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- PDB-8rqi: Structure of Rhizobium NopD with ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rqi
タイトルStructure of Rhizobium NopD with ubiquitin
要素
  • NopD
  • Polyubiquitin-B
キーワードHYDROLASE / Protease / deubiquitinase / rhizobium / ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


deNEDDylase activity / protein deneddylation / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
NEDD8-specific protease 1/2-like / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / Type III effector / Tail fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium (根粒菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Reverter, D. / Li, Y.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Broad-spectrum ubiquitin/ubiquitin-like deconjugation activity of the rhizobial effector NopD from Bradyrhizobium (sp. XS1150).
著者: Li, Y. / Perez-Gil, J. / Lois, L.M. / Varejao, N. / Reverter, D.
履歴
登録2024年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NopD
B: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9473
ポリマ－35,8902
非ポリマー571
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.496, 86.496, 46.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 NopD


分子量: 27370.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium (根粒菌) / 遺伝子: nopD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U9K2V6
#2: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 化合物 ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン


分子量: 57.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M imidazole 8.0 and 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→43.25 Å / Num. obs: 25728 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.942→2.043 Å / Num. unique obs: 1141 / CC1/2: 0.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold-2

解像度: 1.94→43.25 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 1173 5.15 %
Rwork0.1716 21597 -
obs0.173 22770 88.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.72 Å2 / Biso mean: 59.7409 Å2 / Biso min: 30.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→43.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2059 0 4 58 2121
Biso mean--47.21 54.51 -
残基数----258
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.94-2.030.3449340.309685088428
2.03-2.140.30241670.25592384255180
2.14-2.270.28041630.23272987315099
2.27-2.450.26711520.209830663218100
2.45-2.690.26941550.20530483203100
2.69-3.080.22411620.206530553217100
3.08-3.880.20951720.176130633235100
3.88-43.250.14581680.13331443312100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.7594 Å / Origin y: 35.3854 Å / Origin z: -2.8502 Å
111213212223313233
T0.3216 Å2-0.0005 Å20.0335 Å2-0.3493 Å20.0484 Å2--0.2906 Å2
L4.6878 °2-0.7446 °20.7477 °2-3.3995 °2-0.4458 °2--1.9654 °2
S-0.1878 Å °-0.128 Å °-0.4111 Å °0.1053 Å °0.1246 Å °0.3504 Å °0.0272 Å °0.2008 Å °0.0529 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA828 - 1011
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 76
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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