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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rqp | |||||||||||||||
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タイトル | In meso structure of the alginate exporter, AlgE, from Pseudomonas aeruginosa in 7.10 monoacylglycerol | |||||||||||||||
要素 | Alginate production protein AlgE | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Alginate exporter | |||||||||||||||
機能・相同性 | Alginate export domain / Alginate export / alginic acid biosynthetic process / cell outer membrane / : / : / CITRIC ACID / Alginate production protein AlgE 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Smithers, L. / Boland, C. / Krawinski, P. / Caffrey, M. | |||||||||||||||
資金援助 | アイルランド, 4件
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引用 | ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2024 タイトル: 7.10 MAG. A Novel Host Monoacylglyceride for In Meso (Lipid Cubic Phase) Crystallization of Membrane Proteins. 著者: Krawinski, P. / Smithers, L. / van Dalsen, L. / Boland, C. / Ostrovitsa, N. / Perez, J. / Caffrey, M. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rqp.cif.gz | 267.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rqp.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8rqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rqp_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rqp_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rqp_validation.xml.gz | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rqp_validation.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rqp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rqqC 8rqrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 53502.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: algE, alg76, PA3544 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18895 |
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-非ポリマー , 9種, 253分子
#2: 化合物 | ChemComp-CIT / | ||||||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-A1H2K / 分子量: 342.513 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H38O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 化合物 | #6: 化合物 | 分子量: 342.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H38O4 #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #9: 化合物 | ChemComp-CA / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 34-41 %(v/v) PEG400, 100 mM LiSO4, and 100 mM Na-Citrate at pH 5.6 and 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9779 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→39.4 Å / Num. obs: 61350 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 15.48 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / Num. unique obs: 3068 / CC1/2: 0.273 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→39.37 Å / SU ML: 0.164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.8835 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→39.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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