PDB-8rt2: Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler on Earth

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rt2

タイトル

Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler on Earth

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / LYSOZYME / GADOLINIUM COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 0.8 Å

データ登録者

MacCarthy, C. / Koudan, E.V. / Petrov, S.V. / Levin, A.A. / Khesuani, Y.D. / Borshchevskiy, V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler on Earth
著者: MacCarthy, C. / Koudan, E.V. / Petrov, S.V. / Levin, A.A. / Khesuani, Y.D. / Borshchevskiy, V.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rt2.cif.gz	137.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rt2.ent.gz	92.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rt2_validation.pdf.gz	7.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rt2_full_validation.pdf.gz	7.5 MB	表示
XML形式データ	8rt2_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	8rt2_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.030, 77.030, 38.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1115- HOH
2	1	A-1116- HOH
3	1	A-1281- HOH
4	1	A-1335- HOH
5	1	A-1382- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 307分子

#2: 化合物	ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DO3 / 10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE 1,4,7-TRIACETIC ACID 分子量: 404.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₂N₄O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.21 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8 詳細: SODIUM ACETATE 0.1M AT PH 4.8, NACL 13%, Gd(HP-D03A) 250mM, 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.61992 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.61992 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.8→38.97 Å / Num. obs: 236365 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 8.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.54
反射シェル	解像度: 0.8→0.82 Å / Num. unique obs: 17476 / CC_1/2: 0.247

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 0.8→18.73 Å / SU ML: 0.113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.14
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1326	7957	3.37 %
R_work	0.1212	228155	-
obs	0.1216	236112	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.8→18.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	69	295	1364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	1329
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2401	1833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0888	185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0129	245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.1689	541

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.8-0.81	0.434	265	0.3963	7481	X-RAY DIFFRACTION	97.93
0.81-0.82	0.3783	261	0.3656	7514	X-RAY DIFFRACTION	99.18
0.82-0.83	0.3729	267	0.3522	7605	X-RAY DIFFRACTION	99.43
0.83-0.84	0.339	267	0.3311	7565	X-RAY DIFFRACTION	99.76
0.84-0.85	0.3234	268	0.3204	7622	X-RAY DIFFRACTION	99.72
0.85-0.86	0.3263	262	0.3036	7578	X-RAY DIFFRACTION	99.86
0.86-0.87	0.333	263	0.3049	7641	X-RAY DIFFRACTION	99.94
0.87-0.89	0.3218	268	0.2866	7643	X-RAY DIFFRACTION	99.95
0.89-0.9	0.2512	259	0.2624	7568	X-RAY DIFFRACTION	99.9
0.9-0.92	0.2085	272	0.2142	7618	X-RAY DIFFRACTION	99.97
0.92-0.93	0.1788	265	0.1826	7575	X-RAY DIFFRACTION	99.95
0.93-0.95	0.1879	268	0.1577	7684	X-RAY DIFFRACTION	99.99
0.95-0.97	0.1403	263	0.1397	7540	X-RAY DIFFRACTION	100
0.97-0.99	0.1499	267	0.129	7668	X-RAY DIFFRACTION	99.99
0.99-1.01	0.1325	262	0.1215	7601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.01-1.03	0.1228	265	0.1215	7640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.03-1.06	0.1181	267	0.1098	7608	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.06-1.09	0.1146	268	0.1018	7613	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.09-1.12	0.1019	264	0.0922	7643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.12-1.15	0.118	265	0.089	7581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.15-1.19	0.0916	270	0.0896	7630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.19-1.24	0.1132	267	0.0908	7599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.3	0.1009	266	0.091	7645	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.3-1.37	0.0987	261	0.0911	7619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.45	0.0906	267	0.0903	7601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.57	0.1048	266	0.0946	7620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.72	0.1008	266	0.0997	7601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.97	0.1294	256	0.1127	7641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.48	0.1325	266	0.1145	7623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-18.73	0.1489	266	0.1379	7588	X-RAY DIFFRACTION	99.67

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 307分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 6種, 307分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 307分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)