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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rq9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PROTAC CFT-1297 in complex with CRBN-midi and BRD4(BD2) | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / E3 ligase / PROTAC / TPD / targeted protein degradation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation by host of viral transcription / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation by host of viral transcription / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å | ||||||
データ登録者 | Darren, D. / Ramachandran, S. / Kroupova, A. / Zollman, D. / Ciulli, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Design of a Cereblon construct for crystallographic and biophysical studies of protein degraders 著者: Kroupova, A. / Zollman, D. / Ciulli, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rq9.cif.gz | 186.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rq9.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8rq9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rq9_validation.pdf.gz | 892.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rq9_full_validation.pdf.gz | 907.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8rq9_validation.xml.gz | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rq9_validation.cif.gz | 47.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rq9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37478.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Compared to the WT protein, our construct is lacking residues 188 - 248 (WT numbering) which are substituted by Gly188-Ser189-Gly190. Plus the following mutations were introduced: C78I, I92V, ...詳細: Compared to the WT protein, our construct is lacking residues 188 - 248 (WT numbering) which are substituted by Gly188-Ser189-Gly190. Plus the following mutations were introduced: C78I, I92V, K116N, Q134E, R283W, C287N, V293S,G302D, L342R, C343E, T359I, L423I. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SW2 #2: タンパク質 | 分子量: 15060.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885 #3: 化合物 | 分子量: 824.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H50ClN9O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium citrate and 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.6199 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.91→46.1 Å / Num. obs: 20285 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 3.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.91→2.96 Å / 冗長度: 6 % / Num. unique obs: 275 / CC1/2: 0.26 / % possible all: 75.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.91→43.27 Å / SU ML: 0.5272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 37.6085 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.91→43.27 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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