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- PDB-8rom: Crystal structure of human FAD synthase PAPS domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rom
タイトルCrystal structure of human FAD synthase PAPS domain in complex with FAD
要素FAD synthase
キーワードFLAVOPROTEIN / Human FAD synthase / FAD synthesis / FAD hydrolysis / bifunctional protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / riboflavin metabolic process / FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / mitochondrial matrix / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
FAD synthetase with the MoaB/Mog domain / Phosphoadenosine phosphosulphate reductase / Phosphoadenosine phosphosulfate reductase family / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / FAD synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Leo, G. / Capaldi, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Ministero dell Universita e della RicercaPE_00000019 "HEAL ITALIA" イタリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the bifunctional enzyme human FAD synthase.
著者: Leo, G. / Leone, P. / Ataie Kachoie, E. / Tolomeo, M. / Galluccio, M. / Indiveri, C. / Barile, M. / Capaldi, S.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7014
ポリマ－22,7261
非ポリマー9753
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.959, 69.731, 105.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-706-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FAD synthase / FAD pyrophosphorylase / FMN adenylyltransferase / Flavin adenine dinucleotide synthase


分子量: 22725.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLAD1, PP591 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q8NFF5, FAD synthase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.6 M Na/K phosphate, pH 6, 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→58.144 Å / Num. obs: 24610 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 25.51 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.69→1.72 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1321 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→31.36 Å / SU ML: 0.1942 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.4193
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2066 1224 4.98 %
Rwork0.1815 23373 -
obs0.1828 24597 92.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→31.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1533 0 63 136 1732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19222238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0175278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8528216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.760.31091610.28432750X-RAY DIFFRACTION99.49
1.76-1.840.27181500.23662708X-RAY DIFFRACTION97.91
1.84-1.940.27411050.2242173X-RAY DIFFRACTION77.67
1.94-2.050.241370.2092729X-RAY DIFFRACTION99.38
2.08-2.220.191340.1772409X-RAY DIFFRACTION99.1
2.22-2.440.22041300.18272446X-RAY DIFFRACTION87.35
2.44-2.790.23721130.17842628X-RAY DIFFRACTION92.32
2.79-3.520.17491430.1842773X-RAY DIFFRACTION97.14
3.52-31.360.18941510.1592757X-RAY DIFFRACTION93.24
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.0818365529 Å / Origin y: -17.2474867873 Å / Origin z: -15.3082078726 Å
111213212223313233
T0.157493684496 Å20.0112383734662 Å20.00240328937596 Å2-0.161333909135 Å2-0.00601815637578 Å2--0.170409731396 Å2
L2.06665438722 °20.05340180028 °2-0.766875167066 °2-2.19509211458 °20.349160716927 °2--2.77193396015 °2
S0.00636358778319 Å °0.139242018382 Å °0.0483081043879 Å °-0.184913022617 Å °0.11137053665 Å °-0.187402897981 Å °0.0557150227554 Å °0.240638600235 Å °-0.0805899072439 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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