PDB-8rqh: Crystal Structure of the flavoprotein monooxygenase TrlE from Str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rqh

タイトル

Crystal Structure of the flavoprotein monooxygenase TrlE from Streptomyces cyaneofuscatus Soc7

要素

Tropone 2-monooxygenase

キーワード

FLAVOPROTEIN / tropolone / fad / oxidoreductase / decarboxylation

機能・相同性

: / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / membrane / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Tropone 2-monooxygenase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces cyaneofuscatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sowa, S.T. / Hoeing, L.S. / Jakob, R.P. / Maier, T. / Teufel, R.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Biosynthesis of the bacterial antibiotic 3,7-dihydroxytropolone through enzymatic salvaging of catabolic shunt products.
著者: Hoing, L. / Sowa, S.T. / Toplak, M. / Reinhardt, J.K. / Jakob, R. / Maier, T. / Lill, M.A. / Teufel, R.

履歴

登録	2024年1月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rqh.cif.gz	171.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rqh.ent.gz	128.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rqh_validation.pdf.gz	908.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rqh_full_validation.pdf.gz	914.9 KB	表示
XML形式データ	8rqh_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	8rqh_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tropone 2-monooxygenase

B: Tropone 2-monooxygenase

ヘテロ分子

94.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tropone 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tropone 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.900, 112.900, 148.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 394 / Label seq-ID: 30 - 420

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Tropone 2-monooxygenase 分子量: 46189.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces cyaneofuscatus (バクテリア) 遺伝子: trlE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S1JZI9
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane pH 8.5 0.25 M Na2SO4 15% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 38458 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 20.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.02
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / Num. unique obs: 3789 / CC_1/2: 0.554

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→49.572 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 9.947 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.247 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2385	1923	5.001 %
R_work	0.1912	36529	-
all	0.194	-	-
obs	-	38452	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.575 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.036 Å²	0.018 Å²	0 Å²
2-	-	0.036 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.118 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.572 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5761	0	123	158	6042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	6051
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.365	1.661	8254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.451	1.587	12793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.929	5	763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.012	5	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.667	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.321	10	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.3	10	277
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	5060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2869
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.773	6.488	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.756	6.488	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.15	11.651	3819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.149	11.653	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.273	6.969	2993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.211	6.953	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.994	12.535	4435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.909	12.508	4418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.855	63.234	6452
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.853	63.248	6445
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.079	0.05	11684

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07944	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07944	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.443	141	0.406	2689	0.408	2831	0.896	0.903	99.9647	0.404
2.565-2.635	0.387	135	0.347	2562	0.349	2699	0.911	0.936	99.9259	0.328
2.635-2.711	0.407	133	0.31	2526	0.315	2660	0.911	0.948	99.9624	0.287
2.711-2.794	0.328	130	0.281	2461	0.284	2591	0.943	0.957	100	0.252
2.794-2.886	0.332	125	0.254	2374	0.258	2499	0.931	0.962	100	0.223
2.886-2.987	0.282	121	0.206	2309	0.209	2430	0.961	0.975	100	0.178
2.987-3.099	0.27	117	0.197	2212	0.2	2329	0.964	0.978	100	0.168
3.099-3.225	0.227	113	0.19	2161	0.192	2275	0.966	0.98	99.956	0.169
3.225-3.368	0.313	109	0.207	2055	0.212	2164	0.943	0.975	100	0.189
3.368-3.531	0.229	104	0.199	1982	0.201	2086	0.964	0.979	100	0.184
3.531-3.721	0.231	98	0.184	1866	0.186	1964	0.969	0.983	100	0.173
3.721-3.945	0.214	94	0.17	1782	0.172	1876	0.975	0.986	100	0.161
3.945-4.216	0.179	89	0.153	1695	0.154	1784	0.984	0.988	100	0.146
4.216-4.551	0.192	83	0.155	1584	0.157	1667	0.978	0.986	100	0.149
4.551-4.981	0.185	76	0.144	1443	0.146	1520	0.978	0.987	99.9342	0.14
4.981-5.562	0.264	70	0.174	1327	0.178	1397	0.967	0.984	100	0.169
5.562-6.409	0.275	62	0.183	1179	0.187	1241	0.971	0.983	100	0.175
6.409-7.817	0.211	54	0.168	1013	0.17	1067	0.977	0.986	100	0.17
7.817-10.92	0.164	42	0.15	810	0.15	852	0.982	0.987	100	0.16
10.92-49.572	0.202	27	0.246	499	0.244	527	0.979	0.962	99.8102	0.27

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