doi:10.1016/j.jmb.2011.08.023 Since this Y176H mutant mimics the Pfr conformation, perhaps the assembly found in this ...根拠: gel filtration, Cph1d2 wild type is known to dimerize upon Pfr formation. doi:10.1016/j.jmb.2011.08.023 Since this Y176H mutant mimics the Pfr conformation, perhaps the assembly found in this crystal structure resembles what happens to the protein in solution in context of this truncatd constrct.
119 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.873, 135.873, 355.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	19 - 513	19 - 513
2	1	1	ALA	ALA	19 - 513	19 - 513
3	2	2	HIS	HIS	21 - 513	21 - 513
4	2	2	HIS	HIS	21 - 513	21 - 513
5	3	3	ALA	ALA	19 - 513	19 - 513
6	3	3	ALA	ALA	19 - 513	19 - 513
7	4	4	HIS	HIS	21 - 513	21 - 513
8	4	4	HIS	HIS	21 - 513	21 - 513
9	5	5	ALA	ALA	19 - 513	19 - 513
10	5	5	ALA	ALA	19 - 513	19 - 513
11	6	6	HIS	HIS	21 - 513	21 - 513
12	6	6	HIS	HIS	21 - 513	21 - 513

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Phytochrome-like protein Cph1 / Bacteriophytochrome Cph1 / Light-regulated histidine kinase 1 分子量: 58783.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis (バクテリア) / 遺伝子: cph1, slr0473 / プラスミド: pProLAR / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistance / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Pro) / 参照: UniProt: Q55168, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 0.3 M ammonium formate 0.1 M HEPES pH 6.9 18% (w/v) Sokalan CP7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.696→47.651 Å / Num. obs: 36339 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 25.8 % / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.8 / R_pim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 3.696→3.791 Å / 冗長度: 24.8 % / R_merge(I) obs: 3.702 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4242 / CC_1/2: 0.398 / R_pim(I) all: 0.743 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.696→47.651 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.88 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.834 / WR_factor R_free: 0.263 / WR_factor R_work: 0.228 / SU B: 113.504 / SU ML: 0.689 / Average fsc free: 0.9298 / Average fsc work: 0.9453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.779 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3068	1760	4.848 %
R_work	0.2657	34543	-
all	0.268	-	-
obs	-	36303	99.078 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.078 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.487 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.487 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.975 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.696→47.651 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15506	0	172	4	15682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	16061
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	15146
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.005	0.005	8
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.338	1.658	21878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.844	1.587	34766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.37	5	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.899	5	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.402	10	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.312	10	776
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.222	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	18941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3759
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	4200
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.224	0.2	16114
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	8009
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	8553
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.109	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.368	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.32	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.443	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.123	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.881	0.842	7789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.881	0.842	7789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.354	1.503	9724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.354	1.504	9725
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.204	0.839	8272
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.204	0.839	8273
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.354	1.533	12154
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.354	1.533	12155
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.601	9.036	67632
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.601	9.036	67633
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.18	0.05	14175
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.164	0.05	14647
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.179	0.05	14340
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.174	0.05	14128
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.186	0.05	14267
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.174	0.05	14367

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18009	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18009	0.05007
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16375	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16375	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17935	0.05007
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17935	0.05007
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17372	0.05008
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17372	0.05008
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1863	0.05007
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1863	0.05007
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17405	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17405	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.696-3.791	0.366	126	0.364	2372	0.364	2635	0.898	0.903	94.8008	0.356
3.791-3.895	0.329	135	0.336	2440	0.336	2584	0.916	0.911	99.6517	0.328
3.895-4.007	0.391	120	0.327	2361	0.33	2513	0.88	0.919	98.7266	0.309
4.007-4.129	0.322	115	0.294	2296	0.295	2417	0.925	0.942	99.7518	0.277
4.129-4.264	0.355	122	0.283	2233	0.286	2362	0.916	0.944	99.7036	0.259
4.264-4.412	0.339	101	0.265	2186	0.268	2293	0.931	0.95	99.7383	0.237
4.412-4.577	0.285	122	0.26	2091	0.262	2225	0.945	0.954	99.4607	0.229
4.577-4.762	0.299	92	0.235	2035	0.238	2133	0.935	0.962	99.7187	0.206
4.762-4.972	0.289	107	0.237	1939	0.24	2050	0.946	0.961	99.8049	0.202
4.972-5.211	0.331	100	0.266	1868	0.269	1986	0.945	0.956	99.0937	0.217
5.211-5.49	0.287	86	0.263	1761	0.264	1878	0.946	0.955	98.3493	0.223
5.49-5.818	0.336	75	0.283	1721	0.285	1797	0.929	0.945	99.9444	0.242
5.818-6.213	0.3	77	0.28	1615	0.281	1693	0.938	0.95	99.9409	0.233
6.213-6.701	0.333	82	0.277	1495	0.28	1578	0.926	0.947	99.9366	0.239
6.701-7.326	0.332	70	0.26	1392	0.263	1463	0.935	0.954	99.9316	0.221
7.326-8.167	0.252	60	0.213	1265	0.215	1351	0.963	0.969	98.0755	0.18
8.167-9.385	0.218	70	0.186	1128	0.188	1199	0.97	0.978	99.9166	0.167
9.385-11.384	0.214	39	0.194	1013	0.195	1054	0.969	0.979	99.8102	0.186
11.384-15.659	0.253	39	0.222	798	0.223	840	0.967	0.975	99.6429	0.214
15.659-47.651	0.438	22	0.393	534	0.394	561	0.871	0.91	99.1087	0.372

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4349	0.8925	1.8506	1.6693	0.6813	3.8989	-0.0163	-0.1679	0.1977	0.1912	-0.0178	-0.0803	-0.1564	0.1065	0.0342	1.0706	0.0599	0.0822	1.0336	0.0415	1.1034	3.9257	90.0666	-63.7801
2	1.8393	0.462	0.5278	1.1304	0.5697	0.895	0.0749	-0.1036	-0.2346	0.1335	-0.0379	-0.0758	0.2357	-0.0539	-0.0371	1.0797	0.0191	0.0129	1.0557	0.0169	1.0594	4.5912	74.8076	-72.94
3	1.8393	0.462	0.5278	1.1304	0.5697	0.895	0.0749	-0.1036	-0.2346	0.1335	-0.0379	-0.0758	0.2357	-0.0539	-0.0371	1.0797	0.0191	0.0129	1.0557	0.0169	1.0594	4.5912	74.8076	-72.94
4	2.8708	0.6727	0.1291	0.816	0.7016	0.8196	-0.0944	0.0948	-0.3939	-0.1766	0.0699	-0.0882	0.2817	0.0008	0.0245	1.6071	0.0334	-0.0096	1.5949	0.0062	1.523	-3.3197	40.397	-82.1234
5	3.6965	0.0475	-0.6594	3.0795	-0.2096	2.7955	-0.0113	0.4225	-0.1719	-0.4627	0.0194	-0.0454	0.163	0.1229	-0.0081	1.3863	0.0006	-0.002	1.3495	0.0068	1.3701	-21.2108	33.1505	-53.4298
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8	4.7072	2.7209	-2.3106	6.1095	-2.3501	3.9882	-0.1374	0.1894	0.2362	-0.2205	0.1498	0.412	0.1042	-0.1487	-0.0125	1.1567	0.1685	-0.0647	1.1946	-0.0362	1.0873	-22.6308	88.7	-51.6873
9	4.6944	0.5503	-0.5157	2.1595	-1.4535	8.0697	0.1245	-0.5097	-0.5185	0.4669	-0.1063	-0.2042	0.5529	0.15	-0.0181	1.4964	0.0277	0.0001	1.5131	-0.0582	1.5637	-29.3751	50.4074	-15.5661
10	1.4586	0.0277	-0.2279	1.0331	-0.1164	1.1428	0.0048	-0.1759	-0.0117	0.1842	-0.0015	0.1677	0.0359	-0.1322	-0.0033	1.2266	0.0049	-0.0229	1.1905	-0.0063	1.1949	-8.3001	53.2432	-28.2181
11	1.4586	0.0277	-0.2279	1.0331	-0.1164	1.1428	0.0048	-0.1759	-0.0117	0.1842	-0.0015	0.1677	0.0359	-0.1322	-0.0033	1.2266	0.0049	-0.0229	1.1905	-0.0063	1.1949	-8.3001	53.2432	-28.2181
12	2.7001	-1.3615	-1.1304	2.4178	-0.6551	1.4247	-0.0413	0.0488	0.2334	0.0513	0.0216	-0.2962	-0.14	0.2489	0.0197	1.3834	-0.0045	0.0216	1.2764	-0.0132	1.2223	24.8771	76.9166	-33.8593
13	3.4806	-0.0144	0.5695	3.686	-0.6542	2.8872	0.0074	0.4452	0.0879	-0.4204	-0.022	-0.4099	-0.1042	0.315	0.0145	1.2796	-0.0141	-0.0078	1.2811	-0.0196	1.2673	37.8251	69.0768	-3.9246
14	1.2334	0.186	-0.1139	1.3912	0.14	1.0965	-0.0175	0.0862	0.0505	-0.1331	-0.0298	0.1416	-0.0797	-0.1478	0.0472	0.9704	0.0123	-0.0023	0.9841	0.0229	0.9872	25.5738	46.7669	-8.531
15	1.2334	0.186	-0.1139	1.3912	0.14	1.0965	-0.0175	0.0862	0.0505	-0.1331	-0.0298	0.1416	-0.0797	-0.1478	0.0472	0.9704	0.0123	-0.0023	0.9841	0.0229	0.9872	25.5738	46.7669	-8.531
16	0.1126	-0.1588	0.2089	0.3756	-0.1952	0.7849	0.0659	-0.1541	-0.2712	0.026	-0.0185	0.3575	0.3889	-0.4672	-0.0474	1.5067	0.0268	0.0171	1.4848	-0.0225	1.5013	-1.3975	29.5131	-10.5198

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	19 - 170
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	171 - 327
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	601 - 602
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	328 - 513

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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