PDB-8rlu: TCR in complex with HLA-E*01:03 bound to HBV envelope 371-379 S3N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rlu

タイトル

TCR in complex with HLA-E*01:03 bound to HBV envelope 371-379 S3N peptide

要素

(T cell receptor ...) x 2
Beta-2-microglobulin
HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
Large envelope protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / TCR-MHC / TCR / HLA-E / HBV / affinity matured / pHLA

機能・相同性

機能・相同性情報

detection of tumor cell / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell lectin-like receptor binding / natural killer cell tolerance induction ...detection of tumor cell / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell lectin-like receptor binding / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell activation / caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-13 production / alpha-beta T cell receptor complex / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / positive regulation of interleukin-4 production / beta-2-microglobulin binding / MHC class I protein binding / positive regulation of natural killer cell proliferation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / signaling receptor activity / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Pengelly, R.J. / Godinho, L.F.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Viral sequence determines HLA-E-restricted T cell recognition of hepatitis B surface antigen.
著者: Murugesan, G. / Paterson, R.L. / Kulkarni, R. / Ilkow, V. / Suckling, R.J. / Connolly, M.M. / Karuppiah, V. / Pengelly, R. / Jadhav, A. / Donoso, J. / Heunis, T. / Bunjobpol, W. / Philips, G. ...

履歴

登録	2024年1月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb8rlu.ent.gz	504.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8rlu_validation.pdf.gz	501.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rlu_full_validation.pdf.gz	522 KB	表示
XML形式データ	8rlu_validation.xml.gz	66.2 KB	表示
CIF形式データ	8rlu_validation.cif.gz	86.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/8rlu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/8rlu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8rltC 8rlvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (6) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E

B: Beta-2-microglobulin

C: Large envelope protein

D: T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5

E: T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5

F: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E

G: Beta-2-microglobulin

H: Large envelope protein

I: T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5

J: T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5

188 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E

B: Beta-2-microglobulin

C: Large envelope protein

D: T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5

E: T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
94.1 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E

G: Beta-2-microglobulin

H: Large envelope protein

I: T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5

J: T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
94.1 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.417, 147.845, 91.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.026, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A

NCSドメイン領域:

Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	PRO	PRO	1 - 276	1 - 276
2	1	1	GLY	GLY	PRO	PRO	1 - 276	1 - 276
3	2	2	GLY	GLY	HIS	HIS	1 - 99	1 - 99
4	2	2	GLY	GLY	HIS	HIS	1 - 99	1 - 99
5	3	3	SER	SER	THR	THR	2 - 190	2 - 190
6	3	3	SER	SER	THR	THR	2 - 190	2 - 190
7	4	4	HIS	HIS	ASP	ASP	3 - 238	3 - 238
8	4	4	HIS	HIS	ASP	ASP	3 - 238	3 - 238

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AFBG

#1: タンパク質	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E / MHC class I antigen E 分子量: 31824.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-E, HLA-6.2, HLAE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13747
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
T cell receptor ... , 2種, 4分子 DIEJ

#4: タンパク質	T cell receptor alpha variable 12-2,T cell receptor alpha chain MC.7.G5 / MC.7.G5 TRA / TR alpha chain TRAV38-2DV801J3101C01 分子量: 21944.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens* (ヒト) / 遺伝子: TRAV12-2, TRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075B6T6, UniProt: P0DTU3
#5: タンパク質	T cell receptor beta variable 6-5,T cell receptor beta chain MC.7.G5 / TR beta chain TRBV25-101J2S301C201 / MC.7.G5 TRB 分子量: 27436.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens* (ヒト) / 遺伝子: TRBV6-5, TRB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K0K1A5, UniProt: P0DTU4

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 239分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド	Large envelope protein / L glycoprotein / L-HBsAg / LHB / Large S protein / Large surface protein / Major surface antigen 分子量: 1039.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) 参照: UniProt: Q67953
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 200 mM sodium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→65.51 Å / Num. obs: 88665 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / R_merge(I) obs: 1.606 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 3947 / CC_1/2: 0.521 / R_pim(I) all: 0.758

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
DIALS	3.8.2	データ削減
DIALS	3.8.2	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→65.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 12.368 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.246 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2609	4288	4.839 %
R_work	0.2083	84321	-
all	0.211	-	-
obs	-	88609	99.293 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.466 Å²	-0 Å²	2.556 Å²
2-	-	0.914 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.199 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→65.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12872	0	0	237	13109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	13229
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.567	1.656	17981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.529	1.575	27338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.762	5	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.598	5	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.764	10	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.225	10	674
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	15699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	11164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	6123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	7265
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.072	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.197	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.293	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.276	5.805	6410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.276	5.805	6410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.959	10.417	7988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.962	10.418	7989
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.753	6.195	6819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.752	6.195	6820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.938	11.151	9993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.937	11.152	9994
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.419	55.912	14091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.419	55.92	14087
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.102	0.05	8739
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.096	0.05	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.131	0.05	5001
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.14	0.05	6827

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10223	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10223	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0964	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0964	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13133	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13133	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13964	0.05008
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13964	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.336	301	0.349	5690	X-RAY DIFFRACTION	90.9381
2.411-2.477	0.376	329	0.349	6074	X-RAY DIFFRACTION	99.922
2.477-2.548	0.349	288	0.328	5951	X-RAY DIFFRACTION	99.984
2.548-2.627	0.364	311	0.309	5728	X-RAY DIFFRACTION	99.9503
2.627-2.713	0.34	285	0.286	5568	X-RAY DIFFRACTION	99.8976
2.713-2.808	0.31	277	0.26	5416	X-RAY DIFFRACTION	99.9473
2.808-2.913	0.283	253	0.242	5211	X-RAY DIFFRACTION	99.9268
2.913-3.032	0.295	232	0.238	5031	X-RAY DIFFRACTION	99.9241
3.032-3.167	0.324	247	0.236	4828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.167-3.321	0.32	229	0.245	4604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.321-3.5	0.262	219	0.231	4380	X-RAY DIFFRACTION	99.9565
3.5-3.712	0.259	225	0.206	4155	X-RAY DIFFRACTION	100
3.712-3.967	0.231	197	0.18	3882	X-RAY DIFFRACTION	100
3.967-4.284	0.201	165	0.158	3675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.284-4.69	0.188	176	0.133	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-5.241	0.178	170	0.126	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
5.241-6.045	0.217	135	0.156	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
6.045-7.388	0.271	128	0.18	2280	X-RAY DIFFRACTION	100
7.388-10.383	0.227	80	0.147	1788	X-RAY DIFFRACTION	100
10.383-65.51	0.26	41	0.242	1022	X-RAY DIFFRACTION	99.906

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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