PDB-8rp5: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis (E2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rp5

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis (E241A mutant)

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024
タイトル: alpha-Methylacyl-CoA Racemase from Mycobacterium tuberculosis -Detailed Kinetic and Structural Characterization of the Active Site.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rp5.cif.gz	280.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rp5.ent.gz	220.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rmwC 8rp3C 8rp4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.619, 78.989, 58.923
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.191, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39100.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71437407 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.03 M magnesium chloride hexahydrate, 0.03 M calcium chloride dihydrate, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium HEPES-MOPS, pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→90.244 Å / Num. obs: 70688 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.06-90.24	6.7	0.025	4318	0.999	0.015	0.029
1.85-1.89	6.9	1.823	30079	0.5	1.142	2.156

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→90.244 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / WR_factor R_free: 0.217 / WR_factor R_work: 0.175 / SU B: 4.591 / SU ML: 0.126 / Average fsc free: 0.9477 / Average fsc work: 0.9611 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	3590	5.08 %
R_work	0.193	67077	-
all	0.195	-	-
obs	-	70667	99.967 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.274 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.083 Å²	-0 Å²	0.418 Å²
2-	-	-2.186 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.065 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→90.244 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5358	0	34	414	5806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	5520
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.323	1.808	7492
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.803	1.747	11969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.207	5	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.764	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.779	10	847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.034	10	247
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	6748
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	5136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	2926
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.132	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.186	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.261	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.152	3.18	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.152	3.18	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.385	5.696	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.385	5.698	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.012	3.467	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.011	3.467	2693
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.86	6.214	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.859	6.213	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.013	32.668	6338
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.994	31.85	6252

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.341	242	0.334	4974	0.335	5220	0.894	0.892	99.9234	0.339
1.898-1.95	0.332	247	0.309	4763	0.31	5012	0.914	0.926	99.9601	0.31
1.95-2.007	0.326	229	0.284	4715	0.286	4945	0.92	0.938	99.9798	0.282
2.007-2.068	0.274	250	0.257	4559	0.258	4811	0.949	0.951	99.9584	0.252
2.068-2.136	0.291	251	0.244	4410	0.246	4663	0.939	0.956	99.9571	0.234
2.136-2.211	0.293	235	0.227	4230	0.23	4469	0.942	0.964	99.9105	0.214
2.211-2.294	0.284	218	0.252	4132	0.253	4352	0.913	0.951	99.954	0.233
2.294-2.388	0.264	204	0.202	3967	0.205	4171	0.956	0.974	100	0.182
2.388-2.494	0.279	194	0.192	3811	0.196	4006	0.955	0.977	99.975	0.172
2.494-2.616	0.232	198	0.18	3626	0.183	3826	0.964	0.98	99.9477	0.16
2.616-2.757	0.228	193	0.181	3478	0.184	3671	0.964	0.981	100	0.159
2.757-2.924	0.247	182	0.176	3272	0.179	3455	0.964	0.981	99.9711	0.157
2.924-3.126	0.214	175	0.16	3069	0.162	3244	0.972	0.984	100	0.147
3.126-3.376	0.232	161	0.172	2868	0.174	3030	0.969	0.983	99.967	0.159
3.376-3.698	0.221	148	0.178	2653	0.18	2801	0.971	0.983	100	0.169
3.698-4.133	0.195	122	0.165	2416	0.166	2538	0.979	0.984	100	0.161
4.133-4.771	0.183	116	0.144	2109	0.146	2225	0.98	0.988	100	0.144
4.771-5.839	0.171	106	0.154	1820	0.155	1926	0.983	0.989	100	0.156
5.839-8.241	0.246	68	0.172	1410	0.175	1478	0.971	0.985	100	0.174
8.241-90.244	0.183	51	0.178	795	0.178	847	0.978	0.972	99.8819	0.186

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関連情報:EMDBヘッダ

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