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- PDB-8rtr: Bilirubin oxidase from Myrothecium verrucaria with R356S mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rtr
タイトルBilirubin oxidase from Myrothecium verrucaria with R356S mutation
要素Bilirubin oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trp-His cross link / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


bilirubin oxidase activity / bilirubin oxidase / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / MALONIC ACID / OXYGEN MOLECULE / TRIETHYLENE GLYCOL / Bilirubin oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Albifimbria verrucaria (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Svecova, L. / Koval, T. / Kolenko, P. / Ostergaard, L.H. / Dohnalek, J.
資金援助 チェコ, European Union, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447European Union
Czech Academy of Sciences86652036 チェコ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Bilirubin oxidase - answers to questions on ligand binding and Trp-His covalent link formation
著者: Svecova, L. / Koval, T. / Kolenko, P. / Ostergaard, L.H. / Dohnalek, J.
履歴
登録2024年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Bilirubin oxidase
BBB: Bilirubin oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,30439
ポリマ－119,8792
非ポリマー4,42537
水20,8971160
1
AAA: Bilirubin oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,48723
ポリマ－59,9401
非ポリマー2,54722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Bilirubin oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,81716
ポリマ－59,9401
非ポリマー1,87715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.072, 200.888, 217.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Bilirubin oxidase


分子量: 59939.570 Da / 分子数: 2 / 変異: R356S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Albifimbria verrucaria (菌類) / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q12737, bilirubin oxidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 1193分子

#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID


分子量: 104.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 2.5
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M malonic acid pH 2.5, protein concentration 10 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→47.785 Å / Num. obs: 91634 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.249 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.715 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4539 / CC1/2: 0.387 / Rpim(I) all: 0.802 / Rrim(I) all: 1.899 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→47.785 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / SU B: 4.04 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. The last refinement cycle was performed against all measured reflections.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2029 4479 4.9 %RANDOM SELECTION
Rwork0.1581 91631 --
all0.16 ---
obs0.1598 91631 98.923 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.477 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.203 Å2-0 Å2
3----0.274 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8466 0 255 1160 9881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0139094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0158123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6511.67512457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3251.59118739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.81151105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.82222.074511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.492151294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9481560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21672
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.190.27867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.24275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.24084
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1170.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0940.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2340.224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2050.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1480.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7742.6384304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7742.6384303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5533.9555387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5523.9565388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6222.9334788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6082.9324787
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9584.3147048
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9584.3147049
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.33332.17510263
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.14231.5149969
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.1030.293550.2846381X-RAY DIFFRACTION99.867
2.103-2.1610.2763030.2726366X-RAY DIFFRACTION99.955
2.161-2.2230.3032670.2466132X-RAY DIFFRACTION99.797
2.223-2.2910.2653180.2275929X-RAY DIFFRACTION99.348
2.291-2.3660.2563360.2085701X-RAY DIFFRACTION99.917
2.366-2.4490.2383010.25564X-RAY DIFFRACTION99.847
2.449-2.5410.2292710.1835387X-RAY DIFFRACTION99.859
2.541-2.6450.2143100.1685186X-RAY DIFFRACTION99.891
2.645-2.7620.232730.1624912X-RAY DIFFRACTION99.444
2.762-2.8960.2022500.1414740X-RAY DIFFRACTION99.462
2.896-3.0530.1922430.1274540X-RAY DIFFRACTION99.875
3.053-3.2370.1842270.1324271X-RAY DIFFRACTION99.823
3.237-3.4590.1751790.1314097X-RAY DIFFRACTION99.813
3.459-3.7350.1621780.1283742X-RAY DIFFRACTION99.015
3.735-4.0890.1411390.1132854X-RAY DIFFRACTION81.398
4.089-4.5670.1561440.1013193X-RAY DIFFRACTION99.85
4.567-5.2660.1621420.112794X-RAY DIFFRACTION99.323
5.266-6.430.1681150.1382376X-RAY DIFFRACTION98.888
6.43-9.0120.204840.1421878X-RAY DIFFRACTION99.594
9.012-47.7850.175440.1861100X-RAY DIFFRACTION97.466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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