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- PDB-8rs4: Flavin-dependent tryptophan 6-halogenase Thal in complex with try... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rs4
タイトルFlavin-dependent tryptophan 6-halogenase Thal in complex with tryptoline
要素Tryptophan 6-halogenase ThaL
キーワードFLAVOPROTEIN / flavin-dependent / halogenase / non-native substrate / unnatural substrate / tryptoline
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan 6-halogenase / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / : / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 2,3,4,9-tetrahydro-1~{H}-pyrido[3,4-b]indole / Tryptophan 6-halogenase ThaL
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces albogriseolus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bork, S. / Niemann, H.H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
German Research Foundation (DFG)NI 694/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / : 2025
タイトル: Structural Basis of Regioselective Bromination of Tricyclic Tryptoline by the Tryptophan Halogenase Thal.
著者: Bork, S. / Besse, C. / Sewald, N. / Niemann, H.H.
履歴
登録2024年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 6-halogenase ThaL
B: Tryptophan 6-halogenase ThaL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,29420
ポリマ-120,4402
非ポリマー1,85418
10,052558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homodimer in crystal monomer in solution
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area39400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.590, 137.590, 144.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1022-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 53 or resid 55...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 53 or resid 55...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASPASPPROPROAA2 - 534 - 55
d_12LEULEUMETMETAA55 - 7157 - 73
d_13GLUGLUGLUGLUAA7375
d_14ALAALALYSLYSAA76 - 7978 - 81
d_15ALAALAALAALAAA81 - 14683 - 148
d_16THRTHRLEULEUAA148 - 181150 - 183
d_17ASNASNLYSLYSAA183 - 188185 - 190
d_18ALAALAVALVALAA190 - 194192 - 196
d_19ASPASPGLUGLUAA196 - 197198 - 199
d_110THRTHRLEULEUAA199 - 212201 - 214
d_111THRTHRGLNGLNAA214 - 306216 - 308
d_112GLUGLUASNASNAA308 - 327310 - 329
d_113VALVALVALVALAA329331
d_114PHEPHEILEILEAA331 - 365333 - 367
d_115ALAALAALAALAAA367 - 368369 - 370
d_116HISHISALAALAAA370 - 373372 - 375
d_117HISHISASPASPAA375 - 450377 - 452
d_118ASNASNPROPROAA464 - 482466 - 484
d_119ASNASNALAALAAA484 - 497486 - 499
d_120ALAALALYSLYSAA499 - 507501 - 509
d_121LYSLYSVALVALAA509 - 514511 - 516
d_122SERSERLEULEUAA516 - 524518 - 526
d_123GLNGLNHISHISAA526 - 528528 - 530
d_21ASPASPPROPROBB2 - 534 - 55
d_22LEULEUMETMETBB55 - 7157 - 73
d_23GLUGLUGLUGLUBB7375
d_24ALAALALYSLYSBB76 - 7978 - 81
d_25ALAALAALAALABB81 - 14683 - 148
d_26THRTHRLEULEUBB148 - 181150 - 183
d_27ASNASNLYSLYSBB183 - 188185 - 190
d_28ALAALAVALVALBB190 - 194192 - 196
d_29ASPASPGLUGLUBB196 - 197198 - 199
d_210THRTHRLEULEUBB199 - 212201 - 214
d_211THRTHRGLNGLNBB214 - 306216 - 308
d_212GLUGLUASNASNBB308 - 327310 - 329
d_213VALVALVALVALBB329331
d_214PHEPHEILEILEBB331 - 365333 - 367
d_215ALAALAALAALABB367 - 368369 - 370
d_216HISHISALAALABB370 - 373372 - 375
d_217HISHISASPASPBB375 - 450377 - 452
d_218ASNASNPROPROBB464 - 482466 - 484
d_219ASNASNALAALABB484 - 497486 - 499
d_220ALAALALYSLYSBB499 - 507501 - 509
d_221LYSLYSVALVALBB509 - 514511 - 516
d_222SERSERLEULEUBB516 - 524518 - 526
d_223GLNGLNHISHISBB526 - 528528 - 530

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.991285623964, -0.0609781520692, -0.116766761937), (-0.0646201833959, -0.547330773775, 0.834417914463), (-0.114791304639, 0.834691972556, 0.538620708226)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.991285623964, -0.0609781520692, -0.116766761937), (-0.0646201833959, -0.547330773775, 0.834417914463), (-0.114791304639, 0.834691972556, 0.538620708226)
ベクター: 116.265259799, 33.8623109908, -9.56079913219)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan 6-halogenase ThaL / Trp 6-halogenase / FADH(2)-dependent tryptophan 6-halogenase


分子量: 60219.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus (バクテリア)
遺伝子: thaL, thdH / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1E280, tryptophan 6-halogenase

-
非ポリマー , 5種, 576分子

#2: 化合物
ChemComp-WYH / 2,3,4,9-tetrahydro-1~{H}-pyrido[3,4-b]indole / 1,2,3,4-テトラヒドロ-β-カルボリン


分子量: 172.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C11H12N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.7 % / 解説: hexagonal prism
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: reservoir: 0.1 M bicine pH 8.0, 1.6 M KH2PO4/K2HPO4; protein: 15 mg/mL Thal-wt (10 mM Tris pH 7.4, 50 mM NaCl, 1 mM DTT); Ratio: 100 nL protein + 100 nL reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 78305 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.46 % / Biso Wilson estimate: 42.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 15.35
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 9.48 % / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 5792 / CC1/2: 0.353 / Rrim(I) all: 2.56 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSBUILT=20220820データ削減
XSCALEBUILT=20220820データスケーリング
Coot0.9.8.1モデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→45.04 Å / SU ML: 0.2849 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.0902
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2037 3913 5 %
Rwork0.1688 74329 -
obs0.1705 78242 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8331 0 121 558 9010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13612107
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07381264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01191580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.56273252
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.5034097947 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.29431400.2892658X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.260.27621400.28342651X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.280.33591390.2622652X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.320.2991400.26852658X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.350.3111390.26722633X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.380.30381390.25732650X-RAY DIFFRACTION99.96
2.38-2.420.30751390.24542641X-RAY DIFFRACTION99.93
2.42-2.460.28431400.23812662X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.50.3061390.23382634X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.550.24361400.22292660X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.60.27751390.22432650X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.650.25951400.21392653X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.710.27341390.20572630X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.770.24011400.19222659X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.840.26451390.18972644X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.920.22291390.18792644X-RAY DIFFRACTION100
2.92-30.22591410.192674X-RAY DIFFRACTION100
3-3.10.23081390.19392645X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.210.24341400.19422673X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.340.2571400.18512649X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.490.22091390.16652653X-RAY DIFFRACTION99.96
3.49-3.680.18971400.15552659X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.910.17251410.14862673X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.210.15951390.12152644X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.630.12831410.10762673X-RAY DIFFRACTION100
4.63-5.30.10781410.11052674X-RAY DIFFRACTION100
5.3-6.670.18441400.15022668X-RAY DIFFRACTION100
6.67-45.040.17221410.14832665X-RAY DIFFRACTION97.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.02411375607-1.18590279656-4.282815020361.155760274021.929175884965.55716637247-0.0503892399269-0.437393100212-0.1348150942570.1313747200830.114830102752-0.0373695066417-0.07850625572870.5447318263660.0309649354610.28031009665-0.0577446085282-0.0005172925439560.3979971750650.0101547106550.27124816983817.6523883327-44.6984657095-23.9200197748
20.8651454283840.197764701964-0.3788068605540.425624972523-0.1322163470641.01220962011-0.0101160782316-0.04262367900720.09753059074660.01713957642190.02774620740520.0127375712027-0.1333885182750.0322282524564-0.02266295571330.33515290744-0.005239194940640.03687354299830.3000669494770.009077256299360.2892824853921.6412343088-40.6045468778-25.6410757367
32.133429946831.538360491130.6920833783571.500334191690.6467523268291.6569397769-0.0357005074340.0212464605303-0.1667276225020.01261516642890.0364194727634-0.2040665534550.03785872250940.27023943102-0.02925242811930.4018784793610.0667771739650.04233013953640.3912771918150.01834061695370.343321017839-7.82114303107-53.6771408006-13.0681647432
45.74594082139-1.55711289418-1.879737288322.44722246541-0.2421779713772.08435417979-0.288850072025-0.375245613259-0.627952290953-0.140718662081-0.0484878393964-0.2942259490470.1099468526820.3256751575570.2289334118860.321484481477-0.004296401353590.09725715340430.3724297854210.1039456594730.424051384881-15.4801138253-85.3568471756-16.0197024292
52.739347701432.25875481781-0.4206383072663.215122529290.05436869010430.77665806182-0.418622142006-0.276631113896-1.04657455813-0.02428935408460.11376536618-0.4648789880780.2572158496510.2456891852090.2537254914490.517582542650.09455818864750.2682825504470.5287996899920.1263598973940.80656957345614.5646463301-84.0009735737-32.6870918082
63.90017782978-0.02064655418450.02970993653641.30477623916-1.188099081182.32814725351-0.1645910267570.0158673576226-0.723184445539-0.1934518956650.0250356205651-0.1331558870040.241277814209-0.03016149690690.1087545399990.382239542573-0.02988454598020.09418377838320.2826476947610.007391702301320.456677061804-21.1162473719-86.3979749004-20.6979942206
72.393642815440.750804653415-0.9235329860030.904463566512-0.2319339967461.88643096695-0.5268222562330.423788544743-1.06517558001-0.3555786334460.00866927220191-0.3034048769680.527618203514-0.07110989475440.1703862651170.561107244937-0.08197126834040.2774111902140.381234562548-0.09995275327970.665246611566-8.7994450046-87.2929723413-34.3620748746
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 80 )AA2 - 801 - 79
22chain 'A' and (resid 81 through 428 )AA81 - 42880 - 427
33chain 'A' and (resid 429 through 529 )AA429 - 529428 - 528
44chain 'B' and (resid 2 through 80 )BJ2 - 801 - 79
55chain 'B' and (resid 81 through 152 )BJ81 - 15280 - 151
66chain 'B' and (resid 153 through 243 )BJ153 - 243152 - 242
77chain 'B' and (resid 244 through 428 )BJ244 - 428243 - 427
88chain 'B' and (resid 429 through 492 )BJ429 - 492428 - 479
99chain 'B' and (resid 493 through 529 )BJ493 - 529480 - 516

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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