[日本語] English
万見
- PDB-8rmh: Crystal structure of parallel G-quadruplex containing T-tetrads a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rmh
タイトルCrystal structure of parallel G-quadruplex containing T-tetrads and TG-octaplet
要素DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / Quadruplex / T-tetrad / Octaplet / Parallel
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Abdullrahman, A. / El Omari, K. / Paterson, N. / Orr, C. / Lambert, M. / Cardin, C.J. / Sanchez-Weatherby, J. / Hall, J.P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionH2020-MSCA-INT-2019-861European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of parallel G-quadruplex containing T-tetrads and TG-octaplet
著者: Abdullrahman, A. / El Omari, K. / Paterson, N. / Orr, C. / Lambert, M. / Sandy, J. / Mikolajek, H. / Cardin, C.J. / Sanchez-Weatherby, J. / Hall, J.P.
履歴
登録2024年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,86916
ポリマ－4,3692
非ポリマー50014
水1,08160
1
A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,60848
ポリマ－13,1076
非ポリマー1,50142
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation4_445y-1/2,-x-1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.436, 40.436, 40.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

K

21A-102-

K

31A-103-

K

41A-104-

K

51A-105-

K

61A-106-

K

71A-107-

K

81A-108-

MG

91A-109-

NA

101A-110-

NA

111B-101-

K

121B-102-

K

131B-103-

K

141A-216-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 2184.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.05 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: A solution containing DNA 1.8 mM, 0.02 M Sodium Cacodylate pH 5.5, 0.1 M NaCl, 0.01 mM MgCl2 was mixed 1:1 with a solution containing 0.2 M Potassium chloride, 0.05 M Sodium cacodylate ...詳細: A solution containing DNA 1.8 mM, 0.02 M Sodium Cacodylate pH 5.5, 0.1 M NaCl, 0.01 mM MgCl2 was mixed 1:1 with a solution containing 0.2 M Potassium chloride, 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 5.9, 10% w/v Polyethylene glycol 4000 & 0.01 M Magnesium chloride hexahydrate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→40.48 Å / Num. obs: 12480 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 126.9 % / Biso Wilson estimate: 10.52 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 0.353
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / Num. unique obs: 589 / CC1/2: 0.567

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.15→40.48 Å / SU ML: 0.1731 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.032
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 1216 5.4 %
Rwork0.1514 21323 -
obs0.1536 12352 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→40.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 290 14 60 364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2766500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.3676132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.20.33021090.33732212X-RAY DIFFRACTION91.96
1.2-1.250.371310.30272390X-RAY DIFFRACTION99.41
1.25-1.320.33771200.26522412X-RAY DIFFRACTION99.92
1.32-1.40.2741080.21242430X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.510.21471360.17912403X-RAY DIFFRACTION99.69
1.51-1.660.19661730.14742303X-RAY DIFFRACTION99.84
1.66-1.90.1451530.12372390X-RAY DIFFRACTION99.53
1.9-2.390.15971310.11452412X-RAY DIFFRACTION100
2.39-40.480.15761550.10772371X-RAY DIFFRACTION99.21

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る