PDB-8rtc: Rap from bacteriophage Phi3T in presence of pheromone RGHTS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rtc

タイトル

Rap from bacteriophage Phi3T in presence of pheromone RGHTS

要素

Pheromone RGHTS
Rap3T

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Rap / Aspartate phosphatase / Phi3T / Bacteriophage

機能・相同性

response regulator aspartate phosphatase H, N terminal / : / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / : / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus phage phi3T (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Marina, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024
タイトル: Extracellular proteolysis of tandemly duplicated pheromone propeptides affords additional complexity to bacterial quorum sensing.
著者: Felipe-Ruiz, A. / Zamora-Caballero, S. / Bendori, S.O. / Penades, J.R. / Eldar, A. / Marina, A.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	8rstC 8rsuC 8rsvC 8rteC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Rap3T

B: Rap3T

C: Pheromone RGHTS

D: Pheromone RGHTS

ヘテロ分子

94.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rap3T

C: Pheromone RGHTS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Rap3T

D: Pheromone RGHTS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.600, 92.660, 101.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.070, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999980963689, -0.00172833696955, -0.00592326861513), (0.0017682937714, -0.999975674255, -0.00674715022106), (-0.00591146317804, -0.0067574958592, 0.999959694614)	-58.517952766, 31.0029674311, -0.0565943039022
2	given	(-0.999765427598, -0.011959019255, -0.0180574537954), (0.0116294292681, -0.99976585065, 0.0182482944251), (-0.0182714573587, 0.0180340159971, 0.999670409742)	-57.1601121117, 27.9573964211, -0.1941822316

#1: タンパク質	Rap3T 分子量: 45028.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi3T (ファージ) / 遺伝子: phi3T_14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1P8CWN8
#2: タンパク質・ペプチド	Pheromone RGHTS 分子量: 558.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus phage phi3T (ファージ)
#3: 化合物	ChemComp-A1H22 / Glycerol ethoxylate / 2-[2-[2-[2-[2-[2-[2,3-bis[2-[2-[2-[2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanol 分子量: 885.040 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₈₀O₂₁
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.02 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 25% glycerol ethoxylate, 0.2M NH4Cl

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.83→97.48 Å / Num. obs: 24531 / % possible obs: 91.48 % / 冗長度: 21.6 % / B_iso Wilson estimate: 72.33 Å² / CC_1/2: 0.898 / Net I/σ(I): 23.93
反射シェル	解像度: 2.83→2.931 Å / Num. unique obs: 2392 / CC_1/2: 0.574

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.83→97.48 Å / SU ML: 0.3722 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.1757
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2672	1244	5.25 %
R_work	0.228	22444	-
obs	0.2301	23688	91.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→97.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5937	0	40	40	6017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6100
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7719	8197
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0502	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	1038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0077	2272

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.83-2.94	0.3049	128	0.3351	2514	X-RAY DIFFRACTION	93.13
2.94-3.08	0.3465	140	0.3068	2538	X-RAY DIFFRACTION	93.18
3.08-3.24	0.3449	124	0.2937	2511	X-RAY DIFFRACTION	92.91
3.24-3.44	0.329	166	0.2673	2486	X-RAY DIFFRACTION	92.18
3.44-3.71	0.2809	144	0.2493	2506	X-RAY DIFFRACTION	92.24
3.71-4.08	0.2942	146	0.2168	2483	X-RAY DIFFRACTION	91.57
4.08-4.67	0.2671	135	0.2002	2469	X-RAY DIFFRACTION	90.79
4.67-5.89	0.2438	145	0.2087	2468	X-RAY DIFFRACTION	90.57
5.89-97.48	0.1942	116	0.1982	2469	X-RAY DIFFRACTION	87.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.35489254518	-1.23154407423	0.432363774595	4.1715708697	0.140062411591	1.54825325763	-0.1350662256	-0.599763595088	-0.654453915018	0.142061230305	0.128213522263	0.490964437531	0.254320026349	0.09420381413	-0.226590318168	0.719336752699	0.0311238092414	-0.0629942917629	0.741505567794	0.0671770315156	0.709947885514	-13.7361848553	-15.6157021677	143.469493766
2	1.72434293177	-1.44542924015	0.658131888307	3.60338583535	1.3080815032	2.50231326457	0.0186349175648	-0.230786757944	-0.9910076158	-0.259258434901	-0.273818757343	0.254357575425	0.871797126267	-0.393946060689	-0.0993588771534	0.860365894976	-0.0669259984333	-0.0457736772385	0.642407350489	0.0723739491474	0.667252821102	-24.8602634914	-13.4023988243	135.461868485
3	2.95471499229	-0.611933463903	-1.45531414927	2.85879909954	-0.237693414555	3.13836495099	0.201017987944	-0.103753006223	0.188148407297	-0.403691093971	0.196511479342	-0.240145937972	-0.380066271972	0.324946250141	-0.254144419983	0.7068361205	-0.0712193724754	-0.010766899483	0.453212520958	-0.0724867185723	0.38418872099	-15.4266093878	4.68538315658	129.340356832
4	2.1671075724	-0.616300508189	-0.209213235715	2.43732491695	-0.110925835577	1.79338501534	0.431260114426	0.405357142692	0.130067884558	-1.08507348585	-0.317981264628	-0.826740608473	-0.207218364203	0.925457878057	-0.17476279958	1.11692968501	-0.0365623475143	0.180142582367	0.752600224565	-0.0269687027232	0.740275662494	-6.56127014319	0.234380220207	110.656355584
5	2.84671967987	-0.271410537402	0.549080555888	3.36245656466	0.285604847425	2.20550012807	0.723316021618	0.467738649164	-0.301841831727	-1.57976865931	-0.513683448574	0.217192102468	-0.436759146092	-0.194765779531	-0.191347086768	1.99472381846	0.212168324167	-0.117925276805	0.608097322924	-0.00821417362921	0.296487208022	-22.9587516154	1.10512445484	104.760484456
6	2.8050430696	-2.65894208834	-0.743167632913	3.7159079207	-0.0693389127765	1.53258480537	-0.148024586041	-0.176170370882	0.486291504997	-0.0844883585949	0.228124688035	-0.291562070996	-0.5361324604	0.017884488191	-0.225088385892	0.643961493149	-0.0214495007189	0.0304684266928	0.646160833076	-0.0562358140643	0.581836863074	-41.6064782809	44.585870063	140.444105535
7	2.0888576128	-0.913577770453	0.909619879532	3.33287424123	0.168464820793	3.59774422318	0.310353415128	0.0905082463314	-0.253861952053	-0.836334392408	-0.0110705631309	0.504472187886	0.41681935903	-0.413765032663	-0.196787223156	0.739669876549	-0.088521360847	-0.0615073799551	0.501927854267	0.0655081405179	0.497998862594	-46.2954119993	26.5847875496	124.283602273
8	2.33796768509	-0.810363615855	-0.239459008732	4.31078513338	0.731115725264	2.31524902903	0.674291750205	0.319351794042	0.142024833527	-1.61448269078	-0.459790252523	0.117173252497	0.18714488052	-0.0383160232495	-0.174863992042	1.93397090905	0.232249486577	-0.00919465168307	0.65404680893	0.0346410519562	0.361374300524	-36.2557890555	29.3651915615	104.794629679
9	5.47209171546	-0.744842527061	-2.43292307145	3.96216510928	2.72622366933	2.57584912214	0.685232898698	-0.00365077258796	-0.390264671933	-0.536761615926	-0.290263813123	-0.887442452272	0.141130863479	-0.424233119305	-0.248669941661	1.16070917184	-0.142738528281	0.0856910483807	0.507967183727	0.00695910551535	0.479262848776	-14.7229032241	1.28917078953	121.450091728
10	3.34611869421	0.0866681840159	2.90672168183	4.60044724016	-2.08274984128	3.51011686295	0.401462402487	-0.176589355563	-0.643411795188	-0.515426904496	-0.508449131622	0.51446828343	-0.293041894032	-0.321830029492	-0.177399338263	0.935551290335	0.0723691230818	-0.0202459523544	0.590319255269	0.0844706362797	0.573075258478	-44.633570976	28.7080443992	121.475343469

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 7 through 68 )	A	A	7 - 68	1 - 60
2	2	chain 'A' and (resid 69 through 112 )	A	A	69 - 112	61 - 96
3	3	chain 'A' and (resid 113 through 233 )	A	A	113 - 233	97 - 217
4	4	chain 'A' and (resid 234 through 278 )	A	A	234 - 278	218 - 262
5	5	chain 'A' and (resid 279 through 371 )	A	A	279 - 371	263 - 355
6	6	chain 'B' and (resid 7 through 112 )	B	B	7 - 112	1 - 94
7	7	chain 'B' and (resid 113 through 278 )	B	B	113 - 278	95 - 260
8	8	chain 'B' and (resid 279 through 371 )	B	B	279 - 371	261 - 353
9	9	chain 'C' and (resid 1 through 5 )	C	C	1 - 5	1 - 5
10	10	chain 'D' and (resid 1 through 5 )	D	D	1 - 5	1 - 5

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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