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万見
- PDB-8rli: Neutron structure of perdeuterated hen egg-white lysozyme at room... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rli
タイトルNeutron structure of perdeuterated hen egg-white lysozyme at room temperature
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / lysozyme / perdeuterated / room temperature
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DEUTERATED WATER / NITRATE ION / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 0.91 Å
データ登録者Ramos, J. / Laux, V. / Mason, S.A. / Lemee, M. / Bowler, M. / Diederichs, K. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Mossou, E. / Larsen, S. / Langkilde, A.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structure and dynamics of the active site of hen egg-white lysozyme from atomic resolution neutron crystallography.
著者: Ramos, J. / Laux, V. / Mason, S.A. / Lemee, M.H. / Bowler, M.W. / Diederichs, K. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Mossou, E. / Larsen, S. / Langkilde, A.E.
履歴
登録2024年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,94310
ポリマ－14,3881
非ポリマー5559
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint49 kcal/mol
Surface area8520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.120, 31.630, 34.150
Angle α, β, γ (deg.)89.16, 72.05, 67.74
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14388.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.15 M sodium nitrate, 0.05 M sodium acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: ILL / ビームライン: D19 / 波長: 1.455 Å
検出器タイプ: 5ATM 3HE, CURVED 120X30 DEGREES / 検出器: POSITION SENSITIVE DETECTOR / 日付: 2020年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 1.455 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.91→9.96 Å / Num. obs: 67975 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 0.91→0.94 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 6381 / CC1/2: 0.148 / Rpim(I) all: 0.908 / Rrim(I) all: 1.451 / % possible all: 89.1

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解析

精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.91→9.96 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 3399 5.2 %Random
Rwork0.1981 ---
obs-64576 95.5 %-

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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