PDB-8rtk: X-ray structure of lysozyme obtained upon reaction with [VIVO(8-H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rtk

タイトル

X-ray structure of lysozyme obtained upon reaction with [VIVO(8-HQ)2] in sodium formate

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Vanadium compound / lysozyme / protein metalation

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Paolillo, M. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Non-covalent interactions with proteins of potential vanadium drugs: the case of lysozyme-VIVO-8-hydroxyquinoline adduct
著者: Paolillo, M. / Ferraro, G. / Pisanu, F. / Sciortino, G. / Garribba, E. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rtk.cif.gz	50.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rtk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rtk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.080, 77.080, 37.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-316- HOH
2	1	AAA-361- HOH
3	1	AAA-447- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 153分子

#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1H23 / 2-$l^{1}-oxidanyl-2,2'-spirobi[3-oxa-1$l^{4}-aza-2$l^{7}-vanadatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-1(12),4,6,8,10-pentaene] 2-oxide 分子量: 371.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₂N₂O₄V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-VVO / oxovanadium(2+) 分子量: 66.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: OV / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-VVB / bis(oxidanyl)vanadium / 水酸化バナジウム分子量: 84.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M sodium formate, 0.1 M Hepes at pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→38.543 Å / Num. obs: 35157 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 27.9
反射シェル	解像度: 1.21→1.23 Å / Num. unique obs: 1693 / CC_1/2: 0.787

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.21→38.543 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 0.71 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	1734	4.947 %
R_work	0.1727	33319	-
all	0.174	-	-
obs	-	35053	99.971 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.812 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.021 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→38.543 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	47	148	1196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.193	1.64	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.61	1.593	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.524	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.82	20.896	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.942	15	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.588	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	960
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.08	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.301	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.078	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.728	1.711	554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.696	1.71	554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.691	2.579	706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.706	2.584	707
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.812	2.204	614
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.766	2.119	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.183	3.193	889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.261	3.084	846
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.794	21.925	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.524	20.879	1312

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.21-1.241	0.249	127	0.26	2426	0.26	2553	0.889	0.894	100	0.24
1.241-1.275	0.27	136	0.248	2322	0.249	2458	0.889	0.902	100	0.22
1.275-1.312	0.248	111	0.219	2315	0.221	2426	0.923	0.928	100	0.188
1.312-1.353	0.251	110	0.217	2238	0.218	2348	0.927	0.93	100	0.182
1.353-1.397	0.247	104	0.218	2174	0.219	2278	0.93	0.938	100	0.18
1.397-1.446	0.228	122	0.205	2095	0.207	2217	0.942	0.944	100	0.169
1.446-1.5	0.247	110	0.196	2016	0.199	2126	0.929	0.948	100	0.164
1.5-1.562	0.231	90	0.194	1983	0.196	2073	0.939	0.946	100	0.165
1.562-1.631	0.193	106	0.172	1859	0.174	1965	0.957	0.96	100	0.152
1.631-1.71	0.152	99	0.173	1807	0.172	1906	0.967	0.961	100	0.158
1.71-1.803	0.211	93	0.174	1703	0.176	1796	0.95	0.955	100	0.165
1.803-1.912	0.194	82	0.178	1626	0.179	1708	0.954	0.954	100	0.173
1.912-2.043	0.194	75	0.165	1546	0.167	1621	0.953	0.962	100	0.169
2.043-2.207	0.189	84	0.157	1447	0.159	1531	0.957	0.971	100	0.171
2.207-2.416	0.145	69	0.143	1314	0.143	1383	0.978	0.975	100	0.161
2.416-2.7	0.15	64	0.155	1219	0.155	1283	0.972	0.97	100	0.183
2.7-3.116	0.18	48	0.153	1092	0.154	1140	0.958	0.969	100	0.186
3.116-3.809	0.17	52	0.144	924	0.146	976	0.969	0.974	100	0.176
3.809-5.361	0.16	32	0.159	754	0.159	786	0.968	0.974	100	0.215
5.361-38.543	0.365	20	0.267	451	0.271	480	0.903	0.921	98.125	0.356

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 5種, 153分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-非ポリマー , 5種, 153分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 5種, 153分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)