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- PDB-8rov: Human dectin-2 with dimerization domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rov
タイトルHuman dectin-2 with dimerization domain
要素C-type lectin domain family 6 member A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / glycan-binding protein / cell signalling / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of yeast / antifungal innate immune response / response to yeast / positive regulation of T-helper 17 type immune response / pattern recognition receptor activity / Dectin-2 family / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / D-mannose binding / phospholipase binding / positive regulation of intracellular signal transduction ...detection of yeast / antifungal innate immune response / response to yeast / positive regulation of T-helper 17 type immune response / pattern recognition receptor activity / Dectin-2 family / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / D-mannose binding / phospholipase binding / positive regulation of intracellular signal transduction / defense response to fungus / positive regulation of cytokine production / carbohydrate binding / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / external side of plasma membrane / innate immune response / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / C-type lectin domain family 6 member A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Liu, Y. / Kim, J.W. / Feinberg, H. / Cull, N. / Weis, W.I. / Taylor, M.E. / Drickamer, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)BB/V014137/1 英国
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2024
タイトル: Interactions that define the arrangement of sugar-binding sites in BDCA-2 and dectin-2 dimers.
著者: Liu, Y. / Kim, J.W. / Feinberg, H. / Cull, N. / Weis, W.I. / Taylor, M.E. / Drickamer, K.
履歴
登録2024年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 6 member A
B: C-type lectin domain family 6 member A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,76610
ポリマ－44,1722
非ポリマー5958
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.211, 65.030, 81.582
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 6 member A / C-type lectin superfamily member 10 / Dendritic cell-associated C-type lectin 2 / DC-associated C- ...C-type lectin superfamily member 10 / Dendritic cell-associated C-type lectin 2 / DC-associated C-type lectin 2 / Dectin-2


分子量: 22085.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal alpha helical dimerization domain (residues 1 to 27 in chains A/B) added to extracellular domain (residues 28 to 194 in chains A/B)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLEC6A, CLECSF10, DECTIN2 / プラスミド: pT5T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6EIG7
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 糖 ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3.35K, 90 mM MES, pH 6.0, 200 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→59.71 Å / Num. obs: 15183 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 36.57 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.36→2.45 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1527 / Rsym value: 0.576 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→40.09 Å / SU ML: 0.2936 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.4078
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2841 754 5 %
Rwork0.2222 14328 -
obs0.2254 15082 95.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→40.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2354 0 32 21 2407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88723336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9503842
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.540.35431520.29142872X-RAY DIFFRACTION95.64
2.54-2.80.39841420.28042821X-RAY DIFFRACTION95.33
2.8-3.20.32261580.25512833X-RAY DIFFRACTION94.32
3.2-4.030.30061530.20812915X-RAY DIFFRACTION96.78
4.03-40.090.2141490.1882887X-RAY DIFFRACTION93.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5668828938280.5674343758660.1106731359716.094299769762.457990185783.9028256140.137884443841-0.02212249378110.04424931590170.0295451143193-0.1493734324960.0439137429580.0144180081307-0.16678506399-0.003341952700070.226427407320.0108330754434-0.0238727770.3430505770540.008363580427070.314140065179-17.835667229311.6216732903-12.9220066041
21.90406644379-2.3859113376-1.19867604357.009475313972.217617408512.674459478410.1318543040580.0616373101584-0.0400540330324-0.0794814261125-0.144940594630.22295058791-0.209218309613-0.109214683680.01495710129480.297423826409-0.0251835511291-0.01813495562390.3490535088450.02178987293030.339434354603-22.389273961652.573884003912.3049102146
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 62 - 403 / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 62 through 403)AA - E
22(chain 'B' and resid 62 through 403)BF - J

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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