[日本語] English
万見
- PDB-8ron: Crystal structure of human FAD synthase, isoform 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ron
タイトルCrystal structure of human FAD synthase, isoform 2
要素Isoform 2 of FAD synthase
キーワードFLAVOPROTEIN / Human FAD synthase / FAD synthesis / FAD hydrolysis / bifunctional protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / riboflavin metabolic process / FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / mitochondrial matrix / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
FAD synthetase with the MoaB/Mog domain / Phosphoadenosine phosphosulphate reductase / Phosphoadenosine phosphosulfate reductase family / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Leo, G. / Capaldi, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Ministero dell Universita e della RicercaPE_00000019 "HEAL ITALIA" イタリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the bifunctional enzyme human FAD synthase.
著者: Leo, G. / Leone, P. / Ataie Kachoie, E. / Tolomeo, M. / Galluccio, M. / Indiveri, C. / Barile, M. / Capaldi, S.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of FAD synthase
B: Isoform 2 of FAD synthase
C: Isoform 2 of FAD synthase
D: Isoform 2 of FAD synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,5264
ポリマ－213,5264
非ポリマー00
水00
1
A: Isoform 2 of FAD synthase
B: Isoform 2 of FAD synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7632
ポリマ－106,7632
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Isoform 2 of FAD synthase
D: Isoform 2 of FAD synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7632
ポリマ－106,7632
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.754, 187.740, 79.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.453, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 110 through 147 or resid 149...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 110 through 147 or resid 149...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 110 through 147 or resid 149...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 110 through 147 or resid 149...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERCYSCYSAA110 - 1475 - 42
d_12VALVALPROPROAA149 - 20344 - 98
d_13LEULEUGLYGLYAA205 - 232100 - 127
d_14ASPASPPHEPHEAA234 - 241129 - 136
d_15PHEPHEVALVALAA243 - 248138 - 143
d_16ASNASNPROPROAA250 - 258145 - 153
d_17LEULEUSERSERAA260 - 281155 - 176
d_18GLUGLUGLYGLYAA283 - 305178 - 200
d_19ARGARGALAALAAA307 - 344202 - 239
d_110LEULEUPROPROAA346 - 356241 - 251
d_111ALAALAGLNGLNAA362 - 421257 - 316
d_112LYSLYSLYSLYSAA423318
d_113PROPROPROPROAA425320
d_114PROPROPROPROAA428323
d_115PROPROARGARGAA430 - 437325 - 332
d_116SERSERLEULEUAA440 - 445335 - 340
d_117GLNGLNILEILEAA447 - 453342 - 348
d_118TYRTYRLEULEUAA456 - 458351 - 353
d_119METMETLEULEUAA460 - 461355 - 356
d_120ALAALALEULEUAA463 - 474358 - 369
d_121ALAALAPROPROAA476 - 479371 - 374
d_122LEULEUTHRTHRAA481 - 491376 - 386
d_123PROPROPROPROAA493388
d_124SERSERSERSERAA495 - 549390 - 444
d_125ASNASNVALVALAA552 - 554447 - 449
d_126ASNASNASNASNAA556451
d_127PROPROGLUGLUAA572 - 577467 - 472
d_21SERSERCYSCYSBB110 - 1475 - 42
d_22VALVALPROPROBB149 - 20344 - 98
d_23LEULEUGLYGLYBB205 - 232100 - 127
d_24ASPASPPHEPHEBB234 - 241129 - 136
d_25PHEPHEVALVALBB243 - 248138 - 143
d_26ASNASNPROPROBB250 - 258145 - 153
d_27LEULEUSERSERBB260 - 281155 - 176
d_28GLUGLUGLYGLYBB283 - 305178 - 200
d_29ARGARGALAALABB307 - 344202 - 239
d_210LEULEUPROPROBB346 - 356241 - 251
d_211ALAALAGLNGLNBB362 - 421257 - 316
d_212LYSLYSLYSLYSBB423318
d_213PROPROPROPROBB425320
d_214PROPROPROPROBB428323
d_215PROPROARGARGBB430 - 437325 - 332
d_216SERSERLEULEUBB440 - 445335 - 340
d_217GLNGLNILEILEBB447 - 453342 - 348
d_218TYRTYRLEULEUBB456 - 458351 - 353
d_219METMETLEULEUBB460 - 461355 - 356
d_220ALAALALEULEUBB463 - 474358 - 369
d_221ALAALAPROPROBB476 - 479371 - 374
d_222LEULEUTHRTHRBB481 - 491376 - 386
d_223PROPROPROPROBB493388
d_224SERSERSERSERBB495 - 549390 - 444
d_225ASNASNVALVALBB552 - 554447 - 449
d_226ASNASNASNASNBB556451
d_227PROPROGLUGLUBB572 - 577467 - 472
d_31SERSERCYSCYSCC110 - 1475 - 42
d_32VALVALPROPROCC149 - 20344 - 98
d_33LEULEUGLYGLYCC205 - 232100 - 127
d_34ASPASPPHEPHECC234 - 241129 - 136
d_35PHEPHEVALVALCC243 - 248138 - 143
d_36ASNASNPROPROCC250 - 258145 - 153
d_37LEULEUSERSERCC260 - 281155 - 176
d_38GLUGLUGLYGLYCC283 - 305178 - 200
d_39ARGARGALAALACC307 - 344202 - 239
d_310LEULEUPROPROCC346 - 356241 - 251
d_311ALAALAGLNGLNCC362 - 421257 - 316
d_312LYSLYSLYSLYSCC423318
d_313PROPROPROPROCC425320
d_314PROPROPROPROCC428323
d_315PROPROARGARGCC430 - 437325 - 332
d_316SERSERLEULEUCC440 - 445335 - 340
d_317GLNGLNILEILECC447 - 453342 - 348
d_318TYRTYRLEULEUCC456 - 458351 - 353
d_319METMETLEULEUCC460 - 461355 - 356
d_320ALAALALEULEUCC463 - 474358 - 369
d_321ALAALAPROPROCC476 - 479371 - 374
d_322LEULEUTHRTHRCC481 - 491376 - 386
d_323PROPROPROPROCC493388
d_324SERSERSERSERCC495 - 549390 - 444
d_325ASNASNVALVALCC552 - 554447 - 449
d_326ASNASNASNASNCC556451
d_327PROPROGLUGLUCC572 - 577467 - 472
d_41SERSERCYSCYSDD110 - 1475 - 42
d_42VALVALPROPRODD149 - 20344 - 98
d_43LEULEUGLYGLYDD205 - 232100 - 127
d_44ASPASPPHEPHEDD234 - 241129 - 136
d_45PHEPHEVALVALDD243 - 248138 - 143
d_46ASNASNPROPRODD250 - 258145 - 153
d_47LEULEUSERSERDD260 - 281155 - 176
d_48GLUGLUGLYGLYDD283 - 305178 - 200
d_49ARGARGALAALADD307 - 344202 - 239
d_410LEULEUPROPRODD346 - 356241 - 251
d_411ALAALAGLNGLNDD362 - 421257 - 316
d_412LYSLYSLYSLYSDD423318
d_413PROPROPROPRODD425320
d_414PROPROPROPRODD428323
d_415PROPROARGARGDD430 - 437325 - 332
d_416SERSERLEULEUDD440 - 445335 - 340
d_417GLNGLNILEILEDD447 - 453342 - 348
d_418TYRTYRLEULEUDD456 - 458351 - 353
d_419METMETLEULEUDD460 - 461355 - 356
d_420ALAALALEULEUDD463 - 474358 - 369
d_421ALAALAPROPRODD476 - 479371 - 374
d_422LEULEUTHRTHRDD481 - 491376 - 386
d_423PROPROPROPRODD493388
d_424SERSERSERSERDD495 - 549390 - 444
d_425ASNASNVALVALDD552 - 554447 - 449
d_426ASNASNASNASNDD556451
d_427PROPROGLUGLUDD572 - 577467 - 472

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.178128542442, 0.981039655806, -0.0763637093306), (0.980895741124, -0.18319637578, -0.0654418287178), (-0.0781905839111, -0.0632477796946, -0.994930123653)-8.34977682775, 14.4983429023, 55.6531808058
2given(0.999448641446, 0.00920488692125, -0.0319011468296), (0.0130003434287, -0.992580570796, 0.120891693466), (-0.0305516641611, -0.121239764661, -0.992152969699)38.288157069, 75.6151499309, 76.2090351707
3given(0.219256630037, 0.97351918686, -0.0647064370857), (-0.973580227869, 0.213970455158, -0.0797382230888), (-0.0637814243082, 0.0804800418421, 0.994713472704)28.6781313504, 67.2277033113, 18.5557465167

-
要素

#1: タンパク質
Isoform 2 of FAD synthase / FAD pyrophosphorylase / FMN adenylyltransferase / Flavin adenine dinucleotide synthase


分子量: 53381.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLAD1, PP591 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q8NFF5, FAD synthase

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 10% PEG 8000 and 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.488→58.725 Å / Num. obs: 43831 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 59.52 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.488→2.792 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2192 / CC1/2: 0.485 / % possible all: 71.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→58.72 Å / SU ML: 0.3993 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.5638
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 2155 4.96 %
Rwork0.2154 41277 -
obs0.2181 43432 64.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→58.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14498 0 0 0 14498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005814853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.824520215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04692250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00762642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.82485466
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.55325567075
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20240406467
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.34626552588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID
2.6-2.660.4702130.3348357X-RAY DIFFRACTION
2.66-2.730.4136350.3401603X-RAY DIFFRACTION
2.73-2.80.3408530.3338885X-RAY DIFFRACTION
2.8-2.880.4153640.30261081X-RAY DIFFRACTION
2.88-2.980.3654750.29621391X-RAY DIFFRACTION
2.98-3.080.2814810.29661830X-RAY DIFFRACTION
3.08-3.210.31191520.30022519X-RAY DIFFRACTION
3.21-3.350.35711680.2783119X-RAY DIFFRACTION
3.35-3.530.32521870.27173746X-RAY DIFFRACTION
3.53-3.750.32822450.24384269X-RAY DIFFRACTION
3.75-4.040.25852010.21874285X-RAY DIFFRACTION
4.04-4.450.2362370.19324298X-RAY DIFFRACTION
4.45-5.090.24142240.16844261X-RAY DIFFRACTION
5.09-6.410.26262210.20864299X-RAY DIFFRACTION
6.41-58.720.21621990.18064334X-RAY DIFFRACTION
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.8924173479 Å / Origin y: 39.6506503279 Å / Origin z: 37.2705202522 Å
111213212223313233
T0.273129159362 Å20.0481954376483 Å20.0137742349017 Å2-0.29355024935 Å2-0.0423014608108 Å2--0.359488852185 Å2
L1.13433504878 °20.298591876294 °2-0.165899935502 °2-0.556359007203 °2-0.169116986684 °2--0.381231294624 °2
S-0.0976788892549 Å °0.0708101135783 Å °-0.0950087002831 Å °0.00299835537219 Å °0.13469656056 Å °0.0313509908978 Å °-0.0204254697126 Å °-0.0588817247747 Å °-0.0197224921274 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る