PDB-8rmw: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rmw

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / formyl-CoA transferase / formyl-CoA transferase activity / :
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024
タイトル: alpha-Methylacyl-CoA Racemase from Mycobacterium tuberculosis -Detailed Kinetic and Structural Characterization of the Active Site.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2024年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rmw.cif.gz	278.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rmw.ent.gz	218.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rmw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rmw_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rmw_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	8rmw_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	8rmw_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/8rmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/8rmw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rp3C 8rp4C 8rp5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

78.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.053, 79.090, 59.194
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.008, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / CoA transferase / Fatty acid-CoA racemase 分子量: 39158.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: frc_2, frc, frc_3, mcr, DSI46_17980, ERS007679_00285, ERS007681_01258, ERS007720_00852, ERS007722_01391, ERS053720_03198, F6W99_03855, GJE03_06060, SAMEA2683035_02587 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045IZ15, formyl-CoA transferase, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74398351 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.03 M magnesium chloride hexahydrate, 0.03 M calcium chloride dihydrate, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium (HEPES-MOPS)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→90.471 Å / Num. obs: 100251 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.04-90.47	6.6	0.02	654	1	0.012	0.023
1.65-1.68	6.9	2.398	4908	0.32	1.488	2.828

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→90.471 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / WR_factor R_free: 0.205 / WR_factor R_work: 0.177 / SU B: 3.133 / SU ML: 0.095 / Average fsc free: 0.9452 / Average fsc work: 0.9557 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2251	5092	5.079 %
R_work	0.1944	95155	-
all	0.196	-	-
obs	-	100247	99.996 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.979 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.349 Å²	-0 Å²	0.299 Å²
2-	-	-0.99 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.315 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→90.471 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5366	0	19	421	5806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5203
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.712	1.809	7513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.585	1.748	11946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.33	5	709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.697	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.044	10	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.581	10	250
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4785
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.781	3.134	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.781	3.134	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.827	5.623	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.827	5.624	3541
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.567	3.447	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.567	3.447	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.379	6.188	3971
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.379	6.188	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.456	30.712	6219
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.447	29.598	6129

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.65-1.693	0.391	385	0.366	6978	0.367	7363	0.873	0.894	100	0.37
1.693-1.739	0.338	375	0.343	6824	0.343	7199	0.909	0.905	100	0.349
1.739-1.79	0.329	331	0.321	6653	0.321	6984	0.908	0.918	100	0.326
1.79-1.845	0.314	355	0.289	6422	0.29	6777	0.927	0.938	100	0.292
1.845-1.905	0.296	343	0.277	6283	0.278	6627	0.939	0.946	99.9849	0.277
1.905-1.972	0.287	344	0.259	6032	0.26	6377	0.939	0.953	99.9843	0.253
1.972-2.046	0.275	315	0.236	5852	0.238	6167	0.948	0.963	100	0.228
2.046-2.13	0.274	270	0.221	5638	0.223	5908	0.954	0.968	100	0.211
2.13-2.225	0.234	305	0.2	5385	0.202	5690	0.964	0.975	100	0.189
2.225-2.333	0.235	259	0.196	5190	0.198	5451	0.966	0.977	99.9633	0.183
2.333-2.459	0.226	262	0.186	4928	0.188	5190	0.967	0.979	100	0.174
2.459-2.608	0.22	238	0.185	4653	0.187	4891	0.971	0.98	100	0.174
2.608-2.788	0.232	212	0.187	4403	0.189	4615	0.967	0.979	100	0.175
2.788-3.011	0.244	224	0.188	4079	0.191	4303	0.963	0.979	100	0.179
3.011-3.298	0.224	204	0.176	3771	0.178	3975	0.969	0.982	100	0.169
3.298-3.687	0.2	202	0.178	3366	0.179	3568	0.981	0.984	100	0.172
3.687-4.256	0.193	172	0.151	3005	0.154	3177	0.976	0.987	100	0.143
4.256-5.21	0.146	119	0.13	2582	0.13	2701	0.989	0.992	100	0.12
5.21-7.356	0.176	127	0.175	1965	0.175	2092	0.984	0.988	100	0.168
7.356-90.471	0.184	50	0.174	1146	0.175	1196	0.981	0.978	100	0.162

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