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- PDB-8rqn: Human thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rqn
タイトルHuman thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with beta-selective agonist ALG-055009
要素Thyroid hormone receptor beta
キーワードMEMBRANE PROTEIN / thyroid receptor beta / thyroid receptor alpha / nuclear receptors / thyroid receptor agonist / thyroid receptor ligand / structure-based drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / thyroid hormone binding / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / thyroid hormone binding / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / retinoic acid receptor signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / sensory perception of sound / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Thyroid hormone receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Thyroid hormone receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Lammens, A. / Maskos, K. / Stoycheva, A.D. / McGowan, D.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery and Preclinical Profile of ALG-055009, a Potent and Selective Thyroid Hormone Receptor Beta (THR-beta ) Agonist for the Treatment of MASH.
著者: Vandyck, K. / McGowan, D.C. / Luong, X.G. / Stevens, S.K. / Jekle, A. / Gupta, K. / Misner, D.L. / Chanda, S. / Serebryany, V. / Welch, M. / Hu, H. / Lv, Z. / Williams, C. / Maskos, K. / ...著者: Vandyck, K. / McGowan, D.C. / Luong, X.G. / Stevens, S.K. / Jekle, A. / Gupta, K. / Misner, D.L. / Chanda, S. / Serebryany, V. / Welch, M. / Hu, H. / Lv, Z. / Williams, C. / Maskos, K. / Lammens, A. / Stoycheva, A.D. / Lin, T.I. / Blatt, L.M. / Beigelman, L.N. / Symons, J.A. / Raboisson, P. / Deval, J.
履歴
登録2024年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2592
ポリマ－31,8341
非ポリマー4251
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.563, 68.563, 129.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Thyroid hormone receptor beta / Nuclear receptor subfamily 1 group A member 2 / c-erbA-2 / c-erbA-beta


分子量: 31833.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRB, ERBA2, NR1A2, THR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10828
#2: 化合物 ChemComp-A1H2J / 6-azanyl-2-[3,5-bis(chloranyl)-4-[(6-oxidanylidene-5-propan-2-yl-1~{H}-pyridazin-3-yl)oxy]phenyl]-1,2,4-triazine-3,5-dione


分子量: 425.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14Cl2N6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.40 M NaAcetate, 0.10 M NaCacodylate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→59.38 Å / Num. obs: 7714 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.88→3.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 386 / CC1/2: 0.451 / Rpim(I) all: 0.871

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
XDS(VERSION Jan 26データ削減
autoPROC(Version 1.1.7)データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.88→59.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.398 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26237 374 4.8 %RANDOM
Rwork0.21573 ---
obs0.2179 7340 91.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20.57 Å20 Å2
2--1.14 Å2-0 Å2
3----3.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→59.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1980 0 28 0 2008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191896
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9712585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2133921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1565244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58723.01473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0115273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.093159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.84111.696984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.84111.696984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.86719.7621225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.86319.7691226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.88412.319912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.88212.324913
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.07520.5871360
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.884→2.959 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.509 8 -
Rwork0.395 129 -
obs--23.06 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.021 Å / Origin y: 15.105 Å / Origin z: -19.949 Å
111213212223313233
T0.2769 Å20.0686 Å2-0.2005 Å2-0.0225 Å2-0.0707 Å2--0.4629 Å2
L6.7418 °21.4339 °20.3776 °2-4.6837 °20.2599 °2--5.9568 °2
S-0.4949 Å °-0.1891 Å °0.8213 Å °-0.4877 Å °-0.2274 Å °0.3366 Å °-1.1008 Å °-0.1924 Å °0.7222 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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