PDB-8ros: human pyridoxine 5-phosphate oxidase in complex with Z isomer of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ros

タイトル

human pyridoxine 5-phosphate oxidase in complex with Z isomer of pyridoxilidenrhodanine 5-phosphate

要素

Pyridoxine-5'-phosphate oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Pyrodoxine biosynthesis / Flavoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxal 5'-phosphate synthase / pyridoxamine metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / pyridoxamine phosphate oxidase activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / FMN binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.553 Å

データ登録者

Ilari, A. / Fiorillo, A. / Antonelli, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pyridoxine 5-phosphate oxidase in complex with pyridoxilidenrhodanine 5-phosphate
著者: Ilari, A. / Fiorillo, A. / Antonelli, L.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ros.cif.gz	71.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ros.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ros.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/8ros ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/8ros	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Pyridoxine-5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Pyridoxine-5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

AAA: Pyridoxine-5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
62.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.150, 83.150, 59.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Pyridoxine-5'-phosphate oxidase / Pyridoxamine-phosphate oxidase 分子量: 30387.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: We have reported the complete sequence but the discrepancies are due to the fact that the N-Terminal portion /1-45 residues) and the loop (residues 236 to 242) are highly mobile and therefore ...詳細: We have reported the complete sequence but the discrepancies are due to the fact that the N-Terminal portion /1-45 residues) and the loop (residues 236 to 242) are highly mobile and therefore we were not able to reconstruct these segments. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NVS9, pyridoxal 5'-phosphate synthase

#1: タンパク質

Pyridoxine-5'-phosphate oxidase / Pyridoxamine-phosphate oxidase

分子量: 30387.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We have reported the complete sequence but the discrepancies are due to the fact that the N-Terminal portion /1-45 residues) and the loop (residues 236 to 242) are highly mobile and therefore ...
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNPO / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NVS9, pyridoxal 5'-phosphate synthase

-
非ポリマー , 5種, 197分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-A1H16 / [6-methyl-5-oxidanylidene-4-[(4-oxidanylidene-2-sulfanylidene-1,3-thiazol-5-yl)methyl]-4~{H}-pyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate 分子量: 362.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁N₂O₆PS₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 12% PEG 6000, 0.1 lithium sulfate, 0.1 sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.553→45.758 Å / Num. obs: 34420 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.553→1.58 Å / Num. unique obs: 1686 / CC_1/2: 0.803

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.553→45.758 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / WR_factor R_free: 0.199 / WR_factor R_work: 0.162 / SU B: 1.569 / SU ML: 0.055 / Average fsc free: 0.9249 / Average fsc work: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2004	1675	4.866 %
R_work	0.1627	32745	-
all	0.165	-	-
obs	-	34420	99.962 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.499 Å²	-0.25 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.499 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.553→45.758 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1714	0	72	192	1978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.768	1.657	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.435	1.582	3917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.689	5	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.651	21.786	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.877	15	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	24.047	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.921	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	897
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.232	2.568	849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.227	2.567	848
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.066	3.836	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.066	3.836	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.756	2.971	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.754	2.972	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.551	4.298	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.549	4.3	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.831	30.581	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.787	29.985	2090

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.553-1.593	0.285	127	0.258	2402	X-RAY DIFFRACTION	99.7633
1.593-1.637	0.258	119	0.229	2329	X-RAY DIFFRACTION	99.9592
1.637-1.684	0.245	137	0.21	2231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.684-1.736	0.225	113	0.19	2229	X-RAY DIFFRACTION	100
1.736-1.793	0.22	106	0.174	2149	X-RAY DIFFRACTION	100
1.793-1.856	0.198	100	0.168	2069	X-RAY DIFFRACTION	99.9539
1.856-1.926	0.215	98	0.171	1995	X-RAY DIFFRACTION	99.9045
1.926-2.004	0.219	95	0.169	1931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.004-2.093	0.258	87	0.163	1858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.093-2.195	0.199	69	0.161	1806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.195-2.314	0.226	94	0.162	1672	X-RAY DIFFRACTION	99.9434
2.314-2.454	0.244	91	0.161	1592	X-RAY DIFFRACTION	99.9406
2.454-2.624	0.233	81	0.156	1503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.624-2.833	0.224	74	0.165	1421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.833-3.103	0.14	59	0.155	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
3.103-3.469	0.175	72	0.157	1180	X-RAY DIFFRACTION	100
3.469-4.004	0.182	35	0.153	1065	X-RAY DIFFRACTION	100
4.004-4.9	0.152	51	0.135	898	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9-6.914	0.227	45	0.167	697	X-RAY DIFFRACTION	100
6.914-45.758	0.181	22	0.173	418	X-RAY DIFFRACTION	99.7732

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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