PDB-8rpf: Crystal structure of an alcohol-oxidase from Sphingobacterium dae...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rpf

タイトル

Crystal structure of an alcohol-oxidase from Sphingobacterium daejeonense

要素

alcohol oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALCOHOL OXIDASE / SPHINGOBACTERIUM DAEJEONENSE / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

1-BUTANOL / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / HEXANE-1,6-DIOL

機能・相同性情報

生物種

Sphingobacterium daejeonense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Martinez-Julvez, M. / Ferreira, P. / Cinca, P.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2024
タイトル: Discovery, characterization, and synthetic potential of two novel bacterial aryl-alcohol oxidases.
著者: Cinca-Fernando, P. / Ascaso-Alegre, C. / Sevilla, E. / Martinez-Julvez, M. / Mangas-Sanchez, J. / Ferreira, P.

履歴

登録	2024年1月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rpf.cif.gz	238.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rpf.ent.gz	186.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rpf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rpf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rpgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: alcohol oxidase

B: alcohol oxidase

ヘテロ分子

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: alcohol oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: alcohol oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.985, 76.780, 88.222
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	alcohol oxidase 分子量: 60949.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobacterium daejeonense (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: aryl-alcohol oxidase
#2: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10%w/vPEG20000, 20%v/vPEGMME550 0.02Mof each alcohol 0.1MMES/imidazole pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→87.29 Å / Num. obs: 71851 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 10383 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→64.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.714 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20791	3493	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16351	-	-	-
obs	0.16564	68336	97.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.656 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.61 Å²	-0 Å²	0.24 Å²
2-	-	-1.49 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→64.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8394	0	10	740	9144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	8596
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.565	1.82	11671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.545	1.752	18501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.931	5	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.914	5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.174	10	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.629	2.906	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.629	2.906	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.592	5.211	5342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.592	5.212	5343
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.421	3.25	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.421	3.25	4322
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.176	5.805	6330
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.625	30.92	9927
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.566	30.22	9754
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	250	-
R_work	0.191	5023	-
obs	-	-	97.36 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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