PDB-8rqt: Crystal structure of Pichia pastoris Pex8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rqt

タイトル

Crystal structure of Pichia pastoris Pex8

要素

Peroxisomal biogenesis factor 8

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / HEAT repeat / Peroxisomal protein import

機能・相同性

peroxisomal matrix / Peroxisomal biogenesis factor 8

機能・相同性情報

生物種

Komagataella pastoris (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Ekal, L. / Burgi, J. / Chojnowski, G. / WIlmanns, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Pichia pastoris Pex8
著者: Ekal, L. / Burgi, J. / Chojnowski, G. / WIlmanns, M.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rqt.cif.gz	587 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rqt.ent.gz	411.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rqt_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rqt_full_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示
XML形式データ	8rqt_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	8rqt_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxisomal biogenesis factor 8

81.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.149, 87.842, 153.093
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peroxisomal biogenesis factor 8 / Peroxin-8 / Peroxisomal protein PER3 分子量: 81081.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類) / 遺伝子: PEX8, PER3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: Q01962
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.45 % / 解説: Thick elongated needle
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.09M NPS, 0.1M pH 7.5 (Sodium HEPES + MOPS), 12% Ethylene glycol, 6% w/v PEG 8000, 4% Formamide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月16日

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.41→47.03 Å / Num. obs: 43103 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 60.51 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.188 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.204 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.02-47.03	10.8	0.035	938	0.999	0.015	0.038	0.94	100
2.41-2.5	13.8	4.834	4486	0.415	1.943	5.212	0.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
AutoSol		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.41→47.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 24.936 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.223 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2581	2088	4.852 %
R_work	0.2122	40950	-
all	0.214	-	-
obs	-	43038	99.972 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.887 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.62 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.762 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.141 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→47.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5016	0	0	66	5082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	5126
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.582	1.807	6967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.572	1.743	11259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.3	5	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.869	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.213	10	893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.376	10	234
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5892
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.515	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.417	4.178	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.417	4.178	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.29	7.505	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.289	7.505	3100
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.971	4.516	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.97	4.516	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.213	8.177	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.212	8.178	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.053	39.985	5872
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.052	39.984	5872

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.41-2.473	0.391	138	0.404	3016	0.404	3155	0.657	0.627	99.9683	0.396
2.473-2.54	0.38	131	0.364	2920	0.364	3051	0.866	0.89	100	0.349
2.54-2.613	0.349	128	0.337	2845	0.338	2973	0.908	0.913	100	0.316
2.613-2.694	0.387	164	0.319	2710	0.323	2874	0.906	0.927	100	0.292
2.694-2.782	0.299	147	0.285	2664	0.285	2811	0.946	0.946	100	0.25
2.782-2.879	0.321	152	0.265	2540	0.268	2692	0.94	0.957	100	0.229
2.879-2.987	0.29	124	0.247	2523	0.249	2647	0.956	0.963	100	0.21
2.987-3.109	0.299	139	0.236	2361	0.239	2500	0.947	0.969	100	0.196
3.109-3.246	0.241	109	0.219	2343	0.22	2452	0.966	0.973	100	0.181
3.246-3.404	0.248	86	0.211	2233	0.213	2319	0.963	0.974	100	0.181
3.404-3.587	0.242	128	0.21	2085	0.213	2213	0.969	0.978	100	0.192
3.587-3.803	0.28	108	0.197	1995	0.201	2104	0.945	0.981	99.9525	0.182
3.803-4.064	0.229	73	0.179	1914	0.181	1987	0.971	0.983	100	0.165
4.064-4.387	0.189	88	0.161	1755	0.163	1843	0.978	0.985	100	0.148
4.387-4.801	0.212	95	0.153	1626	0.156	1721	0.974	0.986	100	0.143
4.801-5.361	0.255	80	0.198	1485	0.2	1565	0.969	0.981	100	0.186
5.361-6.177	0.298	73	0.248	1319	0.251	1392	0.956	0.972	100	0.23
6.177-7.533	0.265	63	0.201	1136	0.204	1199	0.969	0.978	100	0.191
7.533-10.519	0.188	40	0.136	909	0.138	949	0.974	0.989	100	0.143
10.519-47.03	0.219	22	0.221	571	0.221	596	0.971	0.971	99.4966	0.227

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.2669 Å / Origin y: -13.2754 Å / Origin z: -12.8955 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0201 Å²	0.0032 Å²	-0.0228 Å²	-	0.6277 Å²	0.0192 Å²	-	-	0.1334 Å²
L	0.3989 °²	0.4107 °²	0.4898 °²	-	0.9122 °²	0.4571 °²	-	-	2.1093 °²
S	-0.0744 Å °	-0.0426 Å °	0.1031 Å °	-0.1264 Å °	-0.0504 Å °	0.0949 Å °	-0.1228 Å °	-0.1417 Å °	0.1248 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)