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- PDB-8rnm: Unspecific peroxygenase from Marasmius wettsteinii (MweUPO-1) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rnm
タイトルUnspecific peroxygenase from Marasmius wettsteinii (MweUPO-1) in complex with testosterone
要素Unspecific peroxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxygenase / peroxidase / complex / testosterone
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TESTOSTERONE
機能・相同性情報
生物種Marasmius wettsteinii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Fernandez-Garcia, A. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSynergy CAM Project Y2018/BIO-4738-EVOQUIMERA-CM スペイン
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights and Reaction Profile of a New Unspecific Peroxygenase from Marasmius wettsteinii Produced in a Tandem-Yeast Expression System.
著者: Sanchez-Moreno, I. / Fernandez-Garcia, A. / Mateljak, I. / Gomez de Santos, P. / Hofrichter, M. / Kellner, H. / Sanz-Aparicio, J. / Alcalde, M.
履歴
登録2024年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unspecific peroxygenase
B: Unspecific peroxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,45221
ポリマ－51,7982
非ポリマー3,65419
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PISA-dimeric
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area20100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.999, 75.999, 185.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Unspecific peroxygenase


分子量: 25899.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius wettsteinii (菌類) / 発現宿主: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 参照: unspecific peroxygenase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 422分子

#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE / テストステロン


分子量: 288.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 13% PEG 4000, 200mM ammonium sulfate. Soaking: 40 mM testosterone, 5 hours, cryoprotected with 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月22日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.01 Å / Num. obs: 40573 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2816 / CC1/2: 0.084 / Rpim(I) all: 0.221 / Rrim(I) all: 0.618 / Χ2: 0.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→40.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.154 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22659 1986 5 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.19555 37917 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.549 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3642 0 242 407 4291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0124027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3061.695527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4651.5918671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5965494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.598529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.79910604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0093.0541934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0093.0541934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8615.4922418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.865.4942419
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5673.3922093
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5623.3872082
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9486.1183084
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.1830.954747
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.16330.944652
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 148 -
Rwork0.252 2801 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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