PDB-8rv3: Structure of the domain IV of the replication factor RctB from Vi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rv3

タイトル

Structure of the domain IV of the replication factor RctB from Vibrio cholerae

要素

RctB

キーワード

REPLICATION / replication initiation factor / RctB / Vibrio cholerae / DNA-protein interactions

機能・相同性

Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / IODIDE ION / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Garcia-Pino, A. / Talavera Perez, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Dynamic transitions of initiator binding coordinate the replication of the two chromosomes in Vibrio cholerae.
著者: Niault, T. / Talavera, A. / Le Cam, E. / Baconnais, S. / Skovgaard, O. / Fournes, F. / Wagner, L. / Tamman, H. / Thompson, A. / Echemendia-Blanco, D. / Guzzi, N. / Garcia-Pino, A. / Mazel, D. / Val, M.E.

履歴

登録	2024年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rv3.cif.gz	118.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rv3.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rv3_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rv3_full_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示
XML形式データ	8rv3_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	8rv3_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/8rv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/8rv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RctB

B: RctB

ヘテロ分子

42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.910, 94.760, 47.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-857- HOH
2	1	B-832- HOH

#1: タンパク質	RctB 分子量: 20841.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC_A0002 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9KNG2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 200 mM NaI, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月17日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→53.55 Å / Num. obs: 11991 / % possible obs: 80.8 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 39.84 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.398 Å / R_merge(I) obs: 0.732 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 521 / CC_1/2: 0.934 / R_pim(I) all: 0.209

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4 (24-FEB-2021)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.35→53.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU R Cruickshank DPI: 0.372 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.498 / SU R_free Blow DPI: 0.286 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.273

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	580	4.84 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.1937	11991	93.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.1159 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.7611 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.6452 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→53.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1917	0	49	214	2180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.02	1977	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.55	2667	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		702	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		324	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1977	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.33
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		278	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		1770	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.38 Å / Total num. of bins used: 30

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3353	-	7.73 %
R_work	0.2393	382	-
all	0.2468	414	-
obs	-	-	94.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4359	-5.0381	-2.2973	5.9125	3.4517	0.9149	0.4403	-0.1816	-0.1733	-0.2589	0.0964	-0.066	-0.9477	0.4297	-0.5366	-0.34	-0.0127	0.0071	0.5445	-0.0313	-0.2571	-12.991	27.9767	16.8894
2	0.4145	0.3781	0.9908	0.2381	1.789	4.5869	-0.166	-0.1016	-0.048	-0.0433	-0.0263	0.1237	-0.0348	0.0521	0.1923	-0.2199	0.0094	-0.0082	0.3695	0.0135	-0.1892	-24.0187	26.1303	19.8271
3	6.0568	-0.1526	-3.9183	0.0002	2.9297	10.8814	0.0302	0.3017	0.3135	-0.3015	0.0786	-0.1881	-0.8519	-0.1135	-0.1088	-0.1631	0.0076	-0.0086	0.4154	0.0391	-0.3025	-24.2125	33.2639	13.4152
4	4.6973	-5.8208	-1.8571	13.7902	3.6872	0	0.309	0.118	-0.2692	-0.8998	-0.1171	-0.5732	-0.4931	-0.564	-0.1919	-0.2809	0.0262	0.0288	0.5316	-0.0199	-0.2689	-12.8007	16.1839	3.7761
5	6.5411	5.8208	-5.8208	0.2337	-3.1533	9.9499	0.1052	-0.0808	-0.2694	-0.3777	-0.7105	0.0569	0.9762	-0.5921	0.6053	-0.2693	-0.063	0.0549	0.4055	-0.0842	-0.2226	-16.6167	6.4431	17.004
6	0	-4.9196	1.5805	1.3407	-4.0009	0	-0.1645	0.0901	0.1717	0.473	0.0929	-0.0191	0.8764	-0.0497	0.0717	-0.1196	-0.0864	-0.0013	0.5452	-0.0195	-0.3114	-13.9248	10.028	24.6503
7	0	-3.066	2.8384	0	-0.7408	10.8613	0.0396	-0.8146	-0.0307	-0.3931	0.02	-0.1354	0.5151	-0.1372	-0.0597	-0.2424	-0.0332	-0.055	0.4062	-0.0222	-0.1974	-10.2276	15.6856	16.2366
8	12.3582	1.8752	5.8208	2.2595	1.5867	0	0.3193	0.5062	-0.6903	-0.3122	0.1162	-0.6469	0.0857	0.1701	-0.4356	-0.2426	0.0242	0.0404	0.4309	-0.037	-0.1877	-5.2487	8.5365	7.8556
9	4.2406	0.7425	2.2228	2.5442	4.8485	13.6404	-0.0182	-0.0495	-0.5179	0.4606	-0.3079	0.364	0.4121	0.2274	0.3261	-0.2402	0.0293	-0.001	0.3667	-0.031	-0.2427	-5.7037	5.7073	16.8043
10	3.9888	3.5799	3.2791	1.8579	-3.0811	0.2947	0.3903	-0.034	-0.3631	-0.2952	-0.0375	-0.2897	0.3355	-0.002	-0.3528	-0.2418	0.1178	0.011	0.4316	-0.021	-0.1877	-14.6127	20.3404	36.1861
11	1.6718	1.072	2.0911	0.1097	0.1667	4.4073	0.0131	-0.0467	0.0008	-0.0356	-0.0085	0.0594	0.0915	0.0742	-0.0047	-0.277	0.0187	0.0257	0.428	-0.0009	-0.223	-21.1932	26.2832	39.5566
12	3.9991	-0.1648	0.1359	2.5384	2.153	3.1328	0.1212	0.2076	0.2626	-0.1735	0.0412	-0.0177	-0.0039	0.0768	-0.1624	-0.2523	0.0181	0.0177	0.3932	0.0322	-0.2037	-3.1447	37.7799	39.15

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|531 - A\|543 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|544 - A\|570 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|571 - A\|587 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|588 - A\|599 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|600 - A\|613 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|614 - A\|620 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|621 - A\|630 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|631 - A\|639 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|640 - A\|658 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ B\|531 - B\|543 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ B\|544 - B\|599 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ B\|600 - B\|657 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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