PDB-8ru1: Chromatin remodeling regulator CECR2 with in crystallo disulfide bond

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ru1

タイトル

Chromatin remodeling regulator CECR2 with in crystallo disulfide bond

要素

Chromatin remodeling regulator CECR2

キーワード

TRANSCRIPTION / Crystal Epitopes / Bromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

CERF complex / neural fold formation / inner ear receptor cell stereocilium organization / cytoskeleton-dependent cytokinesis / apoptotic DNA fragmentation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / execution phase of apoptosis / cochlea development / single fertilization / vesicle-mediated transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A fast, parallel method for efficiently exploring crystallization behaviour of large numbers of protein variants
著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Damerell, D. / Krojer, T. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F.

履歴

登録	2024年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年3月13日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry Item: _entity.pdbx_number_of_molecules
改定 2.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ru1.cif.gz	173.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ru1.ent.gz	136.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ru1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ru1_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ru1_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	8ru1_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	8ru1_validation.cif.gz	29.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8ru1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8ru1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ru5C 9gdkC 9gh3C 9giiC 9gleC 9gp1C 9gp4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chromatin remodeling regulator CECR2

B: Chromatin remodeling regulator CECR2

C: Chromatin remodeling regulator CECR2

D: Chromatin remodeling regulator CECR2

ヘテロ分子

55.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Chromatin remodeling regulator CECR2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
13.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Chromatin remodeling regulator CECR2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Chromatin remodeling regulator CECR2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Chromatin remodeling regulator CECR2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.910, 77.200, 78.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.220, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Chromatin remodeling regulator CECR2 / Cat eye syndrome critical region protein 2 分子量: 13728.618 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CECR2, KIAA1740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXF3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3M sodium chloride 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→46.93 Å / Num. obs: 61333 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.66→1.7 Å / Num. unique obs: 4508 / CC_1/2: 0.768

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.66→46.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.09
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2103	2939	4.792 %
R_work	0.1832	58394	-
all	0.185	-	-
obs	-	61333	99.45 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.695 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.74 Å²	-0 Å²	0.127 Å²
2-	-	2.546 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.188 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→46.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3305	0	37	364	3706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.025	0.016	3128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.342	1.846	4628
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.911	1.797	7141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.793	5	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	0.61	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.704	10	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	0.026	10	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.922	10	164
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	827
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.101	0.2	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.061	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.307	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.417	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.023	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.471	3.256	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.479	3.256	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.274	5.821	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.277	5.822	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.278	3.659	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.282	3.66	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.985	6.527	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.984	6.528	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.212	36.045	4195
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.219	35.789	4116

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.66-1.703	0.279	191	0.277	4315	0.278	4525	0.913	0.919	99.5801	0.247
1.703-1.75	0.267	207	0.26	4203	0.26	4418	0.936	0.932	99.8189	0.223
1.75-1.8	0.273	205	0.236	4096	0.238	4308	0.934	0.946	99.8375	0.2
1.8-1.856	0.247	191	0.228	3971	0.229	4176	0.954	0.954	99.6648	0.193
1.856-1.916	0.267	214	0.211	3791	0.214	4019	0.95	0.964	99.6516	0.18
1.916-1.984	0.234	155	0.207	3777	0.208	3941	0.964	0.967	99.7716	0.175
1.984-2.058	0.243	174	0.193	3615	0.196	3795	0.959	0.972	99.8419	0.166
2.058-2.142	0.2	181	0.184	3473	0.185	3659	0.975	0.976	99.8633	0.162
2.142-2.237	0.204	182	0.176	3319	0.178	3505	0.973	0.979	99.8859	0.158
2.237-2.346	0.22	154	0.18	3173	0.182	3335	0.966	0.978	99.7601	0.167
2.346-2.473	0.198	172	0.176	2995	0.177	3175	0.976	0.979	99.748	0.166
2.473-2.622	0.25	141	0.187	2863	0.189	3011	0.963	0.977	99.7675	0.178
2.622-2.803	0.233	130	0.183	2704	0.185	2850	0.965	0.977	99.4386	0.18
2.803-3.026	0.186	113	0.178	2515	0.179	2639	0.976	0.979	99.5832	0.183
3.026-3.314	0.206	123	0.185	2284	0.186	2430	0.975	0.979	99.0535	0.194
3.314-3.703	0.177	110	0.164	2077	0.165	2218	0.984	0.984	98.6023	0.178
3.703-4.271	0.196	84	0.145	1824	0.147	1952	0.975	0.987	97.7459	0.166
4.271-5.22	0.195	106	0.158	1516	0.161	1666	0.977	0.985	97.3589	0.189
5.22-7.337	0.242	55	0.225	1221	0.226	1302	0.967	0.973	98.0031	0.26
7.337-46.93	0.188	51	0.197	662	0.196	746	0.974	0.975	95.5764	0.243

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