PDB-8rt1: BTV15 VP5 at pH 9.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rt1

タイトル

BTV15 VP5 at pH 9.0

要素

Outer capsid protein VP5

キーワード

VIRAL PROTEIN / Bluetongue virus / outer capsid protein

機能・相同性

Outer capsid protein VP5, Orbivirus / Orbivirus outer capsid protein VP5 / viral outer capsid / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / structural molecule activity / Outer capsid protein VP5

機能・相同性情報

生物種

Bluetongue virus 15 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Sutton, G.C. / Stuart, D.I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2024
タイトル: The effect of pH on the structure of Bluetongue virus VP5.
著者: Zhang, H. / El Omari, K. / Sutton, G. / Stuart, D.I.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rt1.cif.gz	766.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rt1.ent.gz	639.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rt1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/8rt1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rt0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer capsid protein VP5

B: Outer capsid protein VP5

C: Outer capsid protein VP5

D: Outer capsid protein VP5

E: Outer capsid protein VP5

F: Outer capsid protein VP5

G: Outer capsid protein VP5

H: Outer capsid protein VP5

I: Outer capsid protein VP5

503 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer capsid protein VP5

B: Outer capsid protein VP5

C: Outer capsid protein VP5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
168 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Outer capsid protein VP5

E: Outer capsid protein VP5

F: Outer capsid protein VP5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Outer capsid protein VP5

H: Outer capsid protein VP5

I: Outer capsid protein VP5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.399, 142.205, 142.151
Angle α, β, γ (deg.)	119.54, 96.09, 95.80
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Outer capsid protein VP5 分子量: 55924.934 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bluetongue virus 15 (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: R4J9Y2
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.09M sodium formate, 6.6% PGA-LM, 0.1M Tris (pH 9.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→46.67 Å / Num. obs: 290549 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 57.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / R_merge(I) obs: 0.67 / Num. unique obs: 15781

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→46.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 18.362 / SU ML: 0.343 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.001 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26083	7251	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23984	-	-	-
obs	0.24089	140255	98.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.557 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.36 Å²	-1.91 Å²	-1.63 Å²
2-	-	-1.07 Å²	2.58 Å²
3-	-	-	1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.8→46.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31370	0	0	0	31370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	31916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	30199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.677	1.647	43050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.396	1.577	70044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.918	5	3931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.745	22.367	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.7	15	5545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.726	15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	4231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	35591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	6485
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.182	7.211	15793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.181	7.211	15793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.944	10.826	19701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.944	10.826	19702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.507	7.734	16123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.507	7.734	16124
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.983	11.387	23350
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.163	84.783	33754
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.164	84.786	33755
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14360	0.06
1	2	B	14360	0.06
2	1	A	14350	0.07
2	2	C	14350	0.07
3	1	A	14328	0.04
3	2	D	14328	0.04
4	1	A	14657	0.04
4	2	E	14657	0.04
5	1	A	14321	0.06
5	2	F	14321	0.06
6	1	A	14528	0.05
6	2	G	14528	0.05
7	1	A	14345	0.07
7	2	H	14345	0.07
8	1	A	14361	0.05
8	2	I	14361	0.05
9	1	B	14517	0.06
9	2	C	14517	0.06
10	1	B	14152	0.06
10	2	D	14152	0.06
11	1	B	14225	0.06
11	2	E	14225	0.06
12	1	B	14488	0.06
12	2	F	14488	0.06
13	1	B	14344	0.06
13	2	G	14344	0.06
14	1	B	14540	0.06
14	2	H	14540	0.06
15	1	B	14140	0.06
15	2	I	14140	0.06
16	1	C	14136	0.06
16	2	D	14136	0.06
17	1	C	14198	0.06
17	2	E	14198	0.06
18	1	C	14505	0.06
18	2	F	14505	0.06
19	1	C	14313	0.07
19	2	G	14313	0.07
20	1	C	14503	0.05
20	2	H	14503	0.05
21	1	C	14153	0.07
21	2	I	14153	0.07
22	1	D	14250	0.05
22	2	E	14250	0.05
23	1	D	14109	0.06
23	2	F	14109	0.06
24	1	D	14256	0.04
24	2	G	14256	0.04
25	1	D	14099	0.06
25	2	H	14099	0.06
26	1	D	14253	0.05
26	2	I	14253	0.05
27	1	E	14129	0.06
27	2	F	14129	0.06
28	1	E	14265	0.05
28	2	G	14265	0.05
29	1	E	14222	0.06
29	2	H	14222	0.06
30	1	E	14270	0.06
30	2	I	14270	0.06
31	1	F	14336	0.06
31	2	G	14336	0.06
32	1	F	14448	0.06
32	2	H	14448	0.06
33	1	F	14156	0.06
33	2	I	14156	0.06
34	1	G	14345	0.07
34	2	H	14345	0.07
35	1	G	14211	0.05
35	2	I	14211	0.05
36	1	H	14114	0.06
36	2	I	14114	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	516	-
R_work	0.383	9528	-
obs	-	-	90.55 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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