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- PDB-8rlj: Structure of the apo form of PIB-1 in an Orthorombic space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rlj
タイトルStructure of the apo form of PIB-1 in an Orthorombic space group
要素Class C beta-lactamase-related serine hydrolase
キーワードHYDROLASE / Beta-lactamase / AmpC / PIB-1
機能・相同性: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / hydrolase activity / Serine hydrolase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Medrano, F.J. / Romero, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-113521RB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: A new type of Class C beta-lactamases defined by PIB-1. A metal-dependent carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase, from Pseudomonas aeruginosa: Structural and functional analysis.
著者: Medrano, F.J. / Hernando-Amado, S. / Martinez, J.L. / Romero, A.
履歴
登録2024年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase
B: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase
C: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase
D: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase
E: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase
F: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,4196
ポリマ－261,4196
非ポリマー00
水4,540252
1
A: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5701
ポリマ－43,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5701
ポリマ－43,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5701
ポリマ－43,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5701
ポリマ－43,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5701
ポリマ－43,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Class C beta-lactamase-related serine hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5701
ポリマ－43,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.760, 100.821, 269.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 31 through 85 or resid 88 through 414))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 31 through 85 or resid 88 through 322 or resid 363 through 414))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 31 through 85 or resid 88 through 322 or resid 363 through 414))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 31 through 85 or resid 88 through 322 or resid 363 through 414))
d_5ens_1(chain "E" and (resid 31 through 322 or resid 363 through 414))
d_6ens_1(chain "F" and (resid 31 through 85 or resid 88 through 322 or resid 363 through 414))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASNASNILEILEAA31 - 858 - 62
d_12GLUGLUARGARGAA88 - 41465 - 391
d_21ASNASNILEILEBB31 - 858 - 62
d_22GLUGLUVALVALBB88 - 32265 - 299
d_23ALAALAARGARGBB363 - 414340 - 391
d_31ASNASNILEILECC31 - 858 - 62
d_32GLUGLUVALVALCC88 - 32265 - 299
d_33ALAALAARGARGCC363 - 414340 - 391
d_41ASNASNILEILEDD31 - 858 - 62
d_42GLUGLUVALVALDD88 - 32265 - 299
d_43ALAALAARGARGDD363 - 414340 - 391
d_51ASNASNVALVALEE31 - 3228 - 299
d_52ALAALAARGARGEE363 - 414340 - 391
d_61ASNASNILEILEFF31 - 858 - 62
d_62GLUGLUVALVALFF88 - 32265 - 299
d_63ALAALAARGARGFF363 - 414340 - 391

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.355152401251, 0.775599484302, -0.521835426007), (-0.832544422453, -0.516300561705, -0.200757352606), (-0.425131222716, 0.363151717514, 0.82908640897)-24.8530330112, -5.52400314541, -7.89539464526
2given(-0.349043632111, -0.859234354573, -0.374011853828), (0.784982271075, -0.486074415959, 0.384102195057), (-0.511831395071, -0.159524249163, 0.844144914661)-18.5805996832, 18.5217589477, -7.15770130077
3given(0.999937453448, -0.0111829793307, 0.000173683025203), (-0.00469755408727, -0.434028259289, -0.900887009077), (0.0101499841429, 0.900829845815, -0.434053644968)-0.981034795579, 50.0444509584, 135.992334736
4given(0.362389165968, -0.78336107249, 0.504994576699), (0.729116659906, -0.0992346378763, -0.677156837737), (0.580571260602, 0.61359426069, 0.535200051019)-50.9243087617, 9.7756742165, 1.35158718737
5given(0.35921894422, 0.851270171892, 0.382492934), (-0.119449062563, -0.364539813286, 0.923494800192), (0.925577480045, -0.377425249521, -0.0292661828341)-19.2519575624, -48.2272487572, 21.1185144309

-
要素

#1: タンパク質
Class C beta-lactamase-related serine hydrolase / Serine hydrolase


分子量: 43569.887 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: CAZ10_27720, DT376_01770, GUL26_24405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1J0J3U4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M TRIS-HCl buffer at pH 8.6 containing 17.5% PEG 4000 and 0.2 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.040248 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.040248 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.55 Å / Num. obs: 78813 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 46.54 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 5.82
反射 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 6.89 % / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 12543 / CC1/2: 0.994 / % possible all: 35.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4746精密化
PHENIXdev_4746精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→49.55 Å / SU ML: 0.4563 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5962
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 2000 2.54 %
Rwork0.2215 76798 -
obs0.2227 78798 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17834 0 0 253 18087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008418269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.112124765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06352578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02763257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.84216780
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.959958602793
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.05301919816
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.0536690049
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.918749553616
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.924273917431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.510.4481400.3965365X-RAY DIFFRACTION98.71
2.51-2.580.4121400.3575388X-RAY DIFFRACTION99.95
2.58-2.650.36971410.32375428X-RAY DIFFRACTION99.89
2.65-2.740.34481410.30475392X-RAY DIFFRACTION99.87
2.74-2.840.30811420.28155457X-RAY DIFFRACTION99.8
2.84-2.950.34821420.27185454X-RAY DIFFRACTION99.91
2.95-3.090.31811420.27475458X-RAY DIFFRACTION99.95
3.09-3.250.28621420.24825468X-RAY DIFFRACTION99.95
3.25-3.450.25751420.22195442X-RAY DIFFRACTION99.98
3.45-3.720.22741440.20065518X-RAY DIFFRACTION99.81
3.72-4.090.24471430.18285502X-RAY DIFFRACTION99.88
4.09-4.680.22181440.16135514X-RAY DIFFRACTION99.79
4.68-5.90.2381450.18935597X-RAY DIFFRACTION99.88
5.9-49.550.24261520.19325815X-RAY DIFFRACTION99.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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