PDB-8rtv: Crystal structure of CYP154E1 from Thermobifida fusca YX in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rtv

タイトル

Crystal structure of CYP154E1 from Thermobifida fusca YX in complex with 4-Phenylimidazole

要素

Cytochrome P450-family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / monooxygenase / alkene oxidation / allylic hydroxylation / heme protein / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca YX (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.002 Å

データ登録者

Bikbaev, K. / Hoelzel, S. / Urlacher, V. / Span, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determination of the CYP154E1 cytochrome P450 from Thermobifida fusca YX
著者: Bikbaev, K. / Hoelzel, S. / Urlacher, V. / Span, I.

履歴

登録	2024年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rtv.cif.gz	318.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rtv.ent.gz	253.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rtv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rtv_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rtv_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8rtv_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	8rtv_validation.cif.gz	49.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cytochrome P450-family protein

B: Cytochrome P450-family protein

ヘテロ分子

89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.334, 97.176, 135.688
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 395 / Label seq-ID: 1 - 395

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cytochrome P450-family protein 分子量: 43897.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobifida fusca YX (バクテリア) 遺伝子: Tfu_2976 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47KL3
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-231 / 4-PHENYL-1H-IMIDAZOLE / 4-フェニル-1H-イミダゾ-ル分子量: 144.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % Polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03319 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月29日
放射	モノクロメーター: Si-111 and Si-113 reflection / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.984 Å / Num. obs: 56184 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.224 / R_pim(I) all: 0.092 / R_rim(I) all: 0.242 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 2.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4016 / CC_1/2: 0.475 / R_pim(I) all: 0.882 / R_rim(I) all: 2.272 / Χ²: 0.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
REFMAC	5.8.0425	精密化
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
BUCCANEER		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.002→48.984 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 5.813 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	2787	4.97 %
R_work	0.2184	53285	-
all	0.221	-	-
obs	-	56072	99.618 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.445 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.023 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.454 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.569 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.002→48.984 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6172	0	108	260	6540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	6426
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.865	8772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.595	1.766	14166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.982	5	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.395	5.139	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.034	10	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.217	10	290
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	5887
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	3171
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.085	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.183	3.26	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.183	3.261	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.374	5.852	3944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.374	5.853	3945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.82	3.597	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.819	3.597	3269
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.616	6.446	4828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.616	6.446	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.968	31.852	7211
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.965	31.872	7179
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.115	0.05	12474

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11472	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11472	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.002-2.054	0.303	218	0.306	3804	0.306	4083	0.933	0.934	98.506	0.306
2.054-2.11	0.325	203	0.286	3807	0.288	4010	0.924	0.947	100	0.282
2.11-2.171	0.317	193	0.258	3702	0.261	3895	0.923	0.956	100	0.252
2.171-2.238	0.28	201	0.249	3573	0.251	3782	0.943	0.958	99.7885	0.239
2.238-2.311	0.304	190	0.236	3493	0.24	3689	0.941	0.962	99.8374	0.222
2.311-2.392	0.308	177	0.224	3336	0.229	3531	0.945	0.968	99.4902	0.205
2.392-2.482	0.3	168	0.231	3239	0.234	3435	0.939	0.969	99.1849	0.209
2.482-2.584	0.263	157	0.208	3137	0.211	3294	0.961	0.976	100	0.184
2.584-2.698	0.305	139	0.229	3068	0.232	3207	0.942	0.968	100	0.202
2.698-2.829	0.26	157	0.217	2882	0.22	3042	0.956	0.972	99.9014	0.189
2.829-2.982	0.262	153	0.215	2736	0.218	2891	0.957	0.97	99.9308	0.188
2.982-3.162	0.291	126	0.22	2614	0.224	2741	0.94	0.967	99.9635	0.197
3.162-3.379	0.274	123	0.213	2459	0.216	2587	0.955	0.971	99.8067	0.195
3.379-3.649	0.234	100	0.21	2332	0.211	2451	0.965	0.974	99.2248	0.197
3.649-3.995	0.27	111	0.199	2118	0.203	2234	0.952	0.977	99.7762	0.19
3.995-4.462	0.211	102	0.171	1937	0.173	2048	0.967	0.981	99.5605	0.165
4.462-5.146	0.209	98	0.182	1704	0.183	1817	0.976	0.982	99.1745	0.177
5.146-6.285	0.28	72	0.214	1466	0.217	1554	0.964	0.977	98.9704	0.204
6.285-8.816	0.257	70	0.208	1162	0.211	1245	0.961	0.971	98.9558	0.206
8.816-48.984	0.349	29	0.252	716	0.257	746	0.953	0.958	99.866	0.25

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