[日本語] English
万見
- PDB-8rpb: Structure of S79 Fab in complex with IgV domain of human PD-L1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rpb
タイトルStructure of S79 Fab in complex with IgV domain of human PD-L1
要素
  • Programmed cell death 1 ligand 1
  • heavy chain of S79 fab
  • light chain of S79 fab
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.794 Å
データ登録者Svensson, A. / Kelpsas, V. / Laursen, M. / Rose, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of light chain-driven bispecific antibodies targeting CD47 and PD-L1.
著者: Malinge, P. / Chauchet, X. / Bourguignon, J. / Bosson, N. / Calloud, S. / Bautzova, T. / Borlet, M. / Laursen, M. / Kelpsas, V. / Rose, N. / Gueneau, F. / Ravn, U. / Magistrelli, G. / Fischer, N.
履歴
登録2024年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: heavy chain of S79 fab
L: light chain of S79 fab
P: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,61713
ポリマ－60,7293
非ポリマー88810
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.852, 185.852, 110.237
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-306-

SO4

21H-306-

SO4

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / PD-L1 / PDCD1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 14335.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 heavy chain of S79 fab


分子量: 23468.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 light chain of S79 fab


分子量: 22925.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 27分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.82 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 1.6M Li2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→48.24 Å / Num. obs: 28276 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 24 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.79→2.94 Å / 冗長度: 23.9 % / Rmerge(I) obs: 3.089 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3987 / CC1/2: 0.622 / Rpim(I) all: 0.637 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (8-JUN-2022)精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.794→48.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.383 / SU Rfree Blow DPI: 0.266 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.269
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 1385 -RANDOM
Rwork0.2289 ---
obs0.23 28249 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 119.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0203 Å20 Å20 Å2
2---3.0203 Å20 Å2
3---6.0406 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.794→48.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4124 0 49 17 4190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0074263HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.965799HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1397SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes703HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4263HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion558SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2908SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.79
LS精密化 シェル解像度: 2.794→2.81 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3519 24 -
Rwork0.3414 --
obs--90.51 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4416-0.0740.94852.05230.74042.6844-0.397-0.1112-0.3155-0.1112-0.03550.5856-0.31550.58560.4326-0.24570.1743-0.19320.1993-0.02560.1313-17.4374-74.7604-9.3984
26.8902-0.8761.30218.322.25085.0447-1.21151.5701-0.4341.57011.191-0.2982-0.434-0.29820.02050.02840.8038-0.36640.5367-0.5064-0.2772-40.2809-60.958412.792
311.6712-2.53931.62826.8222-2.34298.8733-0.6184-0.6389-0.7085-0.6389-0.27012.4728-0.70852.47280.8885-0.7768-0.1817-0.04741.11640.8076-0.37122.3222-71.1313-29.0013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|1 - H|116 L|1 - L|113 }H1 - 116
2X-RAY DIFFRACTION1{ H|1 - H|116 L|1 - L|113 }L1 - 113
3X-RAY DIFFRACTION2{ H|117 - H|218 L|114 - L|215 }H117 - 218
4X-RAY DIFFRACTION2{ H|117 - H|218 L|114 - L|215 }L114 - 215
5X-RAY DIFFRACTION3{ P|* }P18 - 131

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る