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- PDB-8rv0: Crystal structure of octaheme nitrite reductase from Trichlorobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rv0
タイトルCrystal structure of octaheme nitrite reductase from Trichlorobacter ammonificans in complex with nitrite
要素Octaheme cytochrome c nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Octaheme nitrite reductase / complex with nitrite
機能・相同性HEME C / NITRIC OXIDE / NITRITE ION
機能・相同性情報
生物種Trichlorobacter ammonificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Polyakov, K.M. / Safonova, T.N. / Osipov, E. / Popov, A.N. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation23-74-30004 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of octaheme nitrite reductase from Trichlorobacter ammonificans in complex with nitrite
著者: Polyakov, K.M. / Safonova, T.N. / Osipov, E. / Popov, A.N. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2024年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: Octaheme cytochrome c nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,55712
ポリマ－55,4931
非ポリマー5,06411
水8,107450
1
Y: Octaheme cytochrome c nitrite reductase
ヘテロ分子

Y: Octaheme cytochrome c nitrite reductase
ヘテロ分子

Y: Octaheme cytochrome c nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,67236
ポリマ－166,4793
非ポリマー15,19233
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area38130 Å2
ΔGint-598 kcal/mol
Surface area53990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.440, 114.440, 65.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11Y-1066-

HOH

21Y-1126-

HOH

31Y-1137-

HOH

41Y-1145-

HOH

51Y-1148-

HOH

61Y-1150-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 Y

#1: タンパク質 Octaheme cytochrome c nitrite reductase


分子量: 55493.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichlorobacter ammonificans (バクテリア)

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非ポリマー , 5種, 461分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 mM NaNO2, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.7, 17-20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→49.6 Å / Num. obs: 69684 / % possible obs: 0.988 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Num. unique obs: 5157 / CC1/2: 0.788

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.768 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25495 3361 4.8 %RANDOM
Rwork0.20316 ---
obs0.20558 66322 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.172 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å2-0.31 Å2-0 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---2.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3891 0 350 450 4691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0134439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.4211.8036097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6735494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.71522.891211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.97815716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.651521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2270.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.023461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4442.3811980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3143.5582472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.092.4372459
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.58232.1177517
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 318 -
Rwork0.354 4838 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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