PDB-8rvm: Crystal structure of octaheme nitrite reductase from Trichlorobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rvm

タイトル

Crystal structure of octaheme nitrite reductase from Trichlorobacter ammonificans in space group P63

要素

Octaheme nitrite c cytochrome c reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / octaheme nitrite reductase / wild-type

機能・相同性

HEME C / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Trichlorobacter ammonificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Polyakov, K.M. / Safoonova, T.N. / Osipov, E. / Popov, A.N. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of octaheme nitrite reductase from Trichlorobacter ammonificans in space group P63
著者: Polyakov, K.M. / Safoonova, T.N. / Osipov, E. / Popov, A.N. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.

履歴

登録	2024年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rvm.cif.gz	141.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rvm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rvm_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rvm_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	8rvm_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	8rvm_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/8rvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/8rvm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

YYY: Octaheme nitrite c cytochrome c reductase

ヘテロ分子

60.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

YYY: Octaheme nitrite c cytochrome c reductase

ヘテロ分子

YYY: Octaheme nitrite c cytochrome c reductase

ヘテロ分子

YYY: Octaheme nitrite c cytochrome c reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
182 kDa, 3 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.200, 114.200, 64.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	YYY-1077- HOH
2	1	YYY-1120- HOH
3	1	YYY-1151- HOH
4	1	YYY-1183- HOH
5	1	YYY-1189- HOH
6	1	YYY-1191- HOH
7	1	YYY-1198- HOH
8	1	YYY-1203- HOH
9	1	YYY-1204- HOH

#1: タンパク質	Octaheme nitrite c cytochrome c reductase 分子量: 55493.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Trichlorobacter ammonificans (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 17-20 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→98.9 Å / Num. obs: 59330 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / CC_1/2: 0.888 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.74 Å / Num. unique obs: 4437 / CC_1/2: 0.656

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→98.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 3.034 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.128

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2433	2709	5.021 %
R_work	0.1942	51247	-
all	0.197	-	-
obs	-	59330	99.902 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.496 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.507 Å²	-0.254 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.507 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.646 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→98.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3891	0	350	505	4746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.014	4439
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.794	1.808	6102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.553	1.674	9108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.297	5	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.6	22.891	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.556	15	716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	11.739	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.312	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.161	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	4227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.133	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.095	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.849	2.159	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.841	2.158	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.683	3.234	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.683	3.236	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.079	2.236	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.077	2.236	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.137	3.251	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.134	3.251	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.675	24.901	5635
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.597	24.566	5518

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.734	0.587	165	0.599	3807	X-RAY DIFFRACTION	99.9748
1.734-1.781	0.456	234	0.415	3632	X-RAY DIFFRACTION	99.9225
1.781-1.833	0.347	160	0.284	3578	X-RAY DIFFRACTION	99.7332
1.833-1.889	0.328	198	0.238	3447	X-RAY DIFFRACTION	99.8904
1.889-1.951	0.258	178	0.214	3378	X-RAY DIFFRACTION	99.8876
1.951-2.02	0.253	178	0.221	3278	X-RAY DIFFRACTION	99.9711
2.02-2.096	0.279	164	0.219	3111	X-RAY DIFFRACTION	99.7259
2.096-2.182	0.295	127	0.217	3066	X-RAY DIFFRACTION	99.9687
2.182-2.279	0.25	207	0.2	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.279-2.39	0.224	149	0.187	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.519	0.251	136	0.181	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.9639
2.519-2.672	0.238	113	0.177	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.9248
2.672-2.856	0.231	146	0.168	2344	X-RAY DIFFRACTION	99.9599
2.856-3.084	0.249	91	0.181	2218	X-RAY DIFFRACTION	99.8702
3.084-3.379	0.239	105	0.182	2013	X-RAY DIFFRACTION	99.9528
3.379-3.777	0.191	91	0.161	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.777-4.36	0.169	113	0.14	1598	X-RAY DIFFRACTION	99.8832
4.36-5.337	0.169	74	0.142	1374	X-RAY DIFFRACTION	99.931
5.337-7.537	0.282	42	0.157	1093	X-RAY DIFFRACTION	99.8241
7.537-42.878	0.2	38	0.157	611	X-RAY DIFFRACTION	99.084

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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