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- PDB-8ro4: The crystal structure of 2-hydroxy-3-keto-glucal hydratase AtHYD ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ro4
タイトルThe crystal structure of 2-hydroxy-3-keto-glucal hydratase AtHYD from A. tumefaciens
要素2-hydroxy-3-keto-glucal hydratase
キーワードLYASE / hydratase
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Grininger, C. / Bitter, J. / Pfeiffer, M. / Nidetzky, B. / Pavkov-Keller, T.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundDOC 130 オーストリア
Austrian Science Funddoc.funds46 オーストリア
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Enzyme Machinery for Bacterial Glucoside Metabolism through a Conserved Non-hydrolytic Pathway.
著者: Kastner, K. / Bitter, J. / Pfeiffer, M. / Grininger, C. / Oberdorfer, G. / Pavkov-Keller, T. / Weber, H. / Nidetzky, B.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年10月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxy-3-keto-glucal hydratase
C: 2-hydroxy-3-keto-glucal hydratase
D: 2-hydroxy-3-keto-glucal hydratase
B: 2-hydroxy-3-keto-glucal hydratase
E: 2-hydroxy-3-keto-glucal hydratase
F: 2-hydroxy-3-keto-glucal hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,61012
ポリマ－234,2806
非ポリマー3306
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.320, 165.550, 93.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 17 or resid 19...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 17 or resid 19...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 2 through 17 or resid 19...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 2 through 17 or resid 19...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 2 through 17 or resid 19...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 2 through 17 or resid 19...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LYSLYSASPASPAA2 - 172 - 17
d_12ALAALAPROPROAA19 - 4519 - 45
d_13LEULEULEULEUAA47 - 5047 - 50
d_14LYSLYSGLYGLYAA52 - 6552 - 65
d_15LEULEUALAALAAA67 - 6867 - 68
d_16THRTHRLEULEUAA70 - 10470 - 104
d_17GLYGLYGLYGLYAA106106
d_18PROPROPROPROAA108108
d_19ALAALAGLNGLNAA110 - 112110 - 112
d_110TRPTRPALAALAAA114 - 123114 - 123
d_111ALAALALEULEUAA125 - 131125 - 131
d_112SERSERPROPROAA133 - 150133 - 150
d_113ARGARGVALVALAA152 - 157152 - 157
d_114METMETGLUGLUAA159 - 176159 - 176
d_115ASNASNLEULEUAA178 - 202178 - 202
d_116ALAALAHISHISAA204 - 235204 - 235
d_117ARGARGPROPROAA237 - 307237 - 307
d_118ASPASPALAALAAA309 - 311309 - 311
d_119GLUGLUILEILEAA313 - 318313 - 318
d_120ASNASNASNASNAA320 - 343320 - 343
d_121ARGARGGLYGLYAA345 - 348345 - 348
d_21LYSLYSASPASPBD2 - 172 - 17
d_22ALAALAPROPROBD19 - 4519 - 45
d_23LEULEULEULEUBD47 - 5047 - 50
d_24LYSLYSGLYGLYBD52 - 6552 - 65
d_25LEULEUALAALABD67 - 6867 - 68
d_26THRTHRLEULEUBD70 - 10470 - 104
d_27GLYGLYGLYGLYBD106106
d_28PROPROPROPROBD108108
d_29ALAALAGLNGLNBD110 - 112110 - 112
d_210TRPTRPALAALABD114 - 123114 - 123
d_211ALAALALEULEUBD125 - 131125 - 131
d_212SERSERPROPROBD133 - 150133 - 150
d_213ARGARGVALVALBD152 - 157152 - 157
d_214METMETGLUGLUBD159 - 176159 - 176
d_215ASNASNLEULEUBD178 - 202178 - 202
d_216ALAALAHISHISBD204 - 235204 - 235
d_217ARGARGPROPROBD237 - 307237 - 307
d_218ASPASPALAALABD309 - 311309 - 311
d_219GLUGLUILEILEBD313 - 318313 - 318
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d_221ARGARGGLYGLYBD345 - 348345 - 348
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d_35LEULEUALAALACB67 - 6867 - 68
d_36THRTHRLEULEUCB70 - 10470 - 104
d_37GLYGLYGLYGLYCB106106
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d_39ALAALAGLNGLNCB110 - 112110 - 112
d_310TRPTRPALAALACB114 - 123114 - 123
d_311ALAALALEULEUCB125 - 131125 - 131
d_312SERSERPROPROCB133 - 150133 - 150
d_313ARGARGVALVALCB152 - 157152 - 157
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d_315ASNASNLEULEUCB178 - 202178 - 202
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d_43LEULEULEULEUDC47 - 5047 - 50
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d_415ASNASNLEULEUDC178 - 202178 - 202
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d_421ARGARGGLYGLYDC345 - 348345 - 348
d_51LYSLYSASPASPEE2 - 172 - 17
d_52ALAALAPROPROEE19 - 4519 - 45
d_53LEULEULEULEUEE47 - 5047 - 50
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d_55LEULEUALAALAEE67 - 6867 - 68
d_56THRTHRLEULEUEE70 - 10470 - 104
d_57GLYGLYGLYGLYEE106106
d_58PROPROPROPROEE108108
d_59ALAALAGLNGLNEE110 - 112110 - 112
d_510TRPTRPALAALAEE114 - 123114 - 123
d_511ALAALALEULEUEE125 - 131125 - 131
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d_514METMETGLUGLUEE159 - 176159 - 176
d_515ASNASNLEULEUEE178 - 202178 - 202
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d_521ARGARGGLYGLYEE345 - 348345 - 348
d_61LYSLYSASPASPFF2 - 172 - 17
d_62ALAALAPROPROFF19 - 4519 - 45
d_63LEULEULEULEUFF47 - 5047 - 50
d_64LYSLYSGLYGLYFF52 - 6552 - 65
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d_66THRTHRLEULEUFF70 - 10470 - 104
d_67GLYGLYGLYGLYFF106106
d_68PROPROPROPROFF108108
d_69ALAALAGLNGLNFF110 - 112110 - 112
d_610TRPTRPALAALAFF114 - 123114 - 123
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d_613ARGARGVALVALFF152 - 157152 - 157
d_614METMETGLUGLUFF159 - 176159 - 176
d_615ASNASNLEULEUFF178 - 202178 - 202
d_616ALAALAHISHISFF204 - 235204 - 235
d_617ARGARGPROPROFF237 - 307237 - 307
d_618ASPASPALAALAFF309 - 311309 - 311
d_619GLUGLUILEILEFF313 - 318313 - 318
d_620ASNASNASNASNFF320 - 343320 - 343
d_621ARGARGGLYGLYFF345 - 348345 - 348

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.854410088099, -0.428205537944, -0.294318566572), (-0.434629754216, 0.278568680796, 0.856444082722), (-0.284746164337, 0.859674070421, -0.424122758811)42.9672901629, -7.04701874404, 32.1364900215
2given(0.872608106949, 0.341800004607, 0.348895182738), (0.466257335123, -0.37020270502, -0.803463785518), (-0.145461985174, 0.863783951024, -0.482408640908)-15.3057290514, 44.4205567846, 31.9727734636
3given(-0.993609911702, 0.0096657788316, -0.112454062119), (0.00303961660883, -0.993673487085, -0.112266476723), (-0.112827762977, -0.111890901259, 0.987294445501)30.9145477621, 41.0100246257, 4.1229868915
4given(-0.90421503787, -0.377909928526, 0.198945347297), (-0.375342582858, 0.480957676333, -0.792336834351), (0.203747664485, -0.791115541181, -0.57673485218)27.3592277018, 39.570494467, 61.0355861939
5given(0.877443338343, 0.460255708169, -0.135121689955), (0.333227085965, -0.382239686696, 0.861888931994), (0.345040428324, -0.801284908764, -0.488763335174)-2.6377334716, -5.36404170515, 56.5023650867

-
要素

#1: タンパク質
2-hydroxy-3-keto-glucal hydratase


分子量: 39046.715 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: JCSG+, condition G4 (0.2 M Trimethylamine N-oxide, 0.1M Tris pH 8.5, 20% w/vPEG 2000 MME) Protein buffer: 10 mM HEPES pH 7.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 0.1 mM MnCl2 0.5 ul screen condition + ...詳細: JCSG+, condition G4 (0.2 M Trimethylamine N-oxide, 0.1M Tris pH 8.5, 20% w/vPEG 2000 MME) Protein buffer: 10 mM HEPES pH 7.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 0.1 mM MnCl2 0.5 ul screen condition + 0.5 ul protein solution (7.5 mg/ml)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0121 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0121 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→48.04 Å / Num. obs: 76408 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 63.78 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 8.01
反射 シェル解像度: 2.51→2.6 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 7125 / CC1/2: 0.61 / Rrim(I) all: 0.93 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSFeb 5, 2021データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→48.04 Å / SU ML: 0.3885 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.1342
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2173 2100 2.75 %
Rwork0.1807 74304 -
obs0.1817 76404 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→48.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16063 0 6 33 16102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002516519
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.547722399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04332296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00452966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.47055898
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.479000962529
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.547113385988
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.489893378487
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.540086995819
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.52969872192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.570.4181250.36484423X-RAY DIFFRACTION87.36
2.57-2.640.38891410.30774987X-RAY DIFFRACTION99.4
2.64-2.710.31331410.27344998X-RAY DIFFRACTION99.32
2.71-2.790.3321410.24494997X-RAY DIFFRACTION99.3
2.79-2.880.2781420.23265019X-RAY DIFFRACTION99.23
2.88-2.980.31251410.24084990X-RAY DIFFRACTION98.96
2.98-3.10.30731390.25484923X-RAY DIFFRACTION97.29
3.1-3.240.30291400.22874954X-RAY DIFFRACTION97.96
3.24-3.410.27381420.20925005X-RAY DIFFRACTION99.5
3.41-3.620.22541420.18645036X-RAY DIFFRACTION99.31
3.62-3.90.21051410.17375013X-RAY DIFFRACTION99.08
3.9-4.30.18561410.15014980X-RAY DIFFRACTION98.65
4.3-4.920.1561390.13974913X-RAY DIFFRACTION96.5
4.92-6.190.17241420.15215009X-RAY DIFFRACTION99.02
6.19-48.040.17331430.14735057X-RAY DIFFRACTION98.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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