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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rqf | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human NTCP-Bulevirtide complex | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Hepatitis B/D virus receptor / bile salt transporter / drugs / inhibitor | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bile acid:sodium symporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / viral process / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus ...bile acid:sodium symporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / viral process / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / response to ethanol / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Lama glama (ラマ) hepatitis B virus genotype C (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Liu, H. / Zakrzewicz, D. / Nosol, K. / Irobalieva, R.N. / Mukherjee, S. / Bang-Soerensen, R. / Goldmann, N. / Kunz, S. / Rossi, L. / Kossiakoff, A.A. ...Liu, H. / Zakrzewicz, D. / Nosol, K. / Irobalieva, R.N. / Mukherjee, S. / Bang-Soerensen, R. / Goldmann, N. / Kunz, S. / Rossi, L. / Kossiakoff, A.A. / Urban, S. / Glebe, D. / Geyer, J. / Locher, K.P. | |||||||||||||||
資金援助 | スイス, ドイツ, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human NTCP-Bulevirtide complex 著者: Liu, H. / Zakrzewicz, D. / Nosol, K. / Irobalieva, R.N. / Mukherjee, S. / Bang-Sorensen, R. / Goldmann, N. / Kunz, S. / Rossi, L. / Kossiakoff, A.A. / Urban, S. / Glebe, D. / Geyer, J. / Locher, K.P. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rqf.cif.gz | 185.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rqf.ent.gz | 143.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rqf_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rqf_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rqf_validation.xml.gz | 39.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rqf_validation.cif.gz | 55.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rqf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 19440MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-抗体 , 3種, 3分子 HLK
#2: 抗体 | 分子量: 25197.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#3: 抗体 | 分子量: 23481.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: 抗体 | 分子量: 13118.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38149.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC10A1, NTCP, GIG29 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14973 |
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#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5136.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) hepatitis B virus genotype C (ウイルス) 参照: UniProt: A0A515J2X9 |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#6: 化合物 | ChemComp-BJU / 分子量: 285.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H31NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
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#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of Bulevirtide-bound human NTCP in complex with Fab and nanobody タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.11 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128700 / 対称性のタイプ: POINT |