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万見
- PDB-8rpm: Lysozyme structure based on automated real-time serial crystallog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rpm
タイトルLysozyme structure based on automated real-time serial crystallography data processing using CrystFEL
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / JINXED / real-time data processing
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus (キジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者White, T.A. / Oberthuer, D. / Henkel, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission85764European Union
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Real-time data processing for serial crystallography experiments.
著者: White, T. / Schoof, T. / Yakubov, S. / Tolstikova, A. / Middendorf, P. / Karnevskiy, M. / Mariani, V. / Henkel, A. / Klopprogge, B. / Hannappel, J. / Oberthuer, D. / De Gennaro Aquino, I. / ...著者: White, T. / Schoof, T. / Yakubov, S. / Tolstikova, A. / Middendorf, P. / Karnevskiy, M. / Mariani, V. / Henkel, A. / Klopprogge, B. / Hannappel, J. / Oberthuer, D. / De Gennaro Aquino, I. / Egorov, D. / Munke, A. / Sprenger, J. / Pompidor, G. / Taberman, H. / Gruzinov, A. / Meyer, J. / Hakanpaa, J. / Gasthuber, M.
履歴
登録2024年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4254
ポリマ－14,3311
非ポリマー943
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area6530 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.200, 79.200, 38.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-343-

HOH

21A-352-

HOH

31A-370-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus (キジ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microfluidic / pH: 3.5
詳細: Just in-time crystallization (JINXED): a lysozyme solution in acetate buffer (pH 3.5) was mixed with crystallization solution on a running conveyor belt using 3D printed micro nozzles. ...詳細: Just in-time crystallization (JINXED): a lysozyme solution in acetate buffer (pH 3.5) was mixed with crystallization solution on a running conveyor belt using 3D printed micro nozzles. Crystallization solution: N,N',N'',N''',N'''',N'''''-Hexaacetyl chitohexaose in 33 mM acetate buffer, pH3.5, 6.67% (w/v) PEG4000, 2.07 M NaCl, 6.67% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→79.365 Å / Num. obs: 11716 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 373.9 % / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / R split: 0.117 / Net I/σ(I): 5.292
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 248.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 1118 / CC1/2: 0.446 / CC star: 0.785 / R split: 1.115 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery解説: JINXED on TapeDrive / 手法: injection
Serial crystallography data reductionFrame hits: 60200 / Frames total: 200000 / Lattices indexed: 14322

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHENIX1.21rc1-4903精密化
PDB-REDO精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.231 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22215 637 5.8 %RANDOM
Rwork0.18466 ---
obs0.18695 10264 93.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.619 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 3 71 1075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0121021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.016938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.7771381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4911.7922136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0075128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.72511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.4410166
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7793.022515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7563.02515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5945.41642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.645.417643
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8823.66506
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8743.657506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.4566.417740
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.59930.241234
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.60230.031222
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 38 -
Rwork0.381 586 -
obs--75.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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