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万見
- PDB-8rpq: Solution NMR structure of Integrin beta-1 TMD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rpq
タイトルSolution NMR structure of Integrin beta-1 TMD
要素Integrin beta-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transmembrane helix
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alpha8-beta1 complex / myoblast fate specification / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / cardiac cell fate specification / integrin alpha5-beta1 complex ...integrin alpha8-beta1 complex / myoblast fate specification / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / cardiac cell fate specification / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha9-beta1 complex / regulation of collagen catabolic process / integrin alpha1-beta1 complex / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha4-beta1 complex / cell adhesion receptor activity / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / cell-cell adhesion mediated by integrin / formation of radial glial scaffolds / Other semaphorin interactions / Formation of the ureteric bud / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / CD40 signaling pathway / calcium-independent cell-matrix adhesion / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / reactive gliosis / myelin sheath abaxonal region / integrin alphav-beta1 complex / basement membrane organization / CHL1 interactions / cardiac muscle cell myoblast differentiation / regulation of synapse pruning / Fibronectin matrix formation / MET interacts with TNS proteins / Laminin interactions / Developmental Lineage of Mammary Stem Cells / primordial germ cell migration / Platelet Adhesion to exposed collagen / leukocyte tethering or rolling / myoblast fusion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / cell migration involved in sprouting angiogenesis / axon extension / Elastic fibre formation / cardiac muscle cell differentiation / myoblast differentiation / mesodermal cell differentiation / central nervous system neuron differentiation / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / cell projection organization / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of fibroblast migration / negative regulation of Rho protein signal transduction / integrin complex / regulation of spontaneous synaptic transmission / cell adhesion mediated by integrin / Molecules associated with elastic fibres / MET activates PTK2 signaling / heterotypic cell-cell adhesion / Basigin interactions / lamellipodium assembly / negative regulation of vasoconstriction / sarcomere organization / muscle organ development / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / leukocyte cell-cell adhesion / Syndecan interactions / dendrite morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of wound healing / response to muscle activity / cell-substrate adhesion / establishment of mitotic spindle orientation / maintenance of blood-brain barrier / homophilic cell-cell adhesion / Developmental Lineage of Mammary Gland Myoepithelial Cells / cleavage furrow / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / fibronectin binding / negative regulation of anoikis / neuroblast proliferation / RHOG GTPase cycle / intercalated disc / positive regulation of GTPase activity / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / glial cell projection / cellular defense response / phagocytosis / coreceptor activity / ruffle / RAC1 GTPase cycle / extracellular matrix organization / laminin binding
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta tail domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin EGF domain / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta tail domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin EGF domain / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / : / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / EGF-like domain signature 1. / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Muhle-Goll, C. / Moser, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)263531414/FOR 2290 ドイツ
引用ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2024
タイトル: Substrate Selection Criteria in Regulated Intramembrane Proteolysis.
著者: Moser, C. / Guschtschin-Schmidt, N. / Silber, M. / Flum, J. / Muhle-Goll, C.
履歴
登録2024年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8771
ポリマ－3,8771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Integrin beta-1 / Fibronectin receptor subunit beta / Glycoprotein IIa / GPIIA / VLA-4 subunit beta


分子量: 3876.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05556

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D 1H-1H NOESY
123isotropic12D 1H-13C HSQC
133isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.5 uM NA Itgb1, trifluoroethanol/water / Label: Itgb1 / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料濃度: 0.5 uM / 構成要素: Itgb1 / Isotopic labeling: NA
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Ionic strength err: 0.2 / Label: Itgb1 / pH: 6.5 / PH err: 0.2 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: TXI cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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