PDB-8rp3: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis (H1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rp3

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis (H126A mutant)

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024
タイトル: alpha-Methylacyl-CoA Racemase from Mycobacterium tuberculosis -Detailed Kinetic and Structural Characterization of the Active Site.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rp3.cif.gz	270.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rp3.ent.gz	214.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rp3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rp3_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rp3_full_validation.pdf.gz	467.1 KB	表示
XML形式データ	8rp3_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	8rp3_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rmwC 8rp4C 8rp5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

78.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.106, 79.153, 59.103
Angle α, β, γ (deg.)	90, 91.656, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 359 / Label seq-ID: 2 - 360

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39091.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73654652 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.03 M magnesium chloride hexahydrate, 0.03 M calcium chloride dihydrate, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium (HEPES-MOPS)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→90.52 Å / Num. obs: 30851 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.368 / R_pim(I) all: 0.228 / R_rim(I) all: 0.434 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.83-90.52	6.8	0.055	697	0.997	0.033	0.064
2.45-2.55	6.1	3.093	3454	0.278	2.066	3.731

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→90.515 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / WR_factor R_free: 0.247 / WR_factor R_work: 0.172 / SU B: 13.372 / SU ML: 0.272 / Average fsc free: 0.9382 / Average fsc work: 0.962 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.281 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2618	1468	4.759 %
R_work	0.1875	29379	-
all	0.191	-	-
obs	-	30847	99.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.129 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.136 Å²	0 Å²	0.69 Å²
2-	-	-2.912 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.732 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→90.515 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5356	0	12	61	5429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	5502
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.645	1.808	7478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.85	1.748	11932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.955	5	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.575	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.325	10	850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.107	10	248
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	5086
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.27	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.006	4.684	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.994	4.685	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.515	8.396	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.516	8.398	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.828	4.945	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.826	4.945	2675
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.244	8.926	3950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.242	8.926	3951
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.585	41.888	6082
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.586	41.887	6083
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.114	0.05	10634

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1135	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1135	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.45-2.514	0.383	100	0.347	2145	0.349	2246	0.869	0.886	99.9555	0.349
2.514-2.582	0.302	101	0.315	2111	0.314	2214	0.916	0.917	99.9097	0.317
2.582-2.657	0.342	99	0.287	2055	0.29	2154	0.91	0.942	100	0.29
2.657-2.739	0.307	109	0.267	2003	0.269	2112	0.931	0.951	100	0.266
2.739-2.829	0.356	70	0.253	1969	0.257	2039	0.914	0.955	100	0.25
2.829-2.928	0.312	87	0.229	1842	0.233	1929	0.926	0.964	100	0.224
2.928-3.038	0.307	87	0.219	1796	0.223	1883	0.927	0.967	100	0.211
3.038-3.162	0.33	81	0.207	1760	0.212	1841	0.933	0.971	100	0.195
3.162-3.303	0.29	102	0.218	1649	0.222	1751	0.944	0.969	100	0.205
3.303-3.464	0.263	77	0.187	1594	0.191	1671	0.952	0.979	100	0.175
3.464-3.651	0.238	82	0.175	1508	0.178	1590	0.962	0.984	100	0.163
3.651-3.872	0.26	65	0.16	1416	0.164	1481	0.956	0.987	100	0.151
3.872-4.138	0.2	64	0.143	1369	0.146	1433	0.974	0.988	100	0.133
4.138-4.469	0.226	75	0.127	1261	0.131	1337	0.969	0.991	99.9252	0.119
4.469-4.895	0.225	66	0.119	1151	0.124	1217	0.97	0.993	100	0.113
4.895-5.47	0.173	62	0.11	1047	0.113	1110	0.984	0.995	99.9099	0.105
5.47-6.313	0.222	48	0.153	922	0.156	970	0.969	0.989	100	0.144
6.313-7.722	0.236	42	0.151	795	0.156	837	0.963	0.986	100	0.145
7.722-10.881	0.177	32	0.124	624	0.126	656	0.979	0.991	100	0.123
10.881-90.515	0.397	19	0.288	362	0.293	382	0.872	0.945	99.7382	0.292

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