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- PDB-8ru4: Crystal structure of Human Catenin Beta-1 in complex with stitche... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ru4
タイトルCrystal structure of Human Catenin Beta-1 in complex with stitched peptide inhibitor
要素
  • Axin-1
  • Catenin beta-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Peptidometic inhibitor of Catenin Beta-1
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-catenin destruction complex assembly / armadillo repeat domain binding / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation ...beta-catenin destruction complex assembly / armadillo repeat domain binding / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / central nervous system vasculogenesis / regulation of centriole-centriole cohesion / head development / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / cell development / regulation of fibroblast proliferation / Scrib-APC-beta-catenin complex / lens morphogenesis in camera-type eye / beta-catenin-TCF complex / endodermal cell fate commitment / acinar cell differentiation / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / layer formation in cerebral cortex / Formation of the nephric duct / positive regulation of myoblast proliferation / axial mesoderm formation / establishment of blood-retinal barrier / dorsal/ventral axis specification / sympathetic ganglion development / fungiform papilla formation / positive regulation of endothelial cell differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / mesenchymal to epithelial transition / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of skeletal muscle tissue development / ectoderm development / regulation of protein localization to cell surface / hair cell differentiation / cellular response to indole-3-methanol / detection of muscle stretch / mesenchymal stem cell differentiation / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of odontoblast differentiation / endothelial tube morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / histone methyltransferase binding / alpha-catenin binding / cranial skeletal system development / regulation of calcium ion import / Germ layer formation at gastrulation / establishment of blood-brain barrier / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / fascia adherens / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / flotillin complex / activation of protein kinase activity / apicolateral plasma membrane / regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / male genitalia development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / Formation of definitive endoderm / regulation of smooth muscle cell proliferation / post-anal tail morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / embryonic brain development / catenin complex / beta-catenin destruction complex / APC truncation mutants have impaired AXIN binding
類似検索 - 分子機能
Axin beta-catenin binding / Axin-1/2, tankyrase-binding domain / Axin-like / Axin beta-catenin binding motif / Axin-1 tankyrase binding domain / DIX domain / RGS, subdomain 1/3 / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. ...Axin beta-catenin binding / Axin-1/2, tankyrase-binding domain / Axin-like / Axin beta-catenin binding motif / Axin-1 tankyrase binding domain / DIX domain / RGS, subdomain 1/3 / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Beta-catenin / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / Axin-1 / Catenin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Yeste Vazquez, A. / Klintrot, C.I.R. / Grossmann, T.N. / Hennig, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Design of Bicyclic Helical Peptides That Target the Oncogene beta-Catenin.
著者: Yeste-Vazquez, A. / Paulussen, F.M. / Wendt, M. / Klintrot, R. / Schulte, C. / Wallraven, K. / van Gijzel, L. / Simeonov, B. / van der Gaag, M. / Gerber, A. / Maric, H.M. / Hennig, S. / Grossmann, T.N.
履歴
登録2024年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin beta-1
B: Catenin beta-1
C: Axin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,29617
ポリマ－115,4653
非ポリマー1,83114
水5,909328
1
A: Catenin beta-1
C: Axin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3249
ポリマ－58,4812
非ポリマー8437
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22810 Å2
手法PISA
2
B: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9728
ポリマ－56,9841
非ポリマー9887
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area23870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.567, 103.617, 187.923
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 153 - 663 / Label seq-ID: 11 - 521

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 10分子 ABC

#1: タンパク質 Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 56984.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNB1, CTNNB, OK/SW-cl.35, PRO2286 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35222
#2: タンパク質・ペプチド Axin-1 / Axis inhibition protein 1 / hAxin


分子量: 1496.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15169
#3: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 335分子

#4: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM TRIS pH 8.75, 2%(w/v) PEG-6000, cryoprotected in 30% (w/v) Glucose.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9212 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9212 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.129→93.961 Å / Num. obs: 51113 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.129→2.31 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2551 / CC1/2: 0.816 / Rpim(I) all: 0.319 / % possible all: 64.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
GDAデータ収集
DIALSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→93.961 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2 / WRfactor Rwork: 0.167 / SU B: 7.764 / SU ML: 0.183 / Average fsc free: 0.9551 / Average fsc work: 0.9681 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.238 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 2502 4.895 %
Rwork0.2011 48608 -
all0.203 --
obs-51110 72.073 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 48.028 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å2-0 Å2
2---0.827 Å20 Å2
3---0.257 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→93.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7696 0 119 328 8143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0127958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.83610809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4371.75718090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.01951052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_1_deg10.52028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.207553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.310.1021379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.21310305
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21805
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1750.26819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.24021
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0680.24336
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0850.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1390.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1440.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.3544.6054089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.3454.6044088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.1568.2425097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.1588.2435097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.6225.1923869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.6175.1933867
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.0419.3035712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.049.3045713
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it14.55855.00133926
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other14.57755.00533766
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1110.0515375
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.111220.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.111220.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.13-2.1850.27670.278950.27847240.9390.9362.15920.259
2.185-2.2450.345450.3067440.30850660.920.92315.57440.291
2.245-2.310.306710.28415930.28549950.930.93933.31330.265
2.31-2.3810.3231090.27420380.27747550.9260.94645.15250.253
2.381-2.4590.2631170.25725540.25746490.9520.95357.45320.233
2.459-2.5460.2691480.24528370.24645370.950.9665.79240.216
2.546-2.6420.2711790.23532140.23743470.9470.96278.05380.201
2.642-2.7490.311980.24735820.25141970.9330.95890.06430.204
2.749-2.8710.2782060.23337740.23540450.950.96398.39310.19
2.871-3.0110.2721890.21936740.22238630.9530.9681000.176
3.011-3.1740.2591690.2135110.21236800.9540.9721000.17
3.174-3.3670.2591720.20733250.20934970.9550.9741000.175
3.367-3.5990.2651470.19931580.20233050.9590.9771000.169
3.599-3.8860.2251520.17629000.17930520.970.9831000.148
3.886-4.2570.1921360.15427170.15628530.9780.9861000.133
4.257-4.7580.1631110.14124760.14125870.9840.9891000.125
4.758-5.4920.1851160.17221970.17323130.9830.9841000.15
5.492-6.720.2951020.2118560.21419580.9550.9751000.179
6.72-9.4790.185920.16314720.16515640.9810.9861000.159
9.479-93.9610.256360.2838910.2829270.970.9521000.283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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