[日本語] English
万見
- PDB-8rvg: Structure of the binding domain of BoNT/A mutant Y1117V in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rvg
タイトルStructure of the binding domain of BoNT/A mutant Y1117V in complex with the GD1a ganglioside receptor
要素Botulinum neurotoxin A heavy chain
キーワードTOXIN / botulinum neurotoxin / receptor binding / ganglioside
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Masuyer, G. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterisation of botulinum neurotoxin A mutants with enhanced ganglioside binding properties yielding improved potency
著者: Masuyer, G. / Rummel, A. / Stenmark, P.
履歴
登録2024年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin A heavy chain
B: Botulinum neurotoxin A heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,9724
ポリマ－103,2992
非ポリマー1,6732
水5,639313
1
A: Botulinum neurotoxin A heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4862
ポリマ－51,6491
非ポリマー8371
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Botulinum neurotoxin A heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4862
ポリマ－51,6491
非ポリマー8371
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.531, 104.421, 112.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin A heavy chain / HC


分子量: 51649.355 Da / 分子数: 2 / 変異: Y1117V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botA, atx, bonT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DPI0
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-1-3/a4-b1_b3-c1_c3-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Phosphate/Citrate pH 4.2 36% PEG300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→55.01 Å / Num. obs: 69000 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4359 / CC1/2: 0.723 / Rpim(I) all: 0.407 / Rrim(I) all: 0.743 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→55.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.215 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25971 3374 4.9 %RANDOM
Rwork0.21751 ---
obs0.21956 65552 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.229 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→55.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6810 0 112 313 7235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.027106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.9529626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91315327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4075834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.65825.069363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.488151252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1571534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9862.1643339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9852.1643338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7133.2354169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7133.2354170
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9982.2863767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9972.2863767
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7033.3875457
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.58717.2618014
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.53417.1637951
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 235 -
Rwork0.281 4784 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02520.01350.08490.3292-0.14670.4191-0.01-0.0017-0.01070.00230.0112-0.017-0.03810.0041-0.00130.00420.00020.00460.07140.00510.059117.418531.823752.1582
20.0077-0.00470.00770.3708-0.18010.2707-0.0115-0.00510.0108-0.0329-0.0144-0.00070.0580.01180.02590.05580.01030.01410.0317-0.00150.049914.749719.82223.6244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A872 - 1297
2X-RAY DIFFRACTION2B873 - 1297

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る