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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rp5 | ||||||
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タイトル | Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis (E241A mutant) | ||||||
![]() | Alpha-methylacyl-CoA racemase | ||||||
![]() | ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D. | ||||||
資金援助 | Botswana, 1件
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![]() | ![]() タイトル: alpha-Methylacyl-CoA Racemase from Mycobacterium tuberculosis -Detailed Kinetic and Structural Characterization of the Active Site. 著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 220.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rmwC ![]() 8rp3C ![]() 8rp4C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39100.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71437407 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.03 M magnesium chloride hexahydrate, 0.03 M calcium chloride dihydrate, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium HEPES-MOPS, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月28日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→90.244 Å / Num. obs: 70688 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.274 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→90.244 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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