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- PDB-8rnf: HLA-E*01:03 in complex with SARS-CoV-2 Omicron Nsp13 peptide, VIP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rnf
タイトルHLA-E*01:03 in complex with SARS-CoV-2 Omicron Nsp13 peptide, VIPLSAPTL
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, E alpha chain variant
  • Non-structural protein 7
キーワードIMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / COVID-19 / HLA-E / NK cells
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / ER-Phagosome pathway / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / negative regulation of neuron projection development / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / protein refolding / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / early endosome membrane / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / protein homotetramerization / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / amyloid fibril formation / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab / Beta-2-microglobulin / HLA class I histocompatibility antigen, E alpha chain variant
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.872 Å
データ登録者Sun, R. / Achour, A. / Sala, B.M. / Sandalova, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Emerging mutation in SARS-CoV-2 facilitates escape from NK cell recognition and associates with enhanced viral fitness.
著者: Bilev, E. / Wild, N. / Momayyezi, P. / Sala, B.M. / Sun, R. / Sandalova, T. / Marquardt, N. / Ljunggren, H.G. / Achour, A. / Hammer, Q.
履歴
登録2024年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, E alpha chain variant
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, E alpha chain variant
D: Beta-2-microglobulin
E: Non-structural protein 7
F: HLA class I histocompatibility antigen, E alpha chain variant
G: Beta-2-microglobulin
H: Non-structural protein 7
P: Non-structural protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,1629
ポリマ－133,1629
非ポリマー00
水19,2581069
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, E alpha chain variant
B: Beta-2-microglobulin
P: Non-structural protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3873
ポリマ－44,3873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, E alpha chain variant
D: Beta-2-microglobulin
E: Non-structural protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3873
ポリマ－44,3873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
3
F: HLA class I histocompatibility antigen, E alpha chain variant
G: Beta-2-microglobulin
H: Non-structural protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3873
ポリマ－44,3873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.233, 66.530, 158.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.256, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-301-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, E alpha chain variant


分子量: 31597.713 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59EE1
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Non-structural protein 7 / nsp7


分子量: 910.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTD1
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1069 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M DL malic acid and 20% w/v of PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→47.95 Å / Num. obs: 104376 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4978 / CC1/2: 0.73 / Rpim(I) all: 0.525 / Χ2: 0.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.872→47.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.023 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2197 5251 5.032 %
Rwork0.178 99094 -
all0.18 --
obs-104345 99.66 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å2-0 Å2-0.5 Å2
2--0.183 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.872→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9348 0 0 1069 10417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0129615
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0168535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.84313069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.521.7819700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.81251131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.442575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.974101548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.34410512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022335
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21560
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1880.27628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.24435
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.24755
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0660.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1960.260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1520.265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0222.3614557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0222.3614557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1874.235677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1874.2295678
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0232.7575059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9474.857392
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9474.857393
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.80228.37110774
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.71727.09910463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.872-1.920.2994000.2467103X-RAY DIFFRACTION97.2773
1.92-1.9730.2693670.2247098X-RAY DIFFRACTION99.9598
1.973-2.030.2663510.2086943X-RAY DIFFRACTION99.9726
2.03-2.0920.2293670.1926720X-RAY DIFFRACTION99.9859
2.092-2.1610.2433700.1896485X-RAY DIFFRACTION99.9417
2.161-2.2360.2443160.196323X-RAY DIFFRACTION99.9398
2.236-2.320.2213490.1756072X-RAY DIFFRACTION99.9377
2.32-2.4150.2193470.1755791X-RAY DIFFRACTION99.9674
2.415-2.5220.2323180.1785623X-RAY DIFFRACTION99.9495
2.522-2.6450.233150.1825373X-RAY DIFFRACTION99.9297
2.645-2.7870.2382770.1845159X-RAY DIFFRACTION99.8897
2.787-2.9560.2332530.1814798X-RAY DIFFRACTION99.8616
2.956-3.1590.2332330.194629X-RAY DIFFRACTION99.9383
3.159-3.4110.2061880.1784248X-RAY DIFFRACTION99.8649
3.411-3.7350.1862380.1733897X-RAY DIFFRACTION99.7347
3.735-4.1720.2131830.1563583X-RAY DIFFRACTION99.788
4.172-4.8120.1621350.1373171X-RAY DIFFRACTION99.7586
4.812-5.8780.1751010.152727X-RAY DIFFRACTION99.6828
5.878-8.2520.184970.1782118X-RAY DIFFRACTION99.9549
8.252-47.950.218460.1891234X-RAY DIFFRACTION98.3859

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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