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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rtd | |||||||||||||||
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タイトル | Stalk-Arches-IMC structure from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM. | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS Arches Stalk inner membrane complex IMC R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB3 VirB4 VirB5 VirB6 VirB8 VirB10 TrwM TrwK TrwJ TrwI TrwG TrwE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type IV secretion system / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Mace, K. / Waksman, G. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of a conjugative type IV secretion system suggests a molecular switch regulating pilus biogenesis. 著者: Kévin Macé / Gabriel Waksman / 要旨: Conjugative type IV secretion systems (T4SS) mediate bacterial conjugation, a process that enables the unidirectional exchange of genetic materials between a donor and a recipient bacterial cell. ...Conjugative type IV secretion systems (T4SS) mediate bacterial conjugation, a process that enables the unidirectional exchange of genetic materials between a donor and a recipient bacterial cell. Bacterial conjugation is the primary means by which antibiotic resistance genes spread among bacterial populations (Barlow 2009; Virolle et al, 2020). Conjugative T4SSs form pili: long extracellular filaments that connect with recipient cells. Previously, we solved the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a conjugative T4SS. In this article, based on additional data, we present a more complete T4SS cryo-EM structure than that published earlier. Novel structural features include details of the mismatch symmetry within the OMCC, the presence of a fourth VirB8 subunit in the asymmetric unit of both the arches and the inner membrane complex (IMC), and a hydrophobic VirB5 tip in the distal end of the stalk. Additionally, we provide previously undescribed structural insights into the protein VirB10 and identify a novel regulation mechanism of T4SS-mediated pilus biogenesis by this protein, that we believe is a key checkpoint for this process. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rtd.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rtd.ent.gz | 791.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rtd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rtd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 19488MC 8rt4C 8rt5C 8rt6C 8rt7C 8rt8C 8rt9C 8rtaC 8rtbC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 6種, 34分子 ABCKEDFGQSUXYbcdiaZeLMHIJjRfOP...
#1: タンパク質 | 分子量: 25190.461 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8R752 #2: タンパク質 | 分子量: 25799.994 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8R756 #3: タンパク質 | 分子量: 42443.785 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8R758 #4: タンパク質 | 分子量: 35324.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8R754 #5: タンパク質 | 分子量: 12292.585 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8R750 #6: タンパク質 | 分子量: 93769.930 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trwK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8R751 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 57.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65173 / 対称性のタイプ: POINT |