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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rtb | |||||||||||||||
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タイトル | Extended inner membrane complex (IMC) protomer structure (TrwM/VirB3-TrwK/VirB4-TrwI/VirB6-TrwG/VirB8-TrwE/VirB10) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM. | |||||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / type IV secretion system type 4 secretion system T4SS inner membrane complex IMC IMC-protomer Extended IMC R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB3 VirB4 VirB6 VirB8 VirB10 TrwM TrwK TrwI TrwG TrwE | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() protein secretion by the type IV secretion system / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å | |||||||||||||||
![]() | Mace, K. / Waksman, G. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of a conjugative type IV secretion system suggests a molecular switch regulating pilus biogenesis. 著者: Kévin Macé / Gabriel Waksman / ![]() ![]() 要旨: Conjugative type IV secretion systems (T4SS) mediate bacterial conjugation, a process that enables the unidirectional exchange of genetic materials between a donor and a recipient bacterial cell. ...Conjugative type IV secretion systems (T4SS) mediate bacterial conjugation, a process that enables the unidirectional exchange of genetic materials between a donor and a recipient bacterial cell. Bacterial conjugation is the primary means by which antibiotic resistance genes spread among bacterial populations (Barlow 2009; Virolle et al, 2020). Conjugative T4SSs form pili: long extracellular filaments that connect with recipient cells. Previously, we solved the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a conjugative T4SS. In this article, based on additional data, we present a more complete T4SS cryo-EM structure than that published earlier. Novel structural features include details of the mismatch symmetry within the OMCC, the presence of a fourth VirB8 subunit in the asymmetric unit of both the arches and the inner membrane complex (IMC), and a hydrophobic VirB5 tip in the distal end of the stalk. Additionally, we provide previously undescribed structural insights into the protein VirB10 and identify a novel regulation mechanism of T4SS-mediated pilus biogenesis by this protein, that we believe is a key checkpoint for this process. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 343.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 264.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 106.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 19485MC ![]() 8rt4C ![]() 8rt5C ![]() 8rt6C ![]() 8rt7C ![]() 8rt8C ![]() 8rt9C ![]() 8rtaC ![]() 8rtdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12292.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 93769.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 25799.994 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 42443.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 35324.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Extended IMC-protomer complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 57.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 234578 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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