PDB-8rp4: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis (D1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rp4

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis (D156A mutant)

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024
タイトル: alpha-Methylacyl-CoA Racemase from Mycobacterium tuberculosis -Detailed Kinetic and Structural Characterization of the Active Site.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rp4.cif.gz	280.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rp4.ent.gz	220.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rp4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rp4_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rp4_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
XML形式データ	8rp4_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	8rp4_validation.cif.gz	46 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rmwC 8rp3C 8rp5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

78.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.473, 78.745, 58.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.151, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39114.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.70480084 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.03 M magnesium chloride hexahydrate, 0.03 M calcium chloride dihydrate, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium HEPES-MOPS,

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→90.173 Å / Num. obs: 99692 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.98-90.17	6.8	0.023	654	1	0.014	0.027
1.64-1.67	7.1	2.09	4868	0.372	1.283	2.456

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→90.173 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.199 / WR_factor R_work: 0.169 / SU B: 2.291 / SU ML: 0.073 / Average fsc free: 0.9614 / Average fsc work: 0.9696 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	5055	5.071 %
R_work	0.1787	94629	-
all	0.18	-	-
obs	-	99684	98.828 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.835 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.302 Å²	-0 Å²	0.034 Å²
2-	-	-0.718 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.412 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→90.173 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5360	0	37	430	5827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	5532
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.113	1.809	7507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.759	1.746	12000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.481	5	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.36	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.657	10	851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.053	10	249
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	6758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	5041
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2736
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.328	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.378	2.779	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.379	2.779	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.181	4.98	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.181	4.982	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.494	3.11	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.494	3.11	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.243	5.539	3979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.242	5.539	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.778	27.044	6216
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.759	26.316	6131

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.64-1.683	0.319	343	0.319	6864	0.319	7384	0.924	0.923	97.6029	0.324
1.683-1.729	0.306	396	0.288	6704	0.289	7243	0.931	0.939	98.0257	0.293
1.729-1.779	0.292	359	0.268	6510	0.269	7001	0.939	0.948	98.1146	0.271
1.779-1.834	0.251	375	0.238	6371	0.239	6870	0.954	0.962	98.1951	0.238
1.834-1.894	0.245	319	0.225	6227	0.226	6654	0.958	0.967	98.3769	0.222
1.894-1.96	0.252	291	0.216	6054	0.218	6446	0.959	0.97	98.4331	0.21
1.96-2.034	0.215	305	0.193	5759	0.194	6154	0.971	0.977	98.5375	0.184
2.034-2.117	0.219	299	0.187	5615	0.189	5979	0.968	0.978	98.9129	0.176
2.117-2.211	0.233	266	0.178	5412	0.181	5728	0.966	0.981	99.1271	0.164
2.211-2.319	0.228	278	0.169	5144	0.172	5466	0.968	0.983	99.195	0.157
2.319-2.444	0.208	227	0.163	4956	0.165	5224	0.973	0.984	99.2152	0.151
2.444-2.592	0.2	239	0.157	4655	0.159	4935	0.976	0.985	99.1692	0.147
2.592-2.771	0.196	274	0.161	4335	0.163	4624	0.975	0.985	99.6756	0.15
2.771-2.993	0.193	218	0.165	4108	0.166	4350	0.977	0.984	99.4483	0.157
2.993-3.278	0.216	182	0.165	3803	0.168	3997	0.973	0.984	99.6998	0.159
3.278-3.665	0.195	180	0.171	3411	0.172	3595	0.98	0.985	99.8887	0.167
3.665-4.231	0.185	161	0.153	3017	0.155	3184	0.981	0.987	99.8116	0.15
4.231-5.178	0.168	134	0.14	2591	0.141	2725	0.986	0.99	100	0.138
5.178-7.311	0.215	146	0.178	1956	0.181	2103	0.981	0.987	99.9524	0.175
7.311-90.173	0.19	63	0.195	1138	0.195	1205	0.974	0.97	99.6681	0.233

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)