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- PDB-8rk1: Crystal structure of FutA bound to Fe(III) solved by neutron diff... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rk1
タイトルCrystal structure of FutA bound to Fe(III) solved by neutron diffraction
要素Putative iron ABC transporter, substrate binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Periplasmic iron-binding protein / metal ion binding (金属) / iron homeostasis
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferric binding protein / outer membrane-bounded periplasmic space / iron ion transport / metal ion binding / : / Putative iron ABC transporter, substrate binding protein
機能・相同性情報
生物種Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Bolton, R. / Tews, I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
University of Southampton 英国
Diamond Light Source 英国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: A redox switch allows binding of Fe(II) and Fe(III) ions in the cyanobacterial iron-binding protein FutA from Prochlorococcus.
著者: Bolton, R. / Machelett, M.M. / Stubbs, J. / Axford, D. / Caramello, N. / Catapano, L. / Maly, M. / Rodrigues, M.J. / Cordery, C. / Tizzard, G.J. / MacMillan, F. / Engilberge, S. / von ...著者: Bolton, R. / Machelett, M.M. / Stubbs, J. / Axford, D. / Caramello, N. / Catapano, L. / Maly, M. / Rodrigues, M.J. / Cordery, C. / Tizzard, G.J. / MacMillan, F. / Engilberge, S. / von Stetten, D. / Tosha, T. / Sugimoto, H. / Worrall, J.A.R. / Webb, J.S. / Zubkov, M. / Coles, S. / Mathieu, E. / Steiner, R.A. / Murshudov, G. / Schrader, T.E. / Orville, A.M. / Royant, A. / Evans, G. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Tews, I.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: A redox switch allows binding of Fe(II) and Fe(III) ions in the cyanobacterial iron binding protein FutA from Prochlorococcus;
著者: Bolton, R. / Machelett, M. / Stubbs, J. / Axford, D. / Caramello, N. / Catapano, L. / Maly, M. / Rodrigues, M. / Cordery, C. / Tizzard, G. / MacMillan, F. / Engilberge, S. / Stetten, D. / ...著者: Bolton, R. / Machelett, M. / Stubbs, J. / Axford, D. / Caramello, N. / Catapano, L. / Maly, M. / Rodrigues, M. / Cordery, C. / Tizzard, G. / MacMillan, F. / Engilberge, S. / Stetten, D. / Tosha, T. / Sugimoto, H. / Worrall, J. / Webb, J. / Zubkov, M. / Coles, S. / Mathieu, E. / Steiner, R. / Murshudov, G. / Schrader, T. / Orville, A. / Royant, A. / Evans, G. / Hough, M. / Owen, R. / Tews, I.
履歴
登録2023年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2024年1月17日ID: 8OEN
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative iron ABC transporter, substrate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2752
ポリマ－35,2191
非ポリマー561
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.542, 78.316, 47.893
Angle α, β, γ (deg.)90, 97.365, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative iron ABC transporter, substrate binding protein


分子量: 35219.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア)
遺伝子: futA,sfuA, idiA, PMM1164 / プラスミド: pET- 24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7V0T9
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 294 K / 手法: batch mode
詳細: Purified protein and crystallisation buffer were mixed at a 1:1 ratio. Crystallisation buffer was 20% PEG 3350, 200 mM sodium thiocyanate.

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: FRM II / ビームライン: BIODIFF / 波長: 3.1 Å
検出器タイプ: BIODIFF / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 3.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.095→50 Å / Num. obs: 13758 / % possible obs: 80.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.971 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.095→2.18 Å / Num. unique obs: 886 / CC1/2: 0.716 / Rpim(I) all: 0.334 / Rrim(I) all: 0.473 / % possible all: 52.4

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解析

精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.095→24.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / WRfactor Rfree: 0.243 / WRfactor Rwork: 0.176 / SU B: 10.369 / SU ML: 0.267 / Average fsc free: 0.9545 / Average fsc work: 0.976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.357
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 698 5.077 %
Rwork0.1776 13050 -
all0.181 --
obs-13748 80.412 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.465 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.134 Å2-0 Å2-0.184 Å2
2--0.197 Å20 Å2
3----0.014 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
NEUTRON DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0145311
NEUTRON DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.951.6319360
NEUTRON DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3575319
NEUTRON DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.6577.05690
NEUTRON DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61910735
NEUTRON DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.92610136
NEUTRON DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2382
NEUTRON DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023591
NEUTRON DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.22136
NEUTRON DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.21384
NEUTRON DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2130
NEUTRON DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0220.22
NEUTRON DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2260.250
NEUTRON DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2270.212
NEUTRON DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0211.9011867
NEUTRON DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7693.2352792
NEUTRON DIFFRACTIONr_scbond_it1.2832.3523443
NEUTRON DIFFRACTIONr_scangle_it2.3223.6616567
NEUTRON DIFFRACTIONr_lrange_it6.80322.7585806
LS精密化 シェル

Refine-ID: NEUTRON DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.095-2.1490.33290.2995560.312440.9210.94447.02570.287
2.149-2.2070.4310.2656730.26912210.8910.95657.65770.264
2.207-2.2710.282480.2427350.24411890.9540.96265.85370.243
2.271-2.340.259420.2178670.21911680.9560.96877.82530.207
2.34-2.4160.236500.1868360.18911110.9650.97779.7480.179
2.416-2.50.232480.1838550.18510920.9670.97882.69230.174
2.5-2.5930.284530.2087790.21310120.940.96982.21340.213
2.593-2.6980.319390.2177480.22110090.920.96877.9980.225
2.698-2.8170.254490.2088090.2119760.9530.97187.90980.215
2.817-2.9520.168340.177960.179100.9750.98291.20880.164
2.952-3.1090.291410.177760.1778830.9590.98292.52550.166
3.109-3.2950.213330.1657670.1678440.9670.98494.78670.164
3.295-3.5180.205360.1527090.1557790.970.98795.63540.154
3.518-3.7940.303290.1496680.1567320.9510.98695.21860.156
3.794-4.1460.235370.1446080.1496840.9570.98894.29820.155
4.146-4.620.207270.1245360.1286110.9740.99192.1440.14
4.62-5.3040.199260.1344750.1375510.9760.9990.92560.149
5.304-6.4240.207290.1543810.1574670.9720.98687.79440.181
6.424-8.7980.10490.1233000.1223650.9940.99184.65750.154
8.798-24.950.14380.1841760.1822380.9840.98577.31090.242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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