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万見
- PDB-8rsw: Solution NMR structure of Pacsin 2 SH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rsw
タイトルSolution NMR structure of Pacsin 2 SH3 domain
要素Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / pacsin / FAP52 / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


caveola assembly / plasma membrane tubulation / phosphatidic acid binding / negative regulation of endocytosis / regulation of endocytosis / cytoskeletal protein binding / cytoskeleton organization / phospholipid binding / caveola / ruffle membrane ...caveola assembly / plasma membrane tubulation / phosphatidic acid binding / negative regulation of endocytosis / regulation of endocytosis / cytoskeletal protein binding / cytoskeleton organization / phospholipid binding / caveola / ruffle membrane / recycling endosome membrane / endocytosis / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / early endosome / endosome / focal adhesion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PACSIN2, F-BAR domain / PACSIN1/PACSIN2, SH3 domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains ...PACSIN2, F-BAR domain / PACSIN1/PACSIN2, SH3 domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / molecular dynamics
データ登録者Tossavainen, H. / Permi, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structure of Pacsin 2 SH3 domain
著者: Tossavainen, H. / Permi, P.
履歴
登録2024年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5621
ポリマ－7,5621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2 / Focal adhesion protein of 52 kDa / FAP52


分子量: 7562.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: PACSIN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13154
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CO)CA
151isotropic13D iHNCA
161isotropic13D iHNCACB
171isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HNCO
191isotropic13D C(CO)NH
1101isotropic13D H(CCO)NH
1111isotropic23D (H)CCH-COSY
1121isotropic23D 1H-13C NOESY
1131isotropic23D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.2 mM [U-13C; U-15N] Pacsin 2 SH3 domain, 20 mM bis-TRIS, 93% H2O/7% D2O
Label: sample 1 / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMPacsin 2 SH3 domain[U-13C; U-15N]1
20 mMbis-TRISnatural abundance1
試料状態Ionic strength units: M / Label: conditions 1 / pH: 6.8 / 圧: ambient atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRVariancollection
VNMRVarian解析
SparkyGoddardデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化
手法ソフトェア番号
torsion angle dynamics4
molecular dynamics5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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