+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rry | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of copper-loaded SmAA10 | ||||||
![]() | CBP21 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / lytic polysaccharide monooxygenase (LPMO) / copper enzyme | ||||||
機能・相同性 | Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / chitin catabolic process / Immunoglobulin E-set / CITRIC ACID / COPPER (II) ION / Chitin-binding protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Munzone, A. / Pujol, M. / Reglier, M. / Royant, A. / Simaan, A.J. / Decroos, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Integrated Experimental and Theoretical Investigation of Copper Active Site Properties of a Lytic Polysaccharide Monooxygenase from Serratia marcescens. 著者: Munzone, A. / Pujol, M. / Tamhankar, A. / Joseph, C. / Mazurenko, I. / Reglier, M. / Jannuzzi, S.A.V. / Royant, A. / Sicoli, G. / DeBeer, S. / Orio, M. / Simaan, A.J. / Decroos, C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 121.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18812.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cbp, gbpA, AB868_00786, BVG97_15155, FOT62_12335, HMI62_18715, JBO39_14050, NCTC10211_02621 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.82 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: precipitant: 0.1 M citric acid (pH 3.7), 25% w/v PEG 3350; protein solution: holo-SmAA10 (15 mg/mL) in 50 mM MES (pH 6.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4556→27.312 Å / Num. obs: 52821 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 14.9368265296 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.0898 / Rrim(I) all: 0.1064 / Net I/σ(I): 9.01 |
反射 シェル | 解像度: 1.456→1.508 Å / Rmerge(I) obs: 0.9846 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 5146 / CC1/2: 0.567 / Rrim(I) all: 1.176 / % possible all: 96 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.0581766013 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4556132868→27.3119999955 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|